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万見
- PDB-2c1l: Structure of the BfiI restriction endonuclease -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c1l
タイトルStructure of the BfiI restriction endonuclease
要素RESTRICTION ENDONUCLEASE
キーワードHYDROLASE / BFII / RESTRICTION ENDONUCLEASE / DOMAIN FUSION
機能・相同性
機能・相同性情報


endonuclease activity
類似検索 - 分子機能
At1g16640 B3 domain - #30 / Restriction endonuclease BfiI C-terminal domain / Metal-independent restriction enzyme BfiI, DNA binding domain / Metal-independent restriction enzyme BfiI DNA binding domain / At1g16640 B3 domain / Phospholipase D-like domain / PLD-like domain / Endonuclease Chain A / Endonuclease; Chain A / Beta Barrel ...At1g16640 B3 domain - #30 / Restriction endonuclease BfiI C-terminal domain / Metal-independent restriction enzyme BfiI, DNA binding domain / Metal-independent restriction enzyme BfiI DNA binding domain / At1g16640 B3 domain / Phospholipase D-like domain / PLD-like domain / Endonuclease Chain A / Endonuclease; Chain A / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BICARBONATE ION / S,R MESO-TARTARIC ACID / D(-)-TARTARIC ACID / L(+)-TARTARIC ACID / Restriction endonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS FIRMUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Grazulis, S. / Manakova, E. / Roessle, M. / Bochtler, M. / Tamulaitiene, G. / Huber, R. / Siksnys, V.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2005
タイトル: Structure of the Metal-Independent Restriction Enzyme Bfii Reveals Fusion of a Specific DNA-Binding Domain with a Nonspecific Nuclease.
著者: Grazulis, S. / Manakova, E. / Roessle, M. / Bochtler, M. / Tamulaitiene, G. / Huber, R. / Siksnys, V.
履歴
登録2005年9月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RESTRICTION ENDONUCLEASE
B: RESTRICTION ENDONUCLEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,83716
ポリマ－80,0832
非ポリマー1,75314
水8,647480
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)138.925, 138.925, 94.135
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 RESTRICTION ENDONUCLEASE / BFII RESTRICTION ENDONUCLEASE


分子量: 40041.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS FIRMUS (バクテリア) / 株: S8120 / プラスミド: PET21B-BFIIR6, 5 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566
参照: UniProt: Q9F4C9, type II site-specific deoxyribonuclease

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非ポリマー , 8種, 494分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#5: 化合物 ChemComp-SRT / S,R MESO-TARTARIC ACID / meso-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#6: 化合物 ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#7: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸


分子量: 61.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 480 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.66 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: MES 0.1M PH 6.5 K/NA TARTRATE 1.1M GLYCEROL 25%

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID13 / 波長: 0.9755
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月9日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SINGLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9755 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→28 Å / Num. obs: 70374 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 15.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.9→28.01 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 31299524.91 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: RESIDUAL
詳細: RESOLUTION-DEPENDENT WEIGHTING SCHEME USED. BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 7018 10 %RANDOM
Rwork0.188 ---
obs0.188 70375 99.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 69.1296 Å2 / ksol: 0.382458 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.27 Å20 Å20 Å2
2---0.27 Å20 Å2
3---0.54 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→28.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5644 0 114 480 6238
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.25
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.651.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.732
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.92
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.962.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 1138 9.7 %
Rwork0.228 10577 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3BCT.PARBCT.TOP
X-RAY DIFFRACTION4GOL.PARGOL.TOP
X-RAY DIFFRACTION5MES.PARMES.TOP
X-RAY DIFFRACTION6SRT.PARSRT.TOP
X-RAY DIFFRACTION7SST.PARSST.TOP
X-RAY DIFFRACTION8TLA.PARTLA.TOP
X-RAY DIFFRACTION9TRS.PARTRS.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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