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- PDB-2byt: Thermus thermophilus Leucyl-tRNA synthetase complexed with a tRNA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2byt
タイトルThermus thermophilus Leucyl-tRNA synthetase complexed with a tRNAleu transcript in the post-editing conformation
要素
  • LEUCYL-TRNA SYNTHETASE
  • TRNALEU TRANSCRIPT WITH ANTICODON CAG
キーワードSYNTHETASE / AMINOACYL-TRNA SYNTHETASE / ATP + L-LEUCINE + TRNA (LEU) GIVES AMP + PPI L-LEUCYL-TRNA(LEU) / CLASS I AMINOACYL-TRNA SYNTHETASE / EDITING
機能・相同性
機能・相同性情報


leucine-tRNA ligase / leucine-tRNA ligase activity / leucyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA editing activity / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Leucyl-tRNA synthetase, domain 3 / Leucyl-tRNA synthetase, domain 3 / Leucyl-tRNA synthetase, domain 3 / Leucine-tRNA synthetase-specific domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #590 / Isoleucyl-tRNA Synthetase; domain 2 / Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, editing domain / Leucyl-tRNA synthetase, editing domain / Leucyl-tRNA synthetase, editing domain / Leucine-tRNA ligase ...Leucyl-tRNA synthetase, domain 3 / Leucyl-tRNA synthetase, domain 3 / Leucyl-tRNA synthetase, domain 3 / Leucine-tRNA synthetase-specific domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #590 / Isoleucyl-tRNA Synthetase; domain 2 / Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, editing domain / Leucyl-tRNA synthetase, editing domain / Leucyl-tRNA synthetase, editing domain / Leucine-tRNA ligase / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia / tRNA synthetases class I (I, L, M and V) / Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, editing domain / Methionyl/Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, anticodon-binding / Anticodon-binding domain of tRNA ligase / Methionyl/Leucyl tRNA synthetase / tRNA synthetases class I (M) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia, anticodon-binding / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Roll / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / LEUCINE / RNA / RNA (> 10) / Leucine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Cusack, S. / Tukalo, M. / Yaremchuk, A. / Fukunaga, R. / Yokoyama, S.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: The Crystal Structure of Leucyl-tRNA Synthetase Complexed with tRNA(Leu) in the Post-Transfer-Editing Conformation.
著者: Tukalo, M. / Yaremchuk, A. / Fukunaga, R. / Yokoyama, S. / Cusack, S.
履歴
登録2005年8月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LEUCYL-TRNA SYNTHETASE
B: TRNALEU TRANSCRIPT WITH ANTICODON CAG
D: LEUCYL-TRNA SYNTHETASE
E: TRNALEU TRANSCRIPT WITH ANTICODON CAG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)258,50227
ポリマ－256,1364
非ポリマー2,36623
水00
1
A: LEUCYL-TRNA SYNTHETASE
B: TRNALEU TRANSCRIPT WITH ANTICODON CAG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,39515
ポリマ－128,0682
非ポリマー1,32713
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
D: LEUCYL-TRNA SYNTHETASE
E: TRNALEU TRANSCRIPT WITH ANTICODON CAG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,10712
ポリマ－128,0682
非ポリマー1,03910
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)203.869, 125.578, 172.979
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.44, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.561636, -0.027193, 0.826937), (-0.006498, -0.999574, -0.028456), (0.827359, 0.010608, -0.561574)
ベクター: -16.038, 61.421, 34.312)
詳細FOR THE HETERO-ASSEMBLY DESCRIBED BY REMARK 350FOR THE HETERO-ASSEMBLY DESCRIBED BY REMARK 350

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要素

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タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 LEUCYL-TRNA SYNTHETASE


分子量: 101170.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7SIE4
#2: RNA鎖 TRNALEU TRANSCRIPT WITH ANTICODON CAG


分子量: 26898.045 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア)

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非ポリマー , 4種, 23分子

#3: 化合物 ChemComp-LEU / LEUCINE / ロイシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 131.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO2
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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詳細

構成要素の詳細ATP + L-LEUCINE + TRNA (LEU) GIVES AMP + PPI L-LEUCYL-TRNA(LEU)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 %
結晶化pH: 7.5
詳細: 5MG/ML LEUCYL-TRNA SYNTHETASE MOLAR RATIO PROTEIN:TRNA 1.0:1.2 5 MM L-LEUCINE 15MM MGCL2 50MM MES PH6.5 0.8M AMMONIUM SULPHATE AGAINST RESERVOIR CONTAINING 1.5M AMMONIUM SULPHATE AND 0.1M MES PH6.5, pH 7.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.98
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年4月16日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: DIAMOND (111), GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→25 Å / Num. obs: 57205 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 110.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 3.3→4 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 7.33 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1H3N

1h3n


解像度: 3.3→24.45 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 805614706.22 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 2289 4 %RANDOM
Rwork0.243 ---
obs0.243 57205 99.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 34.5184 Å2 / ksol: 0.230716 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 85.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-29.68 Å20 Å229.38 Å2
2---18.97 Å20 Å2
3----10.7 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.49 Å0.42 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.75 Å0.64 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→24.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14244 3354 99 0 17697
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.28
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.41.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.492
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.073
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.854
LS精密化 シェル解像度: 3.29→3.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 350 4 %
Rwork0.33 8395 -
obs--90.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA-MULTI-ENDO.PARAMDNA-RNA-MULTI-ENDO.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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