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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2bo3 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of HP0242, a Hypothetical Protein from Helicobacter pylori | ||||||
要素 | HYPOTHETICAL PROTEIN HP0242 | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / HELICOBACTER PYLORI / HYPOTHETICAL PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | HP0242-like domain / HP0242-like fold / Protein of unknown function DUF2018 / HP0242-like superfamily / Domain of unknown function (DUF2018) / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / metal ion binding / DUF2018 family protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | HELICOBACTER PYLORI (ピロリ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.27 Å | ||||||
データ登録者 | Sun, Y.-J. / Tsai, J.-Y. / Chen, B.-T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins: Struct., Funct., Bioinf. / 年: 2006 タイトル: Crystal Structure of Hp0242, a Hypothetical Protein from Helicobacter Pylori with a Novel Fold 著者: Tsai, J.-Y. / Chen H, B.-T. / Cheng, C. / Chen, H.Y. / Hsiao, N.W. / Liu, P.C. / Sun, Y.-J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2bo3.cif.gz | 30.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2bo3.ent.gz | 20.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2bo3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2bo3_validation.pdf.gz | 428.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2bo3_full_validation.pdf.gz | 432.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2bo3_validation.xml.gz | 6.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2bo3_validation.cif.gz | 8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/2bo3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/2bo3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | REMARK: THE PROTEIN HAS A NOVEL FOLDING AND THE DIMERMIMICS A TIGHT FIGURE-OF-EIGHT KNOT STRUCTURE |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11101.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HELICOBACTER PYLORI (ピロリ菌) / プラスミド: PET30A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: O25025 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % |
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結晶化 | pH: 8.5 / 詳細: pH 8.50 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL12B2 / 波長: 0.9799 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月7日 |
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9799 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.27→27.72 Å / Num. obs: 5957 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11.9 % / Biso Wilson estimate: 20.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 37.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.27→2.35 Å / 冗長度: 11.8 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 11.9 / % possible all: 92.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.27→27.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Data cutoff high absF: 311185.28 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.9536 Å2 / ksol: 0.369059 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.27→27.72 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.053 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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