PDB-2bm9: cmcI-N160 in complex with SAM

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2bm9

タイトル

cmcI-N160 in complex with SAM

要素

CEPHALOSPORIN HYDROXYLASE CMCI

キーワード

PORIN / CEPHAMYCIN BIOSYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

lipid biosynthetic process / methyltransferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

STREPTOMYCES CLAVULIGERUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.94 Å

データ登録者

Oster, L.M. / Lester, D.R. / Terwisscha Van Scheltinga, A. / Svenda, M. / Genereux, C. / Andersson, I.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Insights Into Cephamycin Biosynthesis: The Crystal Structure of Cmci from Streptomyces Clavuligerus
著者: Oster, L.M. / Lester, D.R. / Terwisscha Van Scheltinga, A. / Svenda, M. / Van Lun, M. / Genereux, C. / Andersson, I.

履歴

登録	2005年3月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2006年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2bm9.cif.gz	289.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2bm9.ent.gz	236.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2bm9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/2bm9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/2bm9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2bm8SC 2br3C 2br4C 2br5C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2bm8-1 2bm8-2 2br3-d 2br4-d 2br5-d 1dxx-d 6lkh-d 6lk2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CEPHALOSPORIN HYDROXYLASE CMCI

B: CEPHALOSPORIN HYDROXYLASE CMCI

C: CEPHALOSPORIN HYDROXYLASE CMCI

D: CEPHALOSPORIN HYDROXYLASE CMCI

E: CEPHALOSPORIN HYDROXYLASE CMCI

F: CEPHALOSPORIN HYDROXYLASE CMCI

ヘテロ分子

168 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.805, 103.027, 182.024
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	CEPHALOSPORIN HYDROXYLASE CMCI 分子量: 27662.250 Da / 分子数: 6 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STREPTOMYCES CLAVULIGERUS (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: O85726, UniProt: B5GLB3*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 10 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 160 TO ASN ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 10 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 160 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 200 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LEU 10 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASP 160 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LEU 200 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, LEU 10 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, ASP 160 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, LEU 200 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, LEU 10 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, ASP 160 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, LEU 200 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, LEU 10 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, ASP 160 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, LEU 200 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, LEU 10 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, ASP 160 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, LEU 200 TO PHE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化	pH: 7.5 / 詳細: pH 7.50

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931
検出器	日付: 2004年4月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→91.3 Å / Num. obs: 37586 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 14
反射シェル	解像度: 2.9→3 Å / R_merge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BM8

2bm8

解像度: 2.94→55.05 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.908 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.835 / SU B: 24.988 / SU ML: 0.437 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.568 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.329	1885	5 %	RANDOM
R_work	0.264	-	-	-
obs	0.267	35606	98.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.31 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.14 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.94→55.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11442	0	162	167	11771

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.021	11946
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	10439
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.307	1.953	16258
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.839	3	24146
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.917	5	1383
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	1677
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	13348
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2631
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	2737
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.215	0.2	12901
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	7452
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	238
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.102	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.162	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.121	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.374	1.5	6969
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.707	2	11215
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.874	3	4977
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.516	4.5	5043
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.94→3.01 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.446	106
R_work	0.345	2143

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1353	-0.407	0.9022	1.8502	0.3399	2.1697	0.0595	-0.657	-0.0895	0.3516	-0.2653	0.1246	0.2507	-0.056	0.2058	0.5614	0.023	0.1628	0.2735	0.0706	0.5198	-6.656	40.691	71.337
2	1.9286	-0.2878	0.2928	2.3856	-0.3619	1.8429	0.0175	0.4051	0.0338	-0.1081	-0.118	0.1228	-0.0449	0.1662	0.1005	0.4698	0.1541	0.0133	0.129	0.0195	0.4832	-7.166	42.462	43.548
3	1.2812	-0.2364	-0.5347	2.0434	0.2468	1.5999	-0.1902	0.0311	-0.1896	-0.1963	0.0429	0.0417	0.3676	0.5666	0.1473	0.4808	0.2748	0.0485	0.4963	0.1066	0.3303	21.859	41.083	29.237
4	2.221	-0.0862	0.2733	1.1169	-0.9454	1.4322	-0.1286	0.3759	0.0872	0.0119	0.0664	-0.2573	0.1276	0.5263	0.0622	0.5049	0.0544	-0.0488	0.8537	-0.081	0.4759	41.664	56.632	73.33
5	2.0371	-0.3674	-0.4141	1.8064	0.7195	2.2472	-0.2342	0.035	0.1539	0.0615	0.2437	0.1103	0.0391	-0.0288	-0.0095	0.5086	0.0855	-0.052	0.5754	0.0572	0.301	16.411	58.782	85.081
6	1.1058	-0.0862	0.6892	1.9926	-0.1253	1.8232	-0.2423	0.2985	0.1263	0.0828	0.2666	-0.2254	-0.1098	1.4676	-0.0243	0.2279	0.0187	0.0658	1.5252	0.0744	0.3913	41.452	57.269	40.831

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 233
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	4 - 234
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	3 - 233
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 233
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	3 - 233
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	3 - 234

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