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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2bl7 | ||||||
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タイトル | 1.6 Angstrom crystal structure of EntA-im: a bacterial immunity protein conferring immunity to the antimicrobial activity of the pediocin-like bacteriocin, enterocin A | ||||||
要素 | ENTEROCINE A IMMUNITY PROTEIN | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / ENTEROCIN A / ORF2 PROTEIN / IMMUNITY / BACTERIAL PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | Ta0600-like / Ta0600-like superfamily / Lactococcin-A immunity protein-like / Enterocin A Immunity / bacteriocin immunity / de novo design (two linked rop proteins) / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Bacteriocin immunity protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | ENTEROCOCCUS FAECIUM (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Johnsen, L. / Dalhus, B. / Leiros, I. / Nissen-Meyer, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005 タイトル: 1.6-A Crystal Structure of Enta-Im: A Bacterial Immunity Protein Conferring Immunity to the Antimicrobial Activity of the Pediocin-Like Bacteriocin Enterocin A 著者: Johnsen, L. / Dalhus, B. / Leiros, I. / Nissen-Meyer, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2bl7.cif.gz | 26.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2bl7.ent.gz | 19.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2bl7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/2bl7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/2bl7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12410.708 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ENTEROCOCCUS FAECIUM (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47785 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | ENGINEERED |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9792 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 6364 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 16.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 98.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→50 Å / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | Bsol: 54.9115 Å2 / ksol: 0.378692 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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