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- PDB-2bo9: Human carboxypeptidase A4 in complex with human latexin. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bo9
タイトルHuman carboxypeptidase A4 in complex with human latexin.
要素
  • CARBOXYPEPTIDASE A4
  • HUMAN LATEXIN
キーワードHYDROLASE / METALLOCARBOXYPEPTIDASE / X-RAY CRYSTAL STRUCTURE / ENDOGENOUS PROTEIN INHIBITOR / LATEXIN / METALLOPROTEASE CARBOXYPEPTIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


metalloendopeptidase inhibitor activity / hormone catabolic process / peptide catabolic process / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / metallocarboxypeptidase activity / heparin binding / inflammatory response / proteolysis / extracellular space ...metalloendopeptidase inhibitor activity / hormone catabolic process / peptide catabolic process / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / metallocarboxypeptidase activity / heparin binding / inflammatory response / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Proteinase inhibitor I47, latexin / : / Latexin / Latexin (LXN)-type cystatin domain profile. / Carboxypeptidase A, carboxypeptidase domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #10 / Carboxypeptidase, activation peptide / Metallocarboxypeptidase-like, propeptide / Carboxypeptidase activation peptide / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 2 signature. ...Proteinase inhibitor I47, latexin / : / Latexin / Latexin (LXN)-type cystatin domain profile. / Carboxypeptidase A, carboxypeptidase domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #10 / Carboxypeptidase, activation peptide / Metallocarboxypeptidase-like, propeptide / Carboxypeptidase activation peptide / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 2 signature. / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 1 signature. / Zn_pept / Peptidase family M14 domain profile. / Zinc carboxypeptidase / Peptidase M14, carboxypeptidase A / Cystatin superfamily / Zn peptidases / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Aminopeptidase / Roll / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETONE / VALINE / Latexin / Carboxypeptidase A4
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Pallares, I. / Bonet, R. / Garcia-Castellanos, R. / Ventura, S. / Aviles, F.X. / Vendrell, J. / Gomis-Rueth, F.X.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2005
タイトル: Structure of Human Carboxypeptidase A4 with its Endogenous Protein Inhibitor, Latexin.
著者: Pallares, I. / Bonet, R. / Garcia-Castellanos, R. / Ventura, S. / Aviles, F.X. / Vendrell, J. / Gomis-Rueth, F.X.
履歴
登録2005年4月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2005年4月15日ID: 2BK7
改定 1.02005年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年7月12日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id ..._pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CARBOXYPEPTIDASE A4
B: HUMAN LATEXIN
C: CARBOXYPEPTIDASE A4
D: HUMAN LATEXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,00723
ポリマ－120,7244
非ポリマー2,28419
水20,7711153
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)78.922, 96.651, 92.358
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 CARBOXYPEPTIDASE A4 / CARBOXYPEPTIDASE A3 / UNQ694/PRO1339


分子量: 34564.723 Da / 分子数: 2 / 断片: ALPHA/BETA-HYDROLASE DOMAIN, RESIDUES 114-421 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-GLYCOSYLATION AT ASN148 IN BOTH COPIES PRESENT. / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト)
解説: CDNA PROVIDED BY DRS.HUANG AND SMITH, MAYO CLINIC, ROCHESTER, MN.
プラスミド: PPIC9 / 発現宿主: PICHIA PASTORIS (菌類) / 参照: UniProt: Q9UI42
#2: タンパク質 HUMAN LATEXIN / MUM


分子量: 25797.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PGAT2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9BS40

-
糖 , 1種, 2分子

#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 1170分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-VAL / VALINE / バリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 117.146 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2
#6: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-ACN / ACETONE / アセトン


分子量: 58.079 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H6O
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: 40% MPD; 0.1M BIS-TRIS PH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0067
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0067 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→48.3 Å / Num. obs: 179401 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 13.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
直接法モデル構築
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
MLPHARE位相決定
SIGMAA位相決定
直接法位相決定
REFMAC5.1.9999精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CPA4 WITHIN PCPA4

解像度: 1.6→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 2.467 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.066 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THERE IS NCS BETWEEN THE COMPLEX FORMED BY MOLECULES A-C AND COMPLEX B-D. IN MOLECULES B AND D, RESIDUES 218-222 ARE DISORDERED. THE ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THERE IS NCS BETWEEN THE COMPLEX FORMED BY MOLECULES A-C AND COMPLEX B-D. IN MOLECULES B AND D, RESIDUES 218-222 ARE DISORDERED. THE COORDINATES OF HUMAN PROCARBOXYPEPTIDASE A4 EMPLOYED FOR THE MR CORRESPOND TO PDB ENTRY 2BOA.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.176 678 0.4 %RANDOM
Rwork0.149 ---
obs0.15 178706 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.98 Å20 Å2-0.24 Å2
2---1.36 Å20 Å2
3----0.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8404 0 146 1153 9703
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0228811
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3481.93311984
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.18751044
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.36124.421432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.03151440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3681547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.21281
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026737
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.24224
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1250.2974
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.150.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1060.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8841.55399
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.34328532
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.12633931
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3574.53452
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.19 58
Rwork0.17 13087
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2499-0.1001-0.11010.56230.05610.5673-0.00140.0163-0.0001-0.00750.0094-0.01210.0169-0.0057-0.008-0.0666-0.0013-0.0001-0.0524-0.0012-0.03822.615943.902984.9449
20.3371-0.084-0.14510.65070.06770.6407-0.00120.0168-0.0023-0.01990.0033-0.01370.0225-0.0036-0.0021-0.06360.0001-0.0004-0.04880.0001-0.036722.619743.591385.0723
31.18890.08950.16930.5016-0.0230.9643-0.0125-0.07750.08230.0057-0.0350.1493-0.0698-0.21540.0475-0.09750.02820.0054-0.0001-0.0331-0.0041-4.045657.759594.428
41.3526-0.0020.07550.7436-0.011.22460.0068-0.08160.07410.0075-0.03890.1709-0.0799-0.26660.032-0.09890.02950.00440.0188-0.03240.0021-4.284557.624394.8258
50.2262-0.0962-0.02990.4082-0.10540.83480.01010.02860.0029-0.03340.0040.00340.00210.0311-0.0142-0.02580.0023-0.0018-0.05490.0004-0.045635.06648.115440.2271
60.2823-0.05010.02720.4756-0.10570.92530.00670.0330.0067-0.05080.00270.00470.00710.0341-0.0094-0.02220.0033-0.0004-0.05040.0003-0.040935.011848.430940.336
71.4221-0.03810.24380.37170.42241.59270.0747-0.0328-0.0434-0.0633-0.0103-0.15540.16560.2753-0.0644-0.0330.0526-0.0024-0.01160.0204-0.024157.151634.553858.2159
81.15730.01670.3440.67380.29351.78430.0413-0.0386-0.0385-0.05350.0096-0.19050.17570.3696-0.0509-0.06440.0540.00090.0470.0073-0.001357.204334.635458.6877
90.0502-0.0644-0.45421.09712.01956.14650.050.0325-0.0906-0.2135-0.0639-0.0268-0.335-0.12140.01390-0.00020.0001-0.00010029.527245.993658.9538
100.1953-0.0202-0.17690.16730.0190.6996-0.0034-0.00080.0007-0.0238-0.0010.00940.01660.01310.00440.0012-0.0009-0.01280.0031-0.00550.046527.569445.661668.577
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 308
2X-RAY DIFFRACTION2A3 - 308
3X-RAY DIFFRACTION2A999
4X-RAY DIFFRACTION3B1 - 217
5X-RAY DIFFRACTION4B1 - 217
6X-RAY DIFFRACTION5C3 - 308
7X-RAY DIFFRACTION6C3 - 308
8X-RAY DIFFRACTION6C999
9X-RAY DIFFRACTION7D1 - 217
10X-RAY DIFFRACTION8D1 - 217
11X-RAY DIFFRACTION9A901
12X-RAY DIFFRACTION9A998
13X-RAY DIFFRACTION9C901
14X-RAY DIFFRACTION9C998
15X-RAY DIFFRACTION10L1 - 13
16X-RAY DIFFRACTION10W1 - 1153

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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