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万見
- PDB-2bl8: 1.6 Angstrom crystal structure of EntA-im: a bacterial immunity p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bl8
タイトル1.6 Angstrom crystal structure of EntA-im: a bacterial immunity protein conferring immunity to the antimicrobial activity of the pediocin-like bacteriocin, enterocin A
要素ENTEROCINE A IMMUNITY PROTEIN
キーワードBACTERIAL PROTEIN / ENTEROCIN A / ORF2 PROTEIN / IMMUNITY
機能・相同性
機能・相同性情報


bacteriocin immunity
類似検索 - 分子機能
Ta0600-like / Ta0600-like superfamily / Lactococcin-A immunity protein-like / Enterocin A Immunity / de novo design (two linked rop proteins) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Bacteriocin immunity protein
類似検索 - 構成要素
生物種ENTEROCOCCUS FAECIUM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Johnsen, L. / Dalhus, B. / Leiros, I. / Nissen-Meyer, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: 1.6-A Crystal Structure of Enta-Im: A Bacterial Immunity Protein Conferring Immunity to the Antimicrobial Activity of the Pediocin-Like Bacteriocin Enterocin A
著者: Johnsen, L. / Dalhus, B. / Leiros, I. / Nissen-Meyer, J.
履歴
登録2005年3月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENTEROCINE A IMMUNITY PROTEIN
B: ENTEROCINE A IMMUNITY PROTEIN
C: ENTEROCINE A IMMUNITY PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0805
ポリマ－36,7023
非ポリマー3782
水6,485360
1
A: ENTEROCINE A IMMUNITY PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2341
ポリマ－12,2341
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: ENTEROCINE A IMMUNITY PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6123
ポリマ－12,2341
非ポリマー3782
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: ENTEROCINE A IMMUNITY PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2341
ポリマ－12,2341
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)116.330, 42.370, 66.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.30, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-2036-

HOH

21C-2071-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 ENTEROCINE A IMMUNITY PROTEIN


分子量: 12233.946 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ENTEROCOCCUS FAECIUM (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47785
#2: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.6 %

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM1A / 波長: 0.8727
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8727 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 38124 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 92.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEITデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BL7

2bl7


解像度: 1.6→30 Å / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2428 1165 2.9 %RANDOM
Rwork0.2192 ---
obs0.2192 38124 95.3 %-
溶媒の処理Bsol: 54.1432 Å2 / ksol: 0.368412 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.103 Å20 Å2-3.448 Å2
2--1.788 Å20 Å2
3----1.89 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.2 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2232 0 26 360 2618
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004735
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.18183
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d17.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 119 3.4 %
Rwork0.302 3492 -
obs--90.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5FLC.PARAMFLC.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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