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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2c1u | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE DI-HAEM CYTOCHROME C PEROXIDASE FROM PARACOCCUS PANTOTROPHUS - OXIDISED FORM | ||||||
![]() | DI-HAEM CYTOCHROME C PEROXIDASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / ELECTRON TRANSPORT / HEME / PERIPLASMIC / PEROXIDASE | ||||||
機能・相同性 | Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / HEME C![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Echalier, A. / Fulop, V. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Activation and Catalysis of the Di-Heme Cytochrome C Peroxidase from Paracoccus Pantotrophus 著者: Echalier, A. / Goodhew, C.F. / Pettigrew, G.W. / Fulop, V. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 280.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 228.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 939.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 967.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 47.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36326.523 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #2: 化合物 | ChemComp-HEC / #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % |
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結晶化 | pH: 8.2 詳細: ECHALER ET AL., (2004). ACTA CRYST. D60, 331-333., pH 8.20 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→30 Å / Num. obs: 85916 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 27.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 19 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 86 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1E7B 解像度: 1.95→29.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 8.164 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.183 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.9 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→29.88 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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