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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2c3t | ||||||
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タイトル | Human glutathione-S-transferase T1-1, W234R mutant, apo form | ||||||
![]() | GLUTATHIONE S-TRANSFERASE THETA 1 | ||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tars, K. / Larsson, A.-K. / Shokeer, A. / Olin, B. / Mannervik, B. / Kleywegt, G.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Basis of the Suppressed Catalytic Activity of Wild-Type Human Glutathione Transferase T1-1 Compared to its W234R Mutant. 著者: Tars, K. / Larsson, A.-K. / Shokeer, A. / Olin, B. / Mannervik, B. / Kleywegt, G.J. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. | ||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 198.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 161.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28300.068 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P30711, ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() 構成要素の詳細 | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TRP 233 TO ARG ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, TRP 233 TO ARG ...ENGINEERED | 配列の詳細 | 6XHIS TAG ADDED TO THE N-TERMINUS OF PROTEIN. RESIDUE TRP 234 MUTATED TO ARGININE. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.41 % |
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結晶化![]() | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: HANGING-DROP VAPOR-DIFFUSION TECHNIQUE. 5 MICROLITRES OF RESERVOIR SOLUTION [35% (V/V) PEG 3350, 200 MM MG(NO3)2, AND 2 MM DITHIOTHREITOL] WERE MIXED WITH 5 MICROLITRES OF PROTEIN SOLUTION ...詳細: HANGING-DROP VAPOR-DIFFUSION TECHNIQUE. 5 MICROLITRES OF RESERVOIR SOLUTION [35% (V/V) PEG 3350, 200 MM MG(NO3)2, AND 2 MM DITHIOTHREITOL] WERE MIXED WITH 5 MICROLITRES OF PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML IN 10 MM TRIS-HCL PH 7.8, 15 % GLYCEROL) AND 1 MICROLITRE OF 100 MM CACL2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 33761 / % possible obs: 86.5 % / Observed criterion σ(I): 2.3 / 冗長度: 1.5 % / Biso Wilson estimate: 37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 10.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 87 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2C3Q 解像度: 2.4→28.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 10.042 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.099 / ESU R Free: 0.332 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.16 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→28.36 Å
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拘束条件 |
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