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- PDB-2bxx: Crystal structure of the N-terminal domain of IBV coronavirus nuc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bxx
タイトルCrystal structure of the N-terminal domain of IBV coronavirus nucleocapsid. Native crystal form
要素NUCLEOCAPSID PROTEIN
キーワードNUCLEOCAPSID PROTEIN / PHOSPHORYLATION / RNA-BINDING / VIRAL NUCLEOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / viral nucleocapsid / host cell Golgi apparatus / ribonucleoprotein complex / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Nucleocapsid protein, gammacoronavirus / Nucleocapsid protein, coronavirus / Nucleocapsid protein, C-terminal / Nucleocapsid protein, N-terminal / Nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain, coronavirus / Nucleocapsid (N) protein, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus nucleocapsid / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein N-terminal (NTD) domain profile. / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein C-terminal (CTD) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoprotein / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種AVIAN INFECTIOUS BRONCHITIS VIRUS (伝染性気管支炎ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Fan, H. / Ooi, A. / Liu, D.-X. / Lescar, J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2005
タイトル: The Nucleocapsid Protein of Coronavirus Infectious Bronchitis Virus: Crystal Structure of its N-Terminal Domain and Multimerization Properties.
著者: Fan, H. / Ooi, A. / Tan, Y.W. / Wang, S. / Fang, S. / Liu, D.-X. / Lescar, J.
履歴
登録2005年7月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月2日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年6月28日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NUCLEOCAPSID PROTEIN
B: NUCLEOCAPSID PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0292
ポリマ－30,0292
非ポリマー00
水3,369187
1
A: NUCLEOCAPSID PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0151
ポリマ－15,0151
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: NUCLEOCAPSID PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0151
ポリマ－15,0151
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)35.422, 35.776, 55.860
Angle α, β, γ (deg.)99.20, 94.07, 108.96
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.376, -0.927, 0.003), (-0.926, -0.376, -0.027), (0.026, 0.007, -1)
ベクター: 1.56722, -3.17674, 16.0061)

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要素

#1: タンパク質 NUCLEOCAPSID PROTEIN / INFECTIOUS BRONCHITIS VIRUS NUCLEOCAPSID PROTEIN / N STRUCTURAL PROTEIN / NC


分子量: 15014.549 Da / 分子数: 2 / 断片: RNA BINDING DOMAIN RESIDUES 29-160 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) AVIAN INFECTIOUS BRONCHITIS VIRUS (伝染性気管支炎ウイルス)
株: BEAUDETTE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P69597, UniProt: P69596*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LYS 85 TO CYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LYS 85 TO CYS
配列の詳細ENGINEERED MUTATION AT POSITION 85

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.62 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418
検出器検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→20 Å / Num. obs: 20031 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 88.8

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解析

ソフトウェア名称: CNS / バージョン: 1.1 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BTL

2btl


解像度: 1.85→19.92 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKEIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27033 1026 5.1 %RANDOM
Rwork0.22963 ---
obs0.22963 18921 92.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.284 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.91 Å22.18 Å21.45 Å2
2--0.32 Å21.22 Å2
3----0.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→19.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2130 0 0 187 2317
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.05
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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