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万見
- PDB-2bkw: Yeast alanine:glyoxylate aminotransferase YFL030w -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bkw
タイトルYeast alanine:glyoxylate aminotransferase YFL030w
要素ALANINE-GLYOXYLATE AMINOTRANSFERASE 1
キーワードTRANSFERASE / ANALINE-GLYOXYLATE AMINOTRANSFERASE / PYRIDOXAL-5-PHOSPHATE / SAD / GLYCOLATE PATHWAY
機能・相同性
機能・相同性情報


alanine-glyoxylate transaminase / glycine biosynthetic process, by transamination of glyoxylate / L-serine-pyruvate transaminase activity / alanine-glyoxylate transaminase activity / peroxisome / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serine-pyruvate aminotransferase/2-aminoethylphosphonate-pyruvate transaminase / Aminotransferases class-V pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain ...Serine-pyruvate aminotransferase/2-aminoethylphosphonate-pyruvate transaminase / Aminotransferases class-V pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLYOXYLIC ACID / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Alanine--glyoxylate aminotransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE S288C (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Meyer, P. / Liger, D. / Leulliot, N. / Quevillon-Cheruel, S. / Zhou, C.Z. / Borel, F. / Ferrer, J.L. / Poupon, A. / Janin, J. / van Tilbeurgh, H.
引用ジャーナル: Biochimie / 年: 2005
タイトル: Crystal Structure and Confirmation of the Alanine:Glyoxylate Aminotransferase Activity of the Yfl030W Yeast Protein
著者: Meyer, P. / Liger, D. / Leulliot, N. / Quevillon-Cheruel, S. / Zhou, C.Z. / Borel, F. / Ferrer, J.L. / Poupon, A. / Janin, J. / Van Tilbeurgh, H.
履歴
登録2005年2月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月18日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALANINE-GLYOXYLATE AMINOTRANSFERASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6043
ポリマ－42,2831
非ポリマー3212
水1,60389
1
A: ALANINE-GLYOXYLATE AMINOTRANSFERASE 1
ヘテロ分子

A: ALANINE-GLYOXYLATE AMINOTRANSFERASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,2096
ポリマ－84,5672
非ポリマー6424
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_465y-1,x+1,-z1
Buried area5970 Å2
ΔGint-21.4 kcal/mol
Surface area25370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.400, 57.400, 184.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2016-

HOH

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要素

#1: タンパク質 ALANINE-GLYOXYLATE AMINOTRANSFERASE 1


分子量: 42283.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PYRIDOXAL 5'-PHOSPHATE LINK TO A 201, GLYOXYLATE
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE S288C (パン酵母)
プラスミド: PET9 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P43567, alanine-glyoxylate transaminase
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-GLV / GLYOXYLIC ACID / GLYOXALATE / GLYOXYLATE / グリオキシル酸


分子量: 74.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H2O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細FUNCTION: ALLOWS THE BIOSYNTHESIS OF GLYCINE
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 %
結晶化詳細: 0.2 M AMONIUM SULPHATE, 30% PEG MME 2000, 0.1 M SODIUM ACETATE, PH4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9784
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9784 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.57→28 Å / Num. obs: 11595 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 25.5
反射 シェル解像度: 2.57→2.65 Å / Rmerge(I) obs: 0.16 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 92.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
CCP4データスケーリング
CNS位相決定
RESOLVE位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.57→28 Å / Data cutoff high absF: 10000 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: FIRST AND LAST TWO RESIDUES ARE ABSENT FROM THE MODEL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2583 599 5 %RANDOM
Rwork0.1985 ---
obs0.1985 11593 97.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 16.8386 Å2 / ksol: 0.31765 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.348 Å2-2.742 Å20 Å2
2--2.348 Å20 Å2
3----4.697 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.57→28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2919 0 20 89 3028
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.00702
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.33127
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.341.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.1712
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.2412
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.2622.5
LS精密化 シェル解像度: 2.57→2.65 Å / Total num. of bins used: 11 /
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 35 5 %
Rwork0.174 767 -
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP_LLP.PARAMPROTEIN_LLP.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3GLV.PARAMGLV.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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