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- PDB-2bpn: SOLUTION STRUCTURE OF DESULFOVIBRIO VULGARIS (HILDENBOROUGH) FERR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bpn
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF DESULFOVIBRIO VULGARIS (HILDENBOROUGH) FERRICYTOCHROME C3, NMR, 20 STRUCTURES
要素CYTOCHROME C3
キーワードELECTRON TRANSPORT / HEMEPROTEIN / CYTOCHROME C3 / REDOX COOPERATIVITY / REDOX-BOHR COOPERATIVITY / TRANSDUCTION / PARAMAGNETIC
機能・相同性
機能・相同性情報


anaerobic respiration / periplasmic space / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Class III cytochrome C / Class III cytochrome C family / Cytochrome c, class III / Cytochrome C3 / Cytochrome C3 / Multiheme cytochrome c family profile. / Multiheme cytochrome superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Cytochrome c3
類似検索 - 構成要素
生物種DESULFOVIBRIO VULGARIS (バクテリア)
手法溶液NMR / TORSION ANGLE DYNAMICS WITH SIMULATED ANNEALING
データ登録者Messias, A.C. / Aguiar, A.P. / Brennan, L. / Xavier, A.V. / Turner, D.L.
引用
ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2006
タイトル: Solution Structures of Tetrahaem Ferricytochrome C(3) from Desulfovibrio Vulgaris (Hildenborough) and its K45Q Mutant: The Molecular Basis of Cooperativity.
著者: Messias, A.C. / Aguiar, A.P. / Brennan, L. / Salgueiro, C.A. / Saraiva, L.M. / Xavier, A.V. / Turner, D.L.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Solution Structure of Desulfovibrio Vulgaris (Hildenborough) Ferrocytochrome C3: Structural Basis for Functional Cooperativity.
著者: Messias, A.C. / Kastrau, D.H.W. / Costa, H.S. / Legall, J. / Turner, D.L. / Santos, H. / Xavier, A.V.
#2: ジャーナル: Inorg.Chim.Acta. / 年: 1998
タイトル: Refinement of the Three-Dimensional Structures of Cytochromes C3 from Desulfovibrio Vulgaris Hildenborough at 1.67 A Resolution and from Desulfovibrio Desulfuricans Atcc27774 at 1.6 A Resolution
著者: Simoes, P. / Matias, P.M. / Morais, J. / Wilson, K. / Dauter, Z. / Carrondo, M.A.
履歴
登録2005年4月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1615
ポリマ－11,6871
非ポリマー2,4744
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 155LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME C3


分子量: 11687.463 Da / 分子数: 1 / 断片: CYTOCHROME C3, RESIDUES 23-129 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) DESULFOVIBRIO VULGARIS (バクテリア) / 株: HILDENBOROUGH / 参照: UniProt: P00131
#2: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
構成要素の詳細PARTICIPATES IN SULFATE RESPIRATION COUPLED WITH PHOSPHORYLATION BY TRANSFERRING ELECTRONS FROM THE ...PARTICIPATES IN SULFATE RESPIRATION COUPLED WITH PHOSPHORYLATION BY TRANSFERRING ELECTRONS FROM THE ENZYME DEHYDROGENASE TO FERREDOXIN.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D-1H-NOESY
1212D-1H-TOCSY
1312D-1H-COSY
NMR実験の詳細Text: NONE

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試料調製

詳細内容: 92% WATER/8% D2O AND 100% D2O
試料状態pH: 7.1 / 温度: 303.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
PARADYANAD.L.TURNER,L,BRENNAN,S.G.CHAMBERLIN, R.O.LOURO, A.V.XAVIER精密化
PARADYANA構造決定
精密化手法: TORSION ANGLE DYNAMICS WITH SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 155 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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