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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2byl | ||||||
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タイトル | Structure of ornithine aminotransferase triple mutant Y85I Y55A G320F | ||||||
![]() | ORNITHINE AMINOTRANSFERASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE / DISEASE MUTATION / MITOCHONDRION / TRANSIT PEPTIDE PLP-DEPENDENT ENZYME / POLYMORPHISM / PYRIDOXAL PHOSPHATE | ||||||
機能・相同性 | ![]() arginine catabolic process to proline via ornithine / ornithine aminotransferase activity / ornithine aminotransferase / arginine catabolic process to glutamate / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / visual perception / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial matrix / mitochondrion ...arginine catabolic process to proline via ornithine / ornithine aminotransferase activity / ornithine aminotransferase / arginine catabolic process to glutamate / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / visual perception / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial matrix / mitochondrion / nucleoplasm / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Markova, M. / Peneff, C. / Hewlins, M.J.E. / Schirmer, T. / John, R.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Determinants of Substrate Specificity in Omega-Aminotransferases. 著者: Markova, M. / Peneff, C. / Hewlins, M.J.E. / Schirmer, T. / John, R.A. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. | ||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 249.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 201.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 402.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 411.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 40.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48541.676 Da / 分子数: 3 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 85 TO ILE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 55 TO ALA ...ENGINEERED | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % |
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結晶化 | pH: 7.9 詳細: 6-10%PEG6000, 120-160MM NACL, 50MM TRICINE PH7.9, 1MM DTT, pH 7.90 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.977 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→39.22 Å / Num. obs: 78515 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.86 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 5.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 5.17 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 2.41 / % possible all: 91.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1OAT 解像度: 2.15→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 7.915 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.191 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.9 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→30 Å
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拘束条件 |
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