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万見
- PDB-2bl1: Crystal structure of a putative phosphinothricin Acetyltransferas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bl1
タイトルCrystal structure of a putative phosphinothricin Acetyltransferase (PA4866) from Pseudomonas aeruginosa PAC1
要素PUTATIVE PHOSPHINOTHRICIN N-ACETYLTRANSFERASE PA4866
キーワードTRANSFERASE / GNAT / N-ACETYLTRANSFERASE / HYPOTHETICAL PROTEIN / PHOSPHINOTHRICIN / GCN5 FAMILY / PSEUDOMONAS AERUGINOSA
機能・相同性
機能・相同性情報


acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
類似検索 - 分子機能
Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AZIDE ION / L-methionine sulfoximine/L-methionine sulfone acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Davies, A.M. / Tata, R. / Agha, R. / Sutton, B.J. / Brown, P.R.
引用ジャーナル: Proteins: Struct., Funct., Bioinf. / 年: 2005
タイトル: Crystal Structure of a Putative Phosphinothricin Acetyltransferase (Pa4866) from Pseudomonas Aeruginosa Pac1
著者: Davies, A.M. / Tata, R. / Agha, R. / Sutton, B.J. / Brown, P.R.
履歴
登録2005年2月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42019年6月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PUTATIVE PHOSPHINOTHRICIN N-ACETYLTRANSFERASE PA4866
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4688
ポリマ－18,9201
非ポリマー5487
水3,837213
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)79.990, 79.990, 61.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 PUTATIVE PHOSPHINOTHRICIN N-ACETYLTRANSFERASE PA4866


分子量: 18919.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: PAC1 (8602) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE3) / 参照: UniProt: Q9HUU7
#2: 化合物 ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド


分子量: 42.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細IN STRAIN PAC1, RESIDUE 47 IS ALA, AS OPPOSED TO THR IN STRAIN PAO1 : SEQUENCE DISCREPANCY BETWEEN ...IN STRAIN PAC1, RESIDUE 47 IS ALA, AS OPPOSED TO THR IN STRAIN PAO1 : SEQUENCE DISCREPANCY BETWEEN PAC1 AND PAO1. RESIDUE 33 IS MODELLED AS ALA DUE TO DISORDER

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.39 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLISED USING HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION. RESERVOIR SOLUTION CONTAINED 1ML OF 0.1M HEPES AT PH7.3, 23-27% PEG 8000 AND 0.1% AZIDE. DROP SIZE WAS 1 MICROLITRE, TO WHICH 1 ...詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLISED USING HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION. RESERVOIR SOLUTION CONTAINED 1ML OF 0.1M HEPES AT PH7.3, 23-27% PEG 8000 AND 0.1% AZIDE. DROP SIZE WAS 1 MICROLITRE, TO WHICH 1 MICROLITRE OF PROTEIN SOLUTION AT 10 MG/ML WAS ADDED.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.975
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→70 Å / Num. obs: 13388 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 21.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 96.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2→6 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: RESIDUES A 1 AND A 2 WERE DISORDERED AND THEREFORE NOT MODELLED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2294 659 4.92 %RANDOM
Rwork0.1974 ---
obs0.1974 13388 96.1 %-
溶媒の処理Bsol: 61.36 Å2 / ksol: 0.345 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 24.04 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å / Luzzati d res low obs: 6 Å / Luzzati sigma a obs: 0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1303 0 35 213 1551
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.41
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.68
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.06
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 13 /
Rfactor反射数
Rfree0.2509 57
Rwork0.2656 954

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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