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- PDB-2c0z: The 1.6 A resolution crystal structure of NovW: a 4-keto-6-deoxy ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c0z
タイトルThe 1.6 A resolution crystal structure of NovW: a 4-keto-6-deoxy sugar epimerase from the novobiocin biosynthetic gene cluster of Streptomyces spheroides
要素NOVW
キーワードISOMERASE / EPIMERASE / ANTIBIOTIC BIOSYNTHESIS / RMLC-LIKE CUPIN
機能・相同性
機能・相同性情報


novobiocin biosynthetic process / 異性化酵素; ラセマーゼ・エピメラーゼ（光学異性の転換）; 炭水化物およびその類縁体に作用 / dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase activity / dTDP-rhamnose biosynthetic process / polysaccharide biosynthetic process / isomerase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase-related / dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
dTDP-4-dehydrorhamnose 3-epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOMYCES NIVEUS NCIMB 11891 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Jakimowicz, P. / Tello, M. / Freel-Meyers, C.L. / Walsh, C.T. / Buttner, M.J. / Field, R.A. / Lawson, D.M.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2006
タイトル: The 1.6 A Resolution Crystal Structure of Novw: A 4-Keto-6-Deoxy Sugar Epimerase from the Novobiocin Biosynthetic Gene Cluster of Streptomyces Spheroides
著者: Jakimowicz, P. / Tello, M. / Freel-Meyers, C.L. / Walsh, C.T. / Buttner, M.J. / Field, R.A. / Lawson, D.M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Studies on the Putative Dtdp Sugar Epimerase Novw from the Novobiocin Biosynthetic Cluster of Streptomyces Spheroides
著者: Jakimowicz, P. / Freel-Meyers, C.L. / Walsh, C.T. / Buttner, M.J. / Lawson, D.M.
履歴
登録2005年9月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月4日Group: Derived calculations / Non-polymer description ...Derived calculations / Non-polymer description / Other / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22014年3月12日Group: Source and taxonomy
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NOVW
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4865
ポリマ－23,2041
非ポリマー2824
水3,603200
1
A: NOVW
ヘテロ分子

A: NOVW
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,97310
ポリマ－46,4082
非ポリマー5658
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_775-y+2,-x+2,-z+1/21
Buried area4530 Å2
ΔGint-33.4 kcal/mol
Surface area16810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.354, 59.354, 109.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 NOVW


分子量: 23204.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOMYCES NIVEUS NCIMB 11891 (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: UniProt: Q9L9E5
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細RESIDUES -8 TO 0 ARE THE EXPRESSION SYSTEM HIS-TAG

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.7 %
結晶化pH: 8.5
詳細: 25% SATURATED AMMONIUM SULFATE IN 100MM TRIS-HCL PH8.5, pH 8.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→39 Å / Num. obs: 26449 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 15.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 25.7
反射 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EP0

1ep0


解像度: 1.6→51.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 1.241 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.195 1348 5.1 %RANDOM
Rwork0.15 ---
obs0.152 25098 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.38 Å20 Å20 Å2
2--0.38 Å20 Å2
3----0.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→51.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1500 0 17 200 1717
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0211574
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021424
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4921.9612150
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5433287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1225197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2243
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021757
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.02324
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2450.2269
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2580.21590
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.2958
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1750.2135
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1850.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3480.271
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2090.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2141.5993
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.96421603
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7743581
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3794.5547
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.237 91
Rwork0.153 1818

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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