PDB-2bl2: The membrane rotor of the V-type ATPase from Enterococcus hirae

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2bl2

タイトル

The membrane rotor of the V-type ATPase from Enterococcus hirae

要素

V-TYPE SODIUM ATP SYNTHASE SUBUNIT K

キーワード

HYDROLASE / V-TYPE ATPASE / K-RING / MEMBRANE ROTOR / SODIUM TRANSPORTER / HYDROGEN ION TRANSPORT / TRANSMEMBRANE

機能・相同性

機能・相同性情報

proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / sodium ion transport / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

ENTEROCOCCUS HIRAE (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Murata, T. / Yamato, I. / Kakinuma, Y. / Leslie, A.G.W. / Walker, J.E.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2005
タイトル: Structure of the Rotor of the Vacuolar-Type Na- ATPase from Enterococcus Hirae
著者: Murata, T. / Yamato, I. / Kakinuma, Y. / Leslie, A.G.W. / Walker, J.E.

履歴

登録	2005年2月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2005年4月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2bl2.cif.gz	340.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2bl2.ent.gz	277.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2bl2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/2bl2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/2bl2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2db4-d 2cyd-d 3h1c-1 3fz3-d 3ehk-d 4y4m-d 9581 2d5f-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#219 - 2018年3月液胞型ATPアーゼ (Vacuolar ATPase) 類似性 (4) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (1) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (1) #72 - 2005年12月 ATP合成酵素 (ATP Synthase) 類似性 (3)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#219 - 2018年3月
液胞型ATPアーゼ (Vacuolar ATPase)
類似性 (4)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#59 - 2004年11月
光化学系II (Photosystem II)
類似性 (1)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (1)
#72 - 2005年12月
ATP合成酵素 (ATP Synthase)
類似性 (3)

登録構造単位

A: V-TYPE SODIUM ATP SYNTHASE SUBUNIT K

B: V-TYPE SODIUM ATP SYNTHASE SUBUNIT K

C: V-TYPE SODIUM ATP SYNTHASE SUBUNIT K

D: V-TYPE SODIUM ATP SYNTHASE SUBUNIT K

E: V-TYPE SODIUM ATP SYNTHASE SUBUNIT K

F: V-TYPE SODIUM ATP SYNTHASE SUBUNIT K

G: V-TYPE SODIUM ATP SYNTHASE SUBUNIT K

H: V-TYPE SODIUM ATP SYNTHASE SUBUNIT K

I: V-TYPE SODIUM ATP SYNTHASE SUBUNIT K

J: V-TYPE SODIUM ATP SYNTHASE SUBUNIT K

ヘテロ分子

208 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.136, 125.604, 210.866
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	D
4	1	E
5	1	G
6	1	H
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	F
1	4	A
2	4	I
1	5	A
2	5	J

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	1 - 159
2	1	1	1	B	1 - 159
3	1	1	1	D	1 - 159
4	1	1	1	E	1 - 159
5	1	1	1	G	1 - 159
6	1	1	1	H	1 - 159
1	1	2	1	A	1 - 49
2	1	2	1	C	1 - 49
1	2	2	1	A	51 - 159
2	2	2	1	C	51 - 159
1	1	3	1	A	1 - 49
2	1	3	1	F	1 - 49
1	2	3	1	A	51 - 159
2	2	3	1	F	51 - 159
1	1	4	1	A	1 - 4
2	1	4	1	I	1 - 4
1	2	4	1	A	13 - 47
2	2	4	1	I	13 - 47
1	3	4	1	A	55 - 77
2	3	4	1	I	55 - 77
1	4	4	1	A	86 - 125
2	4	4	1	I	86 - 125
1	5	4	1	A	127 - 154
2	5	4	1	I	127 - 154
1	6	4	1	A	157 - 159
2	6	4	1	I	157 - 159
1	1	5	1	A	13 - 78
2	1	5	1	J	13 - 78
1	2	5	1	A	89 - 159
2	2	5	1	J	89 - 159

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5

#1: タンパク質	V-TYPE SODIUM ATP SYNTHASE SUBUNIT K / NTPK RING / NA(+)-TRANSLOCATING ATPASE SUBUNIT K / SODIUM ATPASE PROTEOLIPID COMPONENT 分子量: 16043.918 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ENTEROCOCCUS HIRAE (バクテリア) / 参照: UniProt: P43457, H+-transporting two-sector ATPase
#2: 化合物	... ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル分子量: 722.970 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₈H₇₅O₁₀P / コメント: リン脂質*YM
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	... ChemComp-UMQ / UNDECYL-MALTOSIDE / UNDECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / ウンデシルβ-マルトシド分子量: 496.589 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₄₄O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 348 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	FUNCTION: INVOLVEMENT IN ATP-DRIVEN SODIUM EXTRUSION

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.84 %
結晶化	pH: 8 詳細: 32% PEG 400, 220MM NA CITRATE, 0.32MM DODECYLMALTOSIDE, 1.2MM UNDECYLMALTOSIDE, pH 8.00

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9792
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月23日
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→61.3 Å / Num. obs: 184567 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 9.1
反射シェル	解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHARP		位相決定
SHELXD		位相決定
REFMAC	5.1.24	精密化

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.1→61 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU ML: 0.077 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. LIPIDS WITH RESIDUE NUMBERS 160,161 AND 162 FOR CHAINS A TO J ARE VERY DISORDERED, AND MAY IN FACT BE DETERGENT MOLECULES. DETERGENTS WITH ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2	5580	3 %	RANDOM
R_work	0.19	-	-	-
obs	0.191	178986	99.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.82 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.93 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11280	0	1478	348	13106

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	13181
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.955	2.06	17311
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.114	5	1550
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	1986
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	8572
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.181	0.2	7264
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.106	0.2	540
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.125	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.107	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.832	3	7694
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.455	5	12231
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.657	5	5487
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.703	8	5080
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1245	tight positional	0.01	0.05
1	2	B	1245	tight positional	0.01	0.05
1	3	D	1245	tight positional	0.01	0.05
1	4	E	1245	tight positional	0.01	0.05
1	5	G	1245	tight positional	0.01	0.05
1	6	H	1245	tight positional	0.01	0.05
2	1	A	1236	tight positional	0.01	0.05
3	1	A	1236	tight positional	0.02	0.05
4	1	A	1039	tight positional	0.03	0.05
5	1	A	1076	tight positional	0.02	0.05
1	1	A	1245	tight thermal	0.57	5
1	2	B	1245	tight thermal	0.68	5
1	3	D	1245	tight thermal	0.65	5
1	4	E	1245	tight thermal	0.64	5
1	5	G	1245	tight thermal	0.72	5
1	6	H	1245	tight thermal	0.88	5
2	1	A	1236	tight thermal	0.6	5
3	1	A	1236	tight thermal	0.65	5
4	1	A	1039	tight thermal	0.74	5
5	1	A	1076	tight thermal	0.71	5

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.265	383
R_work	0.277	12783

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9051	-0.5296	0.0082	0.8262	0.3186	1.3949	0.1852	0.0775	0.4163	-0.0525	0.0035	-0.0955	-0.3403	0.1956	-0.1887	0.2089	-0.0532	0.1116	0.0755	-0.0515	0.2487	36.7404	58.714	21.1111
2	2.0198	-0.5461	-0.21	0.8876	0.108	1.3037	0.1882	-0.135	0.3607	0.1673	0.0006	-0.0839	-0.3341	0.3014	-0.1887	0.2688	-0.1041	0.1063	0.1274	-0.163	0.2776	34.6116	61.3134	38.6539
3	1.7291	-0.5649	-0.5356	1.3016	-0.1835	1.1235	0.1429	-0.3833	0.2547	0.3855	-0.0092	-0.062	-0.2312	0.3895	-0.1337	0.3099	-0.0832	0.0569	0.2794	-0.1837	0.2007	32.5024	53.0736	54.4158
4	1.977	-0.2567	-0.3239	1.604	0.0272	0.9577	0.0579	-0.4979	0.1012	0.491	0.0112	-0.0677	-0.0525	0.4162	-0.0692	0.3506	-0.0141	0.0097	0.3968	-0.061	0.1237	31.1815	37.1432	62.3763
5	2.5217	0.0987	-0.407	1.3534	0.1435	0.934	-0.0391	-0.4588	0.0206	0.4424	0.0455	-0.0534	0.1593	0.3948	-0.0064	0.3368	0.0674	0.0109	0.3372	0.0965	0.1332	31.1673	19.5391	59.382
6	1.4988	0.2551	-0.7109	0.9348	0.0927	1.1459	-0.0889	-0.3614	-0.1275	0.2694	0.02	-0.0506	0.2841	0.2919	0.0689	0.2778	0.1017	0.036	0.1928	0.1521	0.1959	32.4829	7.0194	46.6663
7	1.8208	0.4844	-0.3056	0.8441	-0.0967	1.2067	-0.0645	-0.1875	-0.324	0.0785	-0.0108	-0.0529	0.2886	0.1779	0.0753	0.2113	0.0784	0.0471	0.0795	0.096	0.2034	34.64	4.2853	29.1294
8	1.9604	0.2873	0.3824	0.699	-0.1282	1.1771	0.0102	-0.0058	-0.3343	-0.0602	-0.0224	-0.055	0.1841	0.1274	0.0121	0.1197	0.0451	0.0236	0.0721	0.012	0.1222	36.8353	12.5157	13.4405
9	2.4982	0.0448	0.3571	0.4201	-0.1475	0.5665	0.0455	0.0868	-0.1012	-0.0816	-0.0201	-0.0186	-0.0002	0.0733	-0.0254	0.0731	0.0133	0.0216	0.1155	-0.0056	0.0413	38.1112	28.4671	5.5305
10	1.3938	-0.2968	0.075	0.6072	0.1132	0.8311	0.1016	0.0655	0.249	-0.0935	-0.0043	-0.047	-0.176	0.0621	-0.0974	0.1201	-0.0062	0.0594	0.1102	0.0078	0.1061	38.0967	46.1378	8.4345

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 156
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 156
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 156
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 156
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 156
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 156
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1 - 156
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	1 - 156
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	1 - 156
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	1 - 156

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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