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- PDB-2byo: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis lipoprotein LppX ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2byo
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis lipoprotein LppX (Rv2945c)
要素LIPOPROTEIN LPPX
キーワードLIPOPROTEIN / LIPID TRANSPORT / PALMITATE
機能・相同性
機能・相同性情報


cell wall / lipid transporter activity / DIM/DIP cell wall layer assembly / lipid transport / peptidoglycan-based cell wall / cell surface / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
outer membrane lipoprotein receptor (LolB), chain A - #20 / LppX/LprAFG lipoprotein family / LppX_LprAFG lipoprotein / outer membrane lipoprotein receptor (LolB), chain A / Lipoprotein localisation LolA/LolB/LppX / Clam / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DOCOSA-4,7,10,13,16,19-HEXAENOIC ACID / ALPHA-LINOLENIC ACID / D-MALATE / OXALOACETATE ION / Putative phthiocerol dimycocerosate transporter LppX / Putative phthiocerol dimycocerosate transporter LppX
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Sulzenbacher, G. / Canaan, S. / Roig-Zamboni, V. / Maurin, D. / Gicquel, B. / Bourne, Y.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2006
タイトル: Lppx is a Lipoprotein Required for the Translocation of Phthiocerol Dimycocerosates to the Surface of Mycobacterium Tuberculosis.
著者: Sulzenbacher, G. / Canaan, S. / Bordat, Y. / Neyrolles, O. / Stadthagen, G. / Roig-Zamboni, V. / Rauzier, J. / Maurin, D. / Laval, F. / Daffe, M. / Cambillau, C. / Gicquel, B. / Bourne, Y. / Jackson, M.
履歴
登録2005年8月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LIPOPROTEIN LPPX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,13413
ポリマ－21,5321
非ポリマー1,60212
水2,288127
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.257, 54.257, 269.983
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2013-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 LIPOPROTEIN LPPX


分子量: 21531.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
株: H37RV / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: P65306, UniProt: P9WK65*PLUS

-
非ポリマー , 7種, 139分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-HXA / DOCOSA-4,7,10,13,16,19-HEXAENOIC ACID / ドコサヘキサエン酸


分子量: 328.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H32O2
#5: 化合物 ChemComp-LNL / ALPHA-LINOLENIC ACID / リノレン酸


分子量: 278.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H30O2
#6: 化合物 ChemComp-OAA / OXALOACETATE ION


分子量: 131.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H3O5
#7: 化合物 ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化pH: 8
詳細: 1.8 M NACL, 0.1 M ZN-ACETATE, 0.1 M IMIDAZOLE-MALATE, PH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9792
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→20 Å / Num. obs: 13680 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.4 % / Biso Wilson estimate: 28.33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 24
反射 シェル解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / Rsym value: 0.121 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.15→19.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 8.053 / SU ML: 0.114 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.212 / ESU R Free: 0.179 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 1356 10 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.189 12239 98.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 53.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.45 Å20.72 Å20 Å2
2--1.45 Å20 Å2
3----2.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→19.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1346 0 92 127 1565
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0211443
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021377
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2682.0031940
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.70133221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3775181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.88625.4951
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.58515227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.746157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2230
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021559
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02241
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.2243
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1830.21294
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1610.2674
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0810.2879
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1750.289
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1880.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1370.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2490.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1872.51163
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4163.51464
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7884.5588
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3945476
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.24 80
Rwork0.178 743
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2709-0.7172.03360.4236-0.76734.11220.1188-0.1371-0.2809-0.09660.06050.01690.4897-0.1152-0.1793-0.4209-0.0198-0.026-0.36780.0547-0.37576.925414.433811.6915
22.9198-0.46451.88853.15870.30137.29180.19640.0258-0.6019-0.32370.13540.2691.15-0.2646-0.3318-0.20620.0629-0.0194-0.25390.1043-0.297912.51696.946223.9364
35.10670.34870.43040.7831-0.63413.27190.0161-0.1859-0.5538-0.06260.08530.02060.4614-0.2424-0.1014-0.3685-0.0027-0.0144-0.29110.0647-0.31530.201217.00057.8564
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A20 - 78
2X-RAY DIFFRACTION2A79 - 114
3X-RAY DIFFRACTION3A120 - 207

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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