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万見
- PDB-2c27: The Structure of Mycothiol Synthase in Complex with des- AcetylMy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c27
タイトルThe Structure of Mycothiol Synthase in Complex with des- AcetylMycothiol and CoenzymeA.
要素MYCOTHIOL SYNTHASE
キーワードSYNTHASE / MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS / MYCOTHIOL SYNTHASE / DES- ACETYLMYCOTHIOL / ACETYLTRANSFERASE / GNAT / GCN5 RELATED N- ACETYLTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


mycothiol synthase / mycothiol metabolic process / mycothiol synthase activity / N-terminal peptidyl-alanine acetylation / Mycothiol biosynthesis / mycothiol biosynthetic process / peptide-alanine-alpha-N-acetyltransferase activity / biological process involved in interaction with host / cellular response to acidic pH / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups ...mycothiol synthase / mycothiol metabolic process / mycothiol synthase activity / N-terminal peptidyl-alanine acetylation / Mycothiol biosynthesis / mycothiol biosynthetic process / peptide-alanine-alpha-N-acetyltransferase activity / biological process involved in interaction with host / cellular response to acidic pH / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / cellular response to hydrogen peroxide / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mycothiol acetyltransferase / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL COENZYME *A / COENZYME A / Chem-MA8 / Mycothiol acetyltransferase / Mycothiol acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Yu, M. / Rendle, P.M. / Blanchard, J.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: The Substrate-Induced Conformational Change of Mycobacterium Tuberculosis Mycothiol Synthase.
著者: Vetting, M.W. / Yu, M. / Rendle, P.M. / Blanchard, J.S.
履歴
登録2005年9月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年6月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / struct / Item: _citation.page_last / _struct.title
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MYCOTHIOL SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6614
ポリマ－33,6391
非ポリマー2,0223
水3,153175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)37.830, 59.620, 61.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.57, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 MYCOTHIOL SYNTHASE


分子量: 33639.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
株: H37RV / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: O53831, UniProt: P9WJM7*PLUS
#2: 糖 ChemComp-MA8 / (1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl 2-(L-cysteinylamino)-2-deoxy-alpha-D-glucopyranoside / (2S,3R,5S,6S)-2,3,4,5,6-PENTAHYDROXYCYCLOHEXYL 2-(L-CYSTEINYLAMINO)-2-DEOXY-ALPHA-L-GLUCOPYRANOSIDE / (1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl 2-(L-cysteinylamino)-2-deoxy-alpha-D-glucoside / (1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl 2-(L-cysteinylamino)-2-deoxy-D-glucoside / (1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl 2-(L-cysteinylamino)-2-deoxy-glucoside / デスアセチルミコチオ-ル


タイプ: D-saccharide / 分子量: 444.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H28N2O11S
#3: 化合物 ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)


分子量: 809.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S
#4: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細DES-ACETYLMYCOTHIOL AND COENZYMEA ARE LINKED BY A DISULFIDE BOND

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.67 %
結晶化pH: 8.5
詳細: 1 M NA3CITRATE PH 8.5 100 MM BICINE PH 8.8 7.7 MM DESACETYL-MYCOTHIOL 5.3 MM COENZYMEA 40 MM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 292 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200B / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS-IV / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: OSMIC CONFOCAL MAXFLUX OPTICS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 24682 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Mean I/σ(I) obs: 7.6 / % possible all: 94.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OZP

1ozp


解像度: 1.8→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.203 1193 5 %RANDOM
Rwork0.161 ---
obs0.161 24682 96.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 58.7512 Å2 / ksol: 0.407886 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.594 Å20 Å2-0.012 Å2
2--4.229 Å20 Å2
3----1.635 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2274 0 106 175 2555
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.91
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.88 Å / Total num. of bins used: 10 /
Rfactor%反射
Rfree0.245 5 %
Rwork0.186 -
obs-94.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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