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万見
- PDB-2c45: NATIVE PRECURSOR OF PYRUVOYL DEPENDENT ASPARTATE DECARBOXYLASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c45
タイトルNATIVE PRECURSOR OF PYRUVOYL DEPENDENT ASPARTATE DECARBOXYLASE
要素Aspartate 1-decarboxylaseアスパラギン酸-1-デカルボキシラーゼ
キーワードLYASE (リアーゼ) / DOUBLE-PSI BETA BARREL / CARBOXYLASE (カルボキシル化) / ZYMOGEN (酵素前駆体) / PANTOTHENATE BIOSYNTHESIS / DECARBOXYLASE (脱炭酸酵素) / PYRUVATE (ピルビン酸)
機能・相同性
機能・相同性情報


alanine biosynthetic process / アスパラギン酸-1-デカルボキシラーゼ / aspartate 1-decarboxylase activity / pantothenate biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Aspartate decarboxylase / Aspartate decarboxylase / Barwin-like endoglucanases - #20 / Barwin-like endoglucanases / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
アスパラギン酸-1-デカルボキシラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Gopalan, G. / Chopra, S. / Ranganathan, A. / Swaminathan, K.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of uncleaved L-aspartate-alpha-decarboxylase from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Gopalan, G. / Chopra, S. / Ranganathan, A. / Swaminathan, K.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: Crystal Structure of Aspartate Decarboxylase at 2.2A Resolution Provides Evidence for an Ester in Protein Self-Processing
著者: Albert, A. / Dhanaraj, V. / Genschel, U. / Khan, G. / Ramjee, M.K. / Pulido, R. / Sibanda, B.L. / von Delft, F. / Witty, M. / Blundell, T.L. / Smith, A.G. / Abell, C.
#2: ジャーナル: Embo J. / 年: 2003
タイトル: Structural Constraints on Protein Self-Processing in L-Aspartate-Alpha-Decarboxylase
著者: Schmitzberger, F. / Kilkenny, M.L. / Lobley, C.M. / Webb, M.E. / Vinkovic, M. / Matak-Vinkovic, D. / Witty, M. / Chirgadze, D.Y. / Smith, A.G. / Abell, C. / Blundell, T.L.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal Structure of the Schiff Base Intermediate Prior to Decarboxylation in the Catalytic Cycle of Aspartate Alpha-Decarboxylase
著者: Lee, B.I. / Suh, S.W.
履歴
登録2005年10月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.42018年12月12日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity ...citation / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity_name_com.name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.52019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.62023年12月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aspartate 1-decarboxylase
B: Aspartate 1-decarboxylase
C: Aspartate 1-decarboxylase
D: Aspartate 1-decarboxylase
E: Aspartate 1-decarboxylase
F: Aspartate 1-decarboxylase
G: Aspartate 1-decarboxylase
H: Aspartate 1-decarboxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,2088
ポリマ－119,2088
非ポリマー00
水88349
1
A: Aspartate 1-decarboxylase
B: Aspartate 1-decarboxylase
C: Aspartate 1-decarboxylase
D: Aspartate 1-decarboxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6044
ポリマ－59,6044
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
E: Aspartate 1-decarboxylase
F: Aspartate 1-decarboxylase
G: Aspartate 1-decarboxylase
H: Aspartate 1-decarboxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6044
ポリマ－59,6044
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)150.100, 150.100, 60.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質
Aspartate 1-decarboxylase / アスパラギン酸-1-デカルボキシラーゼ / Aspartate alpha-decarboxylase


分子量: 14900.986 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: panD, Rv3601c, MTCY07H7B.21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P9WIL3, アスパラギン酸-1-デカルボキシラーゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.5 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: SODIUM CACODYLATE (PH 6.5), 1.5 M MAGNESIUM SULPHATE AND 20% PEG2000, HANGING DROP, TEMPERATURE 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 1.1
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.99→50 Å / Num. obs: 30363 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 1.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12
反射 シェル解像度: 2.99→3.1 Å / 冗長度: 2.6 % / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PPY

1ppy


解像度: 2.99→7.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 105724.32 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: THERE ARE EIGHT MOLECULES IN THE ASYMMETRIC UNIT, FORMING TWO TETRAMERS. HEMIHEDRAL TWINNING WITH TWIN FRACTION 0.437 AND TWIN OPERATOR H,-H-K,-L. RESTRAINED NCS MODE WAS USED FOR REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.308 1959 8.6 %RANDOM
Rwork0.265 ---
obs0.265 22764 78.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.9342 Å2 / ksol: 0.39434 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 38.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.31 Å26.82 Å20 Å2
2--2.31 Å20 Å2
3----4.62 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.66 Å0.59 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.66 Å0.75 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.99→7.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6832 0 0 49 6881
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.99→3.12 Å / Rfactor Rfree error: 0.035 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 118 8.9 %
Rwork0.282 1202 -
obs--36.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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