[日本語] English
万見
- PDB-2br4: cmcI-D160 Mg-SAM -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2br4
タイトルcmcI-D160 Mg-SAM
要素CEPHALOSPORIN HYDROXYLASE CMCI
キーワードPORIN / CEPHAMYCIN BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid biosynthetic process / methyltransferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rhamnosyl O-methyltransferase/Cephalosporin hydroxylase / Rhamnosyl O-methyltransferase/CmcI / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
O-ACETALDEHYDYL-HEXAETHYLENE GLYCOL / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / S-ADENOSYLMETHIONINE / Cephalosporin hydroxylase CmcI / Cephalosporin hydroxylase CmcI
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOMYCES CLAVULIGERUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Oster, L.M. / Lester, D.R. / Terwisscha van Scheltinga, A. / Svenda, M. / Genereux, C. / Andersson, I.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Insights Into Cephamycin Biosynthesis: The Crystal Structure of Cmci from Streptomyces Clavuligerus.
著者: Oster, L.M. / Lester, D.R. / Terwisscha Van Scheltinga, A. / Svenda, M. / Van Lun, M. / Genereux, C. / Andersson, I.
履歴
登録2005年5月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CEPHALOSPORIN HYDROXYLASE CMCI
B: CEPHALOSPORIN HYDROXYLASE CMCI
C: CEPHALOSPORIN HYDROXYLASE CMCI
D: CEPHALOSPORIN HYDROXYLASE CMCI
E: CEPHALOSPORIN HYDROXYLASE CMCI
F: CEPHALOSPORIN HYDROXYLASE CMCI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,71724
ポリマ－165,8906
非ポリマー3,82818
水5,675315
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)91.541, 102.364, 181.905
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
CEPHALOSPORIN HYDROXYLASE CMCI / CMCI


分子量: 27648.264 Da / 分子数: 6 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOMYCES CLAVULIGERUS (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: O85726, UniProt: B5GLB3*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 333分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-P4C / O-ACETALDEHYDYL-HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE 400 / 20-ヒドロキシ-3,6,9,12,15,18-ヘキサオキサイコサン-1-オン


分子量: 324.367 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O8
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 315 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 200 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LEU 200 TO PHE ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 200 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LEU 200 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, LEU 200 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, LEU 200 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, LEU 200 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, LEU 200 TO PHE

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.50
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
10.2 M1reservoirMgCl2
20.1 MTris1reservoirpH7.5
310-14 %PEG40001reservoir
44-7 %PEG10001reservoir
510 mMSAM1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→51.3 Å / Num. obs: 53933 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99.6
反射
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 51.3 Å / 冗長度: 7 % / Num. measured all: 876420 / Rmerge(I) obs: 0.099
反射 シェル
*PLUS
Mean I/σ(I) obs: 1.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BM8

2bm8


解像度: 2.59→51.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 10.807 / SU ML: 0.23 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.081 / ESU R Free: 0.335 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 2701 5 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.202 51166 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→51.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11461 0 254 315 12030
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02112090
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0210624
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1521.9616418
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.908324585
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.96951383
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.21690
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0213398
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.022661
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.22413
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2240.212368
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0810.27027
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1510.2323
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1840.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2570.291
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1710.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.511.56976
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.945211243
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.93235114
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6214.55175
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.59→2.65 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.36 173
Rwork0.276 3570
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.58980.37070.12891.60050.08310.4965-0.0607-0.06630.0479-0.03630.0536-0.2411-0.00960.11960.00710.01320.01610.01580.0918-0.02980.119741.22156.035343.9664
20.58860.05880.01710.81740.1730.6521-0.03670.02760.018-0.12970.04260.02490.0548-0.0246-0.00590.04170.0193-0.00290.0527-0.02060.049121.471341.352131.8602
30.5648-0.2856-0.47460.97010.17290.39270.02210.0429-0.0375-0.0096-0.00920.0628-0.0176-0.0134-0.01290.0349-0.0318-0.04460.0878-0.02250.1248-7.526742.594645.651
40.62590.1209-0.23790.8624-0.06770.882-0.02880.0138-0.0724-0.01930.0710.03210.0903-0.1227-0.04220.1614-0.0309-0.02340.15130.00580.053715.498258.213987.4917
50.52680.3615-0.30140.2789-0.18021.2219-0.1035-0.0492-0.12360.03480.0563-0.17310.20010.21960.04720.17980.0045-0.0440.1703-0.02520.134240.32756.00275.9587
60.51250.10030.16971.08310.1780.58990.0371-0.2276-0.06790.2813-0.03690.10270.2037-0.1247-0.00020.163-0.05310.03530.2230.02450.1536-7.876441.700273.1528
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 230
2X-RAY DIFFRACTION2B4 - 230
3X-RAY DIFFRACTION3C4 - 230
4X-RAY DIFFRACTION4D4 - 230
5X-RAY DIFFRACTION5E4 - 230
6X-RAY DIFFRACTION6F4 - 230
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 51.3 Å / Rfactor Rfree: 0.259 / Rfactor Rwork: 0.196
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.14
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 2.69 Å

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る