PDB-2c41: X-ray structure of Dps from Thermosynechococcus elongatus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2c41

タイトル

X-ray structure of Dps from Thermosynechococcus elongatus

要素

DPS FAMILY DNA-BINDING STRESS RESPONSE PROTEIN

キーワード

IRON-BINDING/OXIDATION PROTEIN / DPS (DNA-BINDING PROTEINS FROM STARVED CELLS) / IRON BINDING / THERMOSTABLE PROTEIN / THERMOPHILIC CYANOBACTERIUM / DNA- BINDING PROTEIN / STRESS PROTEIN / IRON-BINDING-OXIDATION PROTEIN complex

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on metal ions / ferric iron binding / intracellular iron ion homeostasis / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

THERMOSYNECHOCOCCUS ELONGATUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.81 Å

データ登録者

Ilari, A. / Franceschini, S. / Ceci, P. / Chiancone, E.

引用

ジャーナル: FEBS J. / 年: 2006
タイトル: Antioxidant Dps Protein from the Thermophilic Cyanobacterium Thermosynechococcus Elongatus.
著者: Franceschini, S. / Ceci, P. / Alaleona, F. / Chiancone, E. / Ilari, A.

履歴

登録	2005年10月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2006年10月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月7日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2c41.cif.gz	392.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2c41.ent.gz	324.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2c41.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2c41_validation.pdf.gz	538.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2c41_full_validation.pdf.gz	564.7 KB	表示
XML形式データ	2c41_validation.xml.gz	81.3 KB	表示
CIF形式データ	2c41_validation.cif.gz	115.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/2c41 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/2c41	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ji4S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2vxx-1 1l8i-d 1o9r-1 6b0d-1 3ge4-d 5xgo-d 4cyb-d 1f30-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (3) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DPS FAMILY DNA-BINDING STRESS RESPONSE PROTEIN

B: DPS FAMILY DNA-BINDING STRESS RESPONSE PROTEIN

C: DPS FAMILY DNA-BINDING STRESS RESPONSE PROTEIN

D: DPS FAMILY DNA-BINDING STRESS RESPONSE PROTEIN

E: DPS FAMILY DNA-BINDING STRESS RESPONSE PROTEIN

F: DPS FAMILY DNA-BINDING STRESS RESPONSE PROTEIN

G: DPS FAMILY DNA-BINDING STRESS RESPONSE PROTEIN

H: DPS FAMILY DNA-BINDING STRESS RESPONSE PROTEIN

I: DPS FAMILY DNA-BINDING STRESS RESPONSE PROTEIN

J: DPS FAMILY DNA-BINDING STRESS RESPONSE PROTEIN

K: DPS FAMILY DNA-BINDING STRESS RESPONSE PROTEIN

L: DPS FAMILY DNA-BINDING STRESS RESPONSE PROTEIN

ヘテロ分子

217 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	122.972, 122.887, 253.305
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-2046- HOH
2	1	J-2022- HOH
3	1	J-2063- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H
9	1	I
10	1	J
11	1	K
12	1	L

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 10 - 158 / Label seq-ID: 10 - 158

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D
5	E	E
6	F	F
7	G	G
8	H	H
9	I	I
10	J	J
11	K	K
12	L	L

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.40193, 0.91516, -0.03054), (0.91501, 0.40015, -0.05128), (-0.0347, -0.04855, -0.99822)	16.618, -3.86478, 193.23473
3	given	(0.83562, -0.19772, -0.51249), (0.36466, -0.49808, 0.78673), (-0.41081, -0.84429, -0.34411)	60.32575, -37.65225, 168.29701
4	given	(-0.49526, 0.71619, 0.49171), (-0.62677, 0.09735, -0.7731), (-0.60156, -0.69108, 0.40067)	-23.74801, 122.5386, 98.26976
5	given	(-0.35966, -0.67048, 0.64893), (-0.16694, 0.73048, 0.66221), (-0.91803, 0.12984, -0.37465)	2.13853, -49.14056, 155.40617
6	given	(-0.49393, -0.6283, -0.60105), (0.7184, 0.09453, -0.68918), (0.48983, -0.7722, 0.40468)	124.03357, 72.77737, 66.55423
7	given	(-0.80848, -0.14629, -0.57005), (-0.14798, -0.88696, 0.4375), (-0.56961, 0.43806, 0.69545)	115.19388, 24.3106, 32.31122
8	given	(0.20641, -0.7696, 0.60424), (-0.76826, -0.5099, -0.38701), (0.60595, -0.38433, -0.6965)	-8.041, 109.83905, 155.32558
9	given	(-0.35577, -0.16961, -0.91906), (-0.66891, 0.73299, 0.12367), (0.65268, 0.65876, -0.37422)	135.24895, 17.80989, 89.18413
10	given	(0.01622, -0.34493, 0.93849), (0.93243, -0.33366, -0.13874), (0.36099, 0.87732, 0.31621)	-47.75594, 27.67732, 25.26827
11	given	(0.01988, 0.93205, 0.36179), (-0.34147, -0.33377, 0.87863), (0.93968, -0.14101, 0.31163)	-34.47418, -29.82779, 40.9184
12	given	(0.83649, 0.3687, -0.40538), (-0.19402, -0.49258, -0.84837), (-0.51248, 0.78831, -0.3405)	31.74584, 135.51897, 117.98851

#1: タンパク質	DPS FAMILY DNA-BINDING STRESS RESPONSE PROTEIN 分子量: 17904.373 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) THERMOSYNECHOCOCCUS ELONGATUS (バクテリア) 株: BP-1 / プラスミド: PET-22B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8DG54
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1503 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.27 %
結晶化	pH: 5 詳細: 0.1 M SODIUM ACETATE AT PH VALUES 4.0 AND 5.0, PEG4000 5-15 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.2
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.2 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 174107 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 8.3 % / R_merge(I) obs: 0.05
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 7.7 % / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JI4

1ji4

解像度: 1.81→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 2.212 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.195	8507	5 %	RANDOM
R_work	0.168	-	-	-
obs	0.169	161382	97.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.18 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.25 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.81→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14814	0	150	1503	16467

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	15234
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.064	1.967	20596
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.258	5	1841
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.134	25.085	708
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.257	15	2703
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.484	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	2359
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	11252
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.193	0.2	8821
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.301	0.2	10674
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.125	0.2	1410
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.241	0.2	132
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.216	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.499	1.5	9483
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.713	2	14860
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.462	3	6519
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.307	4.5	5736
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 596 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	tight positional	0.04	0.05
2	B	tight positional	0.04	0.05
3	C	tight positional	0.03	0.05
4	D	tight positional	0.03	0.05
5	E	tight positional	0.05	0.05
6	F	tight positional	0.04	0.05
7	G	tight positional	0.03	0.05
8	H	tight positional	0.04	0.05
9	I	tight positional	0.03	0.05
10	J	tight positional	0.03	0.05
11	K	tight positional	0.04	0.05
12	L	tight positional	0.05	0.05
1	A	medium positional	0.36	0.5
2	B	medium positional	0.39	0.5
3	C	medium positional	0.37	0.5
4	D	medium positional	0.48	0.5
5	E	medium positional	0.44	0.5
6	F	medium positional	0.48	0.5
7	G	medium positional	0.37	0.5
8	H	medium positional	0.37	0.5
9	I	medium positional	0.3	0.5
10	J	medium positional	0.36	0.5
11	K	medium positional	0.37	0.5
12	L	medium positional	0.35	0.5
1	A	tight thermal	0.09	0.5
2	B	tight thermal	0.09	0.5
3	C	tight thermal	0.12	0.5
4	D	tight thermal	0.08	0.5
5	E	tight thermal	0.09	0.5
6	F	tight thermal	0.09	0.5
7	G	tight thermal	0.1	0.5
8	H	tight thermal	0.1	0.5
9	I	tight thermal	0.1	0.5
10	J	tight thermal	0.15	0.5
11	K	tight thermal	0.09	0.5
12	L	tight thermal	0.09	0.5
1	A	medium thermal	0.53	2
2	B	medium thermal	0.56	2
3	C	medium thermal	0.56	2
4	D	medium thermal	0.54	2
5	E	medium thermal	0.58	2
6	F	medium thermal	0.53	2
7	G	medium thermal	0.53	2
8	H	medium thermal	0.57	2
9	I	medium thermal	0.59	2
10	J	medium thermal	0.7	2
11	K	medium thermal	0.6	2
12	L	medium thermal	0.55	2

LS精密化シェル

解像度: 1.81→1.85 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.277	605
R_work	0.231	11482

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関連情報:EMDBヘッダ

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