+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2bp7 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | New crystal form of the Pseudomonas putida branched-chain dehydrogenase (E1) | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / FLAVOPROTEIN / THDP COFACTOR | ||||||
機能・相同性 | ![]() 3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (2-methylpropanoyl-transferring) / 3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (2-methylpropanoyl-transferring) activity / branched-chain amino acid catabolic process / response to nutrient 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Frank, R.A.W. / Pratap, J.V. / Pei, X.Y. / Perham, R.N. / Luisi, B.F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Molecular Origins of Specificity in the Assembly of a Multienzyme Complex. 著者: Frank, R.A.W. / Pratap, J.V. / Pei, X.Y. / Perham, R.N. / Luisi, B.F. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 556.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 461.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1qs0S S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Refine code: 4
NCSアンサンブル:
NCS oper: (Code: given Matrix: (0.930318, -0.311956, 0.192853), ベクター: |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45318.996 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P09060, 3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (2-methylpropanoyl-transferring) #2: タンパク質 | 分子量: 37172.172 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P09061, 3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (2-methylpropanoyl-transferring) #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 % |
---|---|
結晶化 | pH: 5.6 詳細: PROTEIN SAMPLE (1-5 PHOSPHATE PH6.3, 10MM DTT, 4MM MGCL2, 2MM ALPHA-CHLOROISOCAPROATE, 1MM THIAMINE DIPHOSPHATE., pH 5.60 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | 日付: 2002年3月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→20 Å / Num. obs: 101157 / % possible obs: 89.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 33 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1QS0 解像度: 2.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.891 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.858 / SU B: 14.934 / SU ML: 0.285 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.461 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THIS PSEUODOMONAS PUTIDA BRANCHED-CHAIN DEHYDROGENASE E1 STRUCTURE IS A PACKING MODEL OF A NEW CRYSTAL FORM. THE MODEL WAS OBTAINED BY ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THIS PSEUODOMONAS PUTIDA BRANCHED-CHAIN DEHYDROGENASE E1 STRUCTURE IS A PACKING MODEL OF A NEW CRYSTAL FORM. THE MODEL WAS OBTAINED BY MOLECULAR REPLACEMENT USING THE COORDINATES OF 1QS0, FOLLOWED BY RIGID BODY AND RESTRAINED REFINEMENT. NO MANUAL FITTING OF THE MODEL WAS PERFORMED.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.72 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|