PDB-2bo7: DISSECTION OF MANNOSYLGLYCERATE SYNTHASE: AN ARCHETYPAL MANNOSYLT...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2bo7

タイトル

DISSECTION OF MANNOSYLGLYCERATE SYNTHASE: AN ARCHETYPAL MANNOSYLTRANSFERASE

要素

MANNOSYLGLYCERATE SYNTHASE

キーワード

TRANSFERASE / CATALYSIS / GLYCOSYLTRANSFERASE / MANNOSE / STEREOSELECTIVITY

機能・相同性

機能・相同性情報

mannosylglycerate synthase / mannosylglycerate synthase activity / mannosylglycerate biosynthetic process / hexosyltransferase activity / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

RHODOTHERMUS MARINUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Flint, J. / Taylor, E. / Yang, M. / Bolam, D.N. / Tailford, L.E. / Martinez-Fleites, C. / Dodson, E.J. / Davis, B.G. / Gilbert, H.J. / Davies, G.J.

引用

ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2005
タイトル: Structural dissection and high-throughput screening of mannosylglycerate synthase.
著者: Flint, J. / Taylor, E. / Yang, M. / Bolam, D.N. / Tailford, L.E. / Martinez-Fleites, C. / Dodson, E.J. / Davis, B.G. / Gilbert, H.J. / Davies, G.J.

履歴

登録	2005年4月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2005年6月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2019年1月16日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _pdbx_struct_assembly.method_details
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2bo7.cif.gz	731.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2bo7.ent.gz	602.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2bo7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2bo7_validation.pdf.gz	4.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2bo7_full_validation.pdf.gz	4.5 MB	表示
XML形式データ	2bo7_validation.xml.gz	130.5 KB	表示
CIF形式データ	2bo7_validation.cif.gz	172.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/2bo7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/2bo7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2bo4C 2bo6SC 2bo8C C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2bo8-3 2bo8-1 2bo8-2 2bo4-2 2bo4-1 2bo6-1 4hb0-d 3v77-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: MANNOSYLGLYCERATE SYNTHASE

B: MANNOSYLGLYCERATE SYNTHASE

C: MANNOSYLGLYCERATE SYNTHASE

D: MANNOSYLGLYCERATE SYNTHASE

E: MANNOSYLGLYCERATE SYNTHASE

F: MANNOSYLGLYCERATE SYNTHASE

G: MANNOSYLGLYCERATE SYNTHASE

H: MANNOSYLGLYCERATE SYNTHASE

I: MANNOSYLGLYCERATE SYNTHASE

J: MANNOSYLGLYCERATE SYNTHASE

ヘテロ分子

467 kDa, 10 ポリマー
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1

A: MANNOSYLGLYCERATE SYNTHASE

B: MANNOSYLGLYCERATE SYNTHASE

C: MANNOSYLGLYCERATE SYNTHASE

D: MANNOSYLGLYCERATE SYNTHASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
187 kDa, 4 ポリマー
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2

E: MANNOSYLGLYCERATE SYNTHASE

F: MANNOSYLGLYCERATE SYNTHASE

G: MANNOSYLGLYCERATE SYNTHASE

H: MANNOSYLGLYCERATE SYNTHASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
187 kDa, 4 ポリマー
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3

I: MANNOSYLGLYCERATE SYNTHASE

J: MANNOSYLGLYCERATE SYNTHASE

ヘテロ分子

I: MANNOSYLGLYCERATE SYNTHASE

J: MANNOSYLGLYCERATE SYNTHASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
187 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	406.699, 162.140, 108.431
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H
9	1	I
10	1	J

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	2 - 500
2	1	1	1	B	2 - 500
3	1	1	1	C	2 - 500
4	1	1	1	D	2 - 500
5	1	1	1	E	2 - 500
6	1	1	1	F	2 - 500
7	1	1	1	G	2 - 500
8	1	1	1	H	2 - 500
9	1	1	1	I	2 - 500
10	1	1	1	J	2 - 500

#1: タンパク質	MANNOSYLGLYCERATE SYNTHASE 分子量: 46186.473 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) RHODOTHERMUS MARINUS (バクテリア) プラスミド: PET22B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TUNER 参照: UniProt: Q9RFR0, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.2 %
結晶化	詳細: 10 MM NACL, 0.1 M SODIUM ACETATE TRIHYDRATE, PH 4.6, 15% (V/V) MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9791
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.95→40 Å / Num. obs: 151344 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 13
反射シェル	解像度: 2.95→3.11 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 93

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0003	精密化
HKL		データ削減
HKL		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BO6

2bo6

解像度: 2.95→223.61 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 29.694 / SU ML: 0.255 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.915 / ESU R Free: 0.321 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.224	7443	5 %	RANDOM
R_work	0.207	-	-	-
obs	0.208	140625	97.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.38 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.21 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.71 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.95→223.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	31020	0	290	127	31437

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.021	32210
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.439	1.932	43880
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.297	5	3730
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.299	22.143	1680
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.176	15	5140
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.077	15	350
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	4650
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	25080
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.238	0.2	14455
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.322	0.2	22007
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.193	0.2	933
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.468	0.2	190
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.437	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.289	1.5	18987
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.39	2	30280
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.76	3	15115
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.042	4.5	13600
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3131 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	tight positional	0.07	0.05
2	B	tight positional	0.07	0.05
3	C	tight positional	0.06	0.05
4	D	tight positional	0.06	0.05
5	E	tight positional	0.06	0.05
6	F	tight positional	0.03	0.05
7	G	tight positional	0.04	0.05
8	H	tight positional	0.03	0.05
9	I	tight positional	0.04	0.05
10	J	tight positional	0.04	0.05
1	A	tight thermal	0.13	0.5
2	B	tight thermal	0.13	0.5
3	C	tight thermal	0.08	0.5
4	D	tight thermal	0.09	0.5
5	E	tight thermal	0.1	0.5
6	F	tight thermal	0.07	0.5
7	G	tight thermal	0.07	0.5
8	H	tight thermal	0.06	0.5
9	I	tight thermal	0.06	0.5
10	J	tight thermal	0.07	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.95→3.03 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.359	443
R_work	0.324	9237

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1058	0.4578	-0.0183	2.2083	-0.5964	1.5674	-0.0142	-0.0872	0.0318	-0.005	0.0152	0.173	0.2593	-0.1073	-0.0011	-0.2239	0.0578	0.0388	-0.4613	-0.0194	-0.4357	94.182	30.298	16.584
2	1.4347	-0.3944	0.8159	2.9062	-1.0388	2.8447	-0.0558	0.1838	-0.1168	-0.1519	0.0445	-0.0188	-0.1395	0.0863	0.0113	-0.3458	-0.0285	0.0407	-0.4716	-0.0208	-0.4188	93.434	74.65	-1.405
3	2.157	-0.2683	0.0858	2.391	1.5	2.9805	0.214	0.146	0.0895	-0.0558	-0.1585	0.1536	-0.035	-0.5154	-0.0556	-0.4055	0.1115	0.0887	-0.0812	0.0086	-0.1385	55.197	64.884	5.567
4	2.8643	-0.3741	-1.0975	1.2846	-0.0328	2.3215	0.064	0.3557	-0.193	-0.2001	-0.1598	0.2318	0.5321	-0.339	0.0958	-0.082	-0.0467	-0.0473	-0.0643	-0.1543	-0.2733	73.688	27.572	-18.02
5	1.7298	-0.032	0.1257	2.556	0.445	2.3146	-0.0554	-0.2049	0.0241	0.0071	-0.0775	-0.1685	-0.1818	0.0417	0.1329	-0.0917	0.1412	0.0156	-0.1459	0.0495	-0.4466	111.731	31.477	49.256
6	5.5554	0.7385	0.6942	1.7572	-0.282	2.1991	-0.0352	-0.321	1.4834	0.0723	-0.1927	-0.3142	-0.9852	0.264	0.2278	0.8558	-0.1453	-0.0961	0.0625	0.0672	0.4308	137.384	71.91	50.687
7	5.6143	-0.9818	0.1408	1.5458	-0.258	1.9161	0.0324	-0.8978	0.101	0.082	-0.1794	-0.2365	-0.2101	-0.1235	0.147	-0.0416	-0.0455	0.019	0.3978	0.0607	-0.356	129.16	32.26	85.339
8	2.345	-0.2956	-0.3462	1.2561	-0.3844	3.4227	0.0988	0.1413	0.2458	-0.1417	-0.1049	-0.1215	-0.3975	0.3437	0.0061	0.0897	-0.21	0.0424	0.4459	0.2933	0.0846	164.058	42.003	54.178
9	2.4548	-0.0409	-0.2777	2.0983	-0.8001	2.3064	0.2198	0.3991	0.0898	-0.2482	-0.1264	-0.0798	-0.0688	0.4112	-0.0934	-0.2058	-0.1414	0.0351	0.6919	0.1514	0.0206	189.425	14.492	56.168
10	3.7565	-1.44	0.3903	2.3737	-0.6884	1.8193	-0.0113	-0.2201	-0.4396	0.1421	0.13	0.1352	0.2161	0.4229	-0.1187	-0.3565	-0.1604	0.0676	0.3214	0.1106	0.1559	184.943	-7.892	98.418

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 382
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 382
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 382
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 382
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	2 - 382
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	2 - 382
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	2 - 382
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	2 - 382
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	2 - 382
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	2 - 382

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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