PDB-2bp7: New crystal form of the Pseudomonas putida branched-chain dehydro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2bp7

タイトル

New crystal form of the Pseudomonas putida branched-chain dehydrogenase (E1)

要素

2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE ALPHA SUBUNIT
2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE BETA SUBUNIT

キーワード

OXIDOREDUCTASE / FLAVOPROTEIN / THDP COFACTOR

機能・相同性

機能・相同性情報

3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (2-methylpropanoyl-transferring) / branched-chain 2-oxo acid dehydrogenase activity / branched-chain amino acid catabolic process / response to nutrient
類似検索 - 分子機能

生物種

PSEUDOMONAS PUTIDA (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Frank, R.A.W. / Pratap, J.V. / Pei, X.Y. / Perham, R.N. / Luisi, B.F.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2005
タイトル: The Molecular Origins of Specificity in the Assembly of a Multienzyme Complex.
著者: Frank, R.A.W. / Pratap, J.V. / Pei, X.Y. / Perham, R.N. / Luisi, B.F.

履歴

登録	2005年4月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2005年8月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2bp7.cif.gz	556.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2bp7.ent.gz	461.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2bp7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/2bp7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/2bp7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1qs0S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1qs0-1 6lyk-d 6lyo-d 3pug-1 3oq8-d 2np9-d 31116 3m0y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (9) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (6) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE ALPHA SUBUNIT

B: 2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE BETA SUBUNIT

C: 2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE ALPHA SUBUNIT

D: 2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE BETA SUBUNIT

E: 2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE ALPHA SUBUNIT

F: 2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE BETA SUBUNIT

G: 2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE ALPHA SUBUNIT

H: 2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE BETA SUBUNIT

330 kDa, 8 ポリマー
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1

A: 2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE ALPHA SUBUNIT

B: 2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE BETA SUBUNIT

C: 2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE ALPHA SUBUNIT

D: 2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE BETA SUBUNIT

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
165 kDa, 4 ポリマー
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2

E: 2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE ALPHA SUBUNIT

F: 2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE BETA SUBUNIT

G: 2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE ALPHA SUBUNIT

H: 2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE BETA SUBUNIT

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
165 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	156.866, 156.866, 619.605
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
3	1	E
4	1	G
1	2	B
2	2	D
3	2	F
4	2	H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASN	ASN	LEU	LEU	A	A	2 - 408	2 - 408
2	1	ASN	ASN	LEU	LEU	C	C	2 - 408	2 - 408
3	1	ASN	ASN	LEU	LEU	E	E	2 - 408	2 - 408
4	1	ASN	ASN	LEU	LEU	G	G	2 - 408	2 - 408
1	2	THR	THR	VAL	VAL	B	B	3 - 339	3 - 339
2	2	THR	THR	VAL	VAL	D	D	3 - 339	3 - 339
3	2	THR	THR	VAL	VAL	F	F	3 - 339	3 - 339
4	2	THR	THR	VAL	VAL	H	H	3 - 339	3 - 339

NCSアンサンブル:

ID
1
2

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.930318, -0.311956, 0.192853), (0.363083, 0.709174, -0.604353), (0.051766, 0.632262, 0.773023)
ベクター: 44.7829, 153.35779, 33.65064)

#1: タンパク質	2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE ALPHA SUBUNIT / BRANCHED-CHAIN DEHYDROGENASE E1 / BRANCHED-CHAIN ALPHA-KETO ACID DEHYDROGENASE E1 COMPONENT ALPHA ...BRANCHED-CHAIN DEHYDROGENASE E1 / BRANCHED-CHAIN ALPHA-KETO ACID DEHYDROGENASE E1 COMPONENT ALPHA CHAIN / BCKDH E1-ALPHA 分子量: 45318.996 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS PUTIDA (バクテリア) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P09060, 3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (2-methylpropanoyl-transferring)
#2: タンパク質	2-OXOISOVALERATE DEHYDROGENASE BETA SUBUNIT / BRANCHED-CHAIN DEHYDROGENASE E1 / BRANCHED-CHAIN ALPHA-KETO ACID DEHYDROGENASE E1 COMPONENT BETA ...BRANCHED-CHAIN DEHYDROGENASE E1 / BRANCHED-CHAIN ALPHA-KETO ACID DEHYDROGENASE E1 COMPONENT BETA CHAIN / BCKDH E1-BETA 分子量: 37172.172 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS PUTIDA (バクテリア) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P09061, 3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (2-methylpropanoyl-transferring)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 63 %
結晶化	pH: 5.6 詳細: PROTEIN SAMPLE (1-5 PHOSPHATE PH6.3, 10MM DTT, 4MM MGCL2, 2MM ALPHA-CHLOROISOCAPROATE, 1MM THIAMINE DIPHOSPHATE., pH 5.60

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器	日付: 2002年3月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→20 Å / Num. obs: 101157 / % possible obs: 89.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 2.9→3 Å / R_merge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 33

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QS0

1qs0

解像度: 2.9→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.891 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.858 / SU B: 14.934 / SU ML: 0.285 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.461 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THIS PSEUODOMONAS PUTIDA BRANCHED-CHAIN DEHYDROGENASE E1 STRUCTURE IS A PACKING MODEL OF A NEW CRYSTAL FORM. THE MODEL WAS OBTAINED BY ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.254	3870	5 %	RANDOM
R_work	0.227	-	-	-
obs	0.228	73031	76.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.72 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.24 Å²	-0.12 Å²	0 Å²
2-	-	-0.24 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22980	0	0	138	23118

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.021	23452
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.961	1.927	31948
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.685	5	2972
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.943	23.346	1088
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.179	15	3548
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.498	15	188
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	3492
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	18352
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	12641
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.309	0.2	16350
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	918
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.355	0.2	72
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.178	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.937	5	15120
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.169	5	23840
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.73	7.5	9414
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.701	3	8108
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	3153	medium positional	0.16	0.5
1	2	C	3153	medium positional	0.18	0.5
1	3	E	3153	medium positional	0.16	0.5
1	4	G	3153	medium positional	0.17	0.5
2	1	B	2587	medium positional	0.11	0.5
2	2	D	2587	medium positional	0.1	0.5
2	3	F	2587	medium positional	0.11	0.5
2	4	H	2587	medium positional	0.11	0.5
1	1	A	3153	medium thermal	0.11	2
1	2	C	3153	medium thermal	0.1	2
1	3	E	3153	medium thermal	0.11	2
1	4	G	3153	medium thermal	0.1	2
2	1	B	2587	medium thermal	0.05	2
2	2	D	2587	medium thermal	0.04	2
2	3	F	2587	medium thermal	0.06	2
2	4	H	2587	medium thermal	0.04	2

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.97 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.377	126
R_work	0.34	2426

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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