+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2bkj | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | NADPH:FMN OXIDOREDUCTASE FROM VIBRIO HARVEYI COMPLEXED WITH NAD+ | ||||||
要素 | FLAVIN REDUCTASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / FRP | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 FMN reductase (NADPH) / FMN reductase (NAD(P)H) activity / FMN reductase (NADPH) activity / bioluminescence 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Vibrio harveyi (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å | ||||||
データ登録者 | Tanner, J.J. / TU, S.-C. / Krause, K.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1999 タイトル: Unusual folded conformation of nicotinamide adenine dinucleotide bound to flavin reductase P. 著者: Tanner, J.J. / Tu, S.C. / Barbour, L.J. / Barnes, C.L. / Krause, K.L. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996 タイトル: Flavin Reductase P: Structure of a Dimeric Enzyme that Reduces Flavin 著者: Tanner, J.J. / Lei, B. / TU, S.C. / Krause, K.L. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994 タイトル: Crystallization and Preliminary Crystallographic Analysis of Nadph:Fmn Oxidoreductase from Vibrio Harveyi 著者: Tanner, J. / Lei, B. / Liu, M. / TU, S.C. / Krause, K.L. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2bkj.cif.gz | 100.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2bkj.ent.gz | 75.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2bkj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2bkj_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 2bkj_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2bkj_validation.xml.gz | 20 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2bkj_validation.cif.gz | 26.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/2bkj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/2bkj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1bkjS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.351634, -0.373835, -0.858255), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26333.619 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio harveyi (バクテリア) / 株: JM109 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 参照: UniProt: Q56691, 酸化還元酵素; その他が電子受容体 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NAD / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 7 / 詳細: pH 7.0 | |||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Tanner, J., (1994) J.Mol.Biol., 241, 283. | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K |
---|---|
放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1993年10月10日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.08→32 Å / Num. obs: 23598 / % possible obs: 84 % / 冗長度: 2.1 % / Rsym value: 0.034 |
反射 シェル | 解像度: 2.08→2.2 Å / % possible all: 38 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.034 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 38 % |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1BKJ 解像度: 2.08→32 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 詳細: PARAMETERS AND TOPOLOGY FILES FROM X-PLOR 3.851 DISTRIBUTION. FREE R VALUE TEST SET SELECTION IS THE SAME TEST SET THAT USED IN DETERMINATION OF PDB ENTRY 1BKJ.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.08→32 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.08→2.24 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|