PDB-2c0k: The structure of hemoglobin from the botfly Gasterophilus intestinalis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2c0k

タイトル

The structure of hemoglobin from the botfly Gasterophilus intestinalis

要素

HEMOGLOBIN

キーワード

OXYGEN TRANSPORT / GASTEROPHILUS INTESTINALIS HEMOGLOBIN / INSECT HEMOGLOBIN / HEME / IRON / METAL-BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

GASTEROPHILUS INTESTINALIS (ウマバエ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Pesce, A. / Nardini, M. / Dewilde, S. / Hoogewijs, D. / Ascenzi, P. / Moens, L. / Bolognesi, M.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2005
タイトル: Modulation of Oxygen Binding to Insect Hemoglobins: The Structure of Hemoglobin from the Botfly Gasterophilus Intestinalis.
著者: Pesce, A. / Nardini, M. / Dewilde, S. / Hoogewijs, D. / Ascenzi, P. / Moens, L. / Bolognesi, M.

履歴

登録	2005年9月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2005年11月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2c0k.cif.gz	75.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2c0k.ent.gz	56.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2c0k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/2c0k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/2c0k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2bk9S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5o18-d 5f0b-d 3hyf-d 3arl-d 5nvi-d 2vry-d 4irf-1 5eqm-d 6xy6-4 1wrj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (2) #206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (2) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (3) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (2) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (2) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (2)
#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (2)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (3)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (2)
#263 - 2021年11月
アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (2)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: HEMOGLOBIN

B: HEMOGLOBIN

ヘテロ分子

37.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: HEMOGLOBIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: HEMOGLOBIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.697, 47.697, 145.245
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.17887, 0.98387, -0.00348), (0.98387, 0.17886, -0.00156), (-0.00091, -0.0037, -0.99999)
ベクター: 0.11482, 0.07935, 0.34739)

#1: タンパク質	HEMOGLOBIN 分子量: 17957.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) GASTEROPHILUS INTESTINALIS (ウマバエ) / 参照: UniProt: O96457
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシラジカル分子量: 31.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化	pH: 7.5 / 詳細: PEG 4000 25%, 20 MM TRIS PH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年2月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→27 Å / Num. obs: 11160 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BK9

2bk9

解像度: 2.6→23.85 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 10.846 / SU ML: 0.234 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.348 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.256	1125	10.1 %	RANDOM
R_work	0.186	-	-	-
obs	0.193	10033	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.96 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0.01 Å²	0 Å²
2-	-	0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→23.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2461	0	90	6	2557

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	2624
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.699	2.029	3560
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.567	5	297
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.814	24.015	132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.648	15	457
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.123	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	354
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2012
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.24	0.2	1110
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.313	0.2	1741
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.299	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.155	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.78	1.5	1527
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.367	2	2398
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.074	3	1262
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.22	4.5	1158
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.344	73
R_work	0.269	735

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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