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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2bmy | ||||||
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タイトル | Banana Lectin | ||||||
要素 | RIPENING-ASSOCIATED PROTEIN | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / MANNOSE-SPECIFIC JACALIN-RELATED LECTIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | MUSA ACUMINATA (植物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Meagher, J.L. / Winter, H.C. / Ezell, P. / Goldstein, I.J. / Stuckey, J.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Glycobiology / 年: 2005 タイトル: Crystal Structure of Banana Lectin Reveals a Novel Second Sugar Binding Site. 著者: Meagher, J.L. / Winter, H.C. / Ezell, P. / Goldstein, I.J. / Stuckey, J.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2bmy.cif.gz | 65.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2bmy.ent.gz | 49.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2bmy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/2bmy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/2bmy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14577.413 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUSA ACUMINATA (植物) / 参照: UniProt: O22321 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 74 % |
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結晶化 | pH: 8.25 詳細: 1.275M AMMONIUM SULFATE, 30MM CADMIUM CHLORIDE. 0.1M TRIS-HCL, PH=8.25 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 1.0332 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月8日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: DIAMOND III / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 39029 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→9.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 370166.4 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.1135 Å2 / ksol: 0.363248 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→9.99 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.65 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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