PDB-2c3b: The Crystal Structure of Aspergillus fumigatus Cyclophilin reveal...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2c3b

タイトル

The Crystal Structure of Aspergillus fumigatus Cyclophilin reveals 3D Domain Swapping of a Central Element

要素

PPIASE

キーワード

ISOMERASE / 3D DOMAIN SWAPPING / MISFOLDING / PPIASE / ASP F 11 / ALLERGEN / ROTAMASE

機能・相同性

機能・相同性情報

cyclosporin A binding / protein peptidyl-prolyl isomerization / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein folding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

ASPERGILLUS FUMIGATUS (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Limacher, A. / Kloer, D.P. / Fluckiger, S. / Folkers, G. / Crameri, R. / Scapozza, L.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: The Crystal Structure of Aspergillus Fumigatus Cyclophilin Reveals 3D Domain Swapping of a Central Element
著者: Limacher, A. / Kloer, D.P. / Fluckiger, S. / Folkers, G. / Crameri, R. / Scapozza, L.

履歴

登録	2005年10月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2006年1月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2c3b.cif.gz	65.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2c3b.ent.gz	53.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2c3b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/2c3b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/2c3b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3da5-d 3q72-d 3whk-2 1rrp-2 1is6-1 3k74-d 6oii-d 5xri-1 1bkz-d 1is3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (8) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (8)

登録構造単位

A: PPIASE

B: PPIASE

ヘテロ分子

38 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.829, 64.829, 156.288
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	PPIASE / CYCLOPHILIN 分子量: 18898.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ASPERGILLUS FUMIGATUS (カビ) / プラスミド: PQE32 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-BLUE / 参照: UniProt: Q9Y7F6, UniProt: Q4WHY9*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.75 %
結晶化	pH: 6 詳細: DROP SOLUTION: 13% AMMONIUM SULFATE, 0.1 M MES PH 6. RESERVOIR SOLUTION: 50% AMMONIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM CITRATE PH 5.5.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9999
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→45.6 Å / Num. obs: 33079 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 19.2
反射シェル	解像度: 1.85→1.92 Å / R_merge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0003	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.85→55.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 5.037 / SU ML: 0.077 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.214	1675	5.1 %	RANDOM
R_work	0.189	-	-	-
obs	0.191	31360	99.1 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.81 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.26 Å²	-0.13 Å²	0 Å²
2-	-	-0.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→55.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2162	0	10	123	2295

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	2224
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2018
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.947	1.944	2989
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.932	3	4704
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.09	5	271
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.843	23.367	98
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.602	15	398
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.02	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.119	0.2	329
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2429
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	469
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	382
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.178	0.2	1928
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1070
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	1326
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	91
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.199	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.245	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.102	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.94	1.5	1766
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.33	2	2216
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.529	3	998
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.187	4.5	773
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.9 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.288	136
R_work	0.24	2264

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0014	1.7292	0.3143	3.9954	1.4301	2.4284	-0.2246	0.4885	0.2039	-0.69	0.1588	0.2555	-0.2537	-0.1262	0.0658	-0.0108	-0.0511	0.0008	-0.1472	0.0205	-0.1707	24.2957	-3.9885	74.4592
2	6.4429	0.2441	0.0819	5.9844	1.5913	7.2573	-0.0937	0.4342	0.0639	-0.3603	0.1032	0.5598	-0.1177	-0.438	-0.0094	-0.1277	0.0814	0.0171	-0.2162	-0.0357	-0.0895	20.8109	6.2146	95.1479
3	4.0487	-2.0089	-0.1396	3.9811	0.36	2.7609	-0.2021	-0.4112	-0.179	0.5247	0.1749	0.3394	0.2408	-0.0882	0.0273	-0.038	0.0941	0.0591	-0.1833	0.0131	-0.1405	25.1891	2.1288	107.0887
4	9.0448	2.8201	-0.956	5.7169	4.2558	13.0616	-0.0677	-0.1329	0.0506	0.1294	-0.0127	0.7459	0.0744	-0.4482	0.0804	-0.1361	-0.0246	0.024	-0.2265	-0.0346	-0.0844	18.7833	-4.4926	84.2331

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 69
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	128 - 171
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	92 - 127
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 68
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	128 - 171
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	96 - 127

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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