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- PDB-2bkj: NADPH:FMN OXIDOREDUCTASE FROM VIBRIO HARVEYI COMPLEXED WITH NAD+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bkj
タイトルNADPH:FMN OXIDOREDUCTASE FROM VIBRIO HARVEYI COMPLEXED WITH NAD+
要素FLAVIN REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / FRP
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN reductase (NADPH) / FMN reductase (NADPH) activity / bioluminescence
類似検索 - 分子機能
Flavin oxidoreductase Frp family / NADH Oxidase / NADH Oxidase / Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / NADPH-flavin oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio harveyi (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Tanner, J.J. / TU, S.-C. / Krause, K.L.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1999
タイトル: Unusual folded conformation of nicotinamide adenine dinucleotide bound to flavin reductase P.
著者: Tanner, J.J. / Tu, S.C. / Barbour, L.J. / Barnes, C.L. / Krause, K.L.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Flavin Reductase P: Structure of a Dimeric Enzyme that Reduces Flavin
著者: Tanner, J.J. / Lei, B. / TU, S.C. / Krause, K.L.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Crystallization and Preliminary Crystallographic Analysis of Nadph:Fmn Oxidoreductase from Vibrio Harveyi
著者: Tanner, J. / Lei, B. / Liu, M. / TU, S.C. / Krause, K.L.
履歴
登録1998年7月23日処理サイト: BNL
改定 1.01999年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.42023年8月9日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FLAVIN REDUCTASE
B: FLAVIN REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2435
ポリマ－52,6672
非ポリマー1,5763
水1,31573
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11590 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area16020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.200, 85.900, 59.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.70, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.351634, -0.373835, -0.858255), (-0.377181, -0.895672, 0.235599), (-0.85679, 0.240873, -0.455952)
ベクター: 17.1469, 12.5814, 21.5066)

-
要素

#1: タンパク質 FLAVIN REDUCTASE / FLAVIN REDUCTASE P / FRP / FMN REDUCTASE / NADPH/:FMN OXIDOREDUCTASE


分子量: 26333.619 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio harveyi (バクテリア) / 株: JM109 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109
参照: UniProt: Q56691, 酸化還元酵素; その他が電子受容体
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.0
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Tanner, J., (1994) J.Mol.Biol., 241, 283.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15-8 mg/mlenzyme1drop
210 mMTris-HCl1drop
330 %PEG60001reservoir
40.1 MHEPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1993年10月10日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→32 Å / Num. obs: 23598 / % possible obs: 84 % / 冗長度: 2.1 % / Rsym value: 0.034
反射 シェル解像度: 2.08→2.2 Å / % possible all: 38
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.034
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 38 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
MADNESデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BKJ

1bkj


解像度: 2.08→32 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
詳細: PARAMETERS AND TOPOLOGY FILES FROM X-PLOR 3.851 DISTRIBUTION. FREE R VALUE TEST SET SELECTION IS THE SAME TEST SET THAT USED IN DETERMINATION OF PDB ENTRY 1BKJ.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 2159 10 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.185 23598 84 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.08→32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3396 0 106 73 3575
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d22.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
LS精密化 シェル解像度: 2.08→2.24 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 219 10 %
Rwork0.224 2466 -
obs--48 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM11.DNATOPOLOGY.FMN
X-RAY DIFFRACTION3PARAM.FMN,PARAM.NADTOPOLOGY.NAD
X-RAY DIFFRACTION4PARAM11.WAT
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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