PDB-2bl0: Physarum polycephalum myosin II regulatory domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2bl0

タイトル

Physarum polycephalum myosin II regulatory domain

要素

(MYOSIN REGULATORY LIGHT CHAIN) x 2
MAJOR PLASMODIAL MYOSIN HEAVY CHAIN

キーワード

MUSCLE PROTEIN / SLIME MOULD / EF-HAND / MYOSIN

機能・相同性

機能・相同性情報

myosin complex / myosin II complex / microfilament motor activity / actin filament organization / actin filament binding / calcium ion binding / ATP binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

PHYSARUM POLYCEPHALUM (真核生物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Debreczeni, J.E. / Farkas, L. / Harmat, V. / Nyitray, L.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Structural Evidence for Non-Canonical Binding of Ca2+ to a Canonical EF-Hand of a Conventional Myosin.
著者: Debreczeni, J.E. / Farkas, L. / Harmat, V. / Hetenyi, C. / Hajdu, I. / Zavodszky, P. / Kohama, K. / Nyitray, L.

履歴

登録	2005年2月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2005年10月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2019年7月24日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2bl0.cif.gz	88.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2bl0.ent.gz	67.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2bl0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/2bl0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/2bl0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3ucu-d 3ud4-d 3nop-d 3muv-d 2b0l-d 3tsw-3 6pu2-2 3ucz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#18 - 2001年6月ミオシン (Myosin) 類似性 (15) #174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (8) #243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (2) #64 - 2005年4月キネシン (Kinesin) 類似性 (1) #175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#18 - 2001年6月
ミオシン (Myosin)
類似性 (15)
#174 - 2014年6月
GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins)
類似性 (8)
#243 - 2020年3月
電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels)
類似性 (2)
#64 - 2005年4月
キネシン (Kinesin)
類似性 (1)
#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: MAJOR PLASMODIAL MYOSIN HEAVY CHAIN

B: MYOSIN REGULATORY LIGHT CHAIN

C: MYOSIN REGULATORY LIGHT CHAIN

ヘテロ分子

39.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.574, 70.858, 97.877
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	MAJOR PLASMODIAL MYOSIN HEAVY CHAIN / PHYSARUM POLYCEPHALUM MYOSIN II HEAVY CHAIN 分子量: 7577.932 Da / 分子数: 1 / 断片: REGULATORY DOMAIN, RESIDUES 778-840 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PHYSARUM POLYCEPHALUM (真核生物) / 発現宿主: ESCHERICIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9BJD3, EC: 3.6.1.32
#2: タンパク質	MYOSIN REGULATORY LIGHT CHAIN / PHYSARUM POLYCEPHALUM MYOSIN II ESSENTIAL LIGHT CHAIN / CALCIUM-BINDING LIGHT CHAIN 分子量: 15937.804 Da / 分子数: 1 / 断片: REGULATORY DOMAIN, RESIDUES 1-145 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PHYSARUM POLYCEPHALUM (真核生物) / 発現宿主: ESCHERICIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P08053, EC: 3.6.1.32
#3: タンパク質	MYOSIN REGULATORY LIGHT CHAIN / PHYSARUM POLYCEPHALUM MYOSIN II REGULATORY LIGHT CHAIN 分子量: 16195.120 Da / 分子数: 1 / 断片: REGULATORY DOMAIN, RESIDUES 14-155 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PHYSARUM POLYCEPHALUM (真核生物) / 発現宿主: ESCHERICIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8WSQ4, EC: 3.6.1.32
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.56 %
結晶化	詳細: PROTEIN SOL: 8.5 MG/ML PHYS RD IN 10 MM TRIS PH 7.6, 10 MM CACL2, RESERVOIR SOL: 20% PEG4000, 0.5 M CAAC PH 4.6, 0.1 M NH4AC, 0.05 M NACL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.98
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→57.7 Å / Num. obs: 39847 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 13
反射シェル	解像度: 1.75→1.85 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELXD		位相決定
SHARP		位相決定
直接法		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.75→57.74 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 2.88 / SU ML: 0.093 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.252	1990	5 %	RANDOM
R_work	0.219	-	-	-
obs	0.221	37613	99.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.24 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.09 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→57.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2774	0	2	230	3006

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	2895
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2630
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.223	1.955	3897
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.83	3	6150
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.996	5	347
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	429
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3200
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	592
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	685
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.234	0.2	2946
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	1622
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.137	0.2	150
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.224	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.189	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.21	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.653	1.5	1745
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.213	2	2812
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.925	3	1150
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.203	4.5	1085
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.79 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.279	139
R_work	0.278	2754

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.0209	0.0699	0.4244	0.3621	0.6127	2.023	-0.1032	-0.1062	0.0381	0.0082	-0.1813	0.0889	0.0138	-0.2406	0.2845	0.1968	-0.0274	-0.0223	0.2543	-0.0351	0.2142	24.5375	31.8122	48.0305
2	2.2606	1.0728	-0.2988	1.1245	-0.7096	1.6667	-0.0652	0.0421	-0.0092	-0.037	0.0097	-0.0088	-0.0547	-0.006	0.0555	0.2175	0.008	-0.0336	0.1793	0.0143	0.205	38.9723	43.5476	55.9142
3	0.6075	-0.5094	-0.4972	1.5896	-0.6495	1.4788	-0.0949	-0.0803	-0.0014	0.0342	0.0916	0.0694	-0.0793	-0.023	0.0033	0.2047	0.0481	-0.0104	0.2117	0.0265	0.2231	33.4388	32.317	77.635
4	3.8193	1.3441	-0.6902	1.4966	-0.3598	1.4118	-0.1738	-0.0082	0.0408	-0.1483	0.1818	0.0042	0.0084	-0.0626	-0.008	0.2427	-0.0328	-0.0192	0.1665	-0.0071	0.162	21.581	20.9789	17.939
5	5.0076	0.4133	2.7489	3.1738	0.5091	5.7803	-0.0532	-0.9748	0.4003	0.184	-0.4928	0.176	0.2083	-1.4895	0.546	0.0857	-0.0889	0.0432	0.5259	-0.2686	0.1372	11.4362	33.2649	43.0717

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	778 - 840
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 71
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	72 - 145
4	X-RAY DIFFRACTION	4	C	13 - 86
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	87 - 154

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