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- PDB-2bka: CC3(TIP30)Crystal Structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bka
タイトルCC3(TIP30)Crystal Structure
要素TAT-INTERACTING PROTEIN TIP30
キーワードTRANSCRIPTION / CC3 / TIP30 / NADPH / PEG600
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of programmed cell death / protein autophosphorylation / regulation of translation / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
NAD(P)H-binding / NAD(P)-binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / Protein HTATIP2 / Protein HTATIP2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者El Omari, K. / Bird, L.E. / Nichols, C.E. / Ren, J. / Stammers, D.K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Crystal Structure of Cc3 (Tip30): Implications for its Role as a Tumor Suppressor
著者: El Omari, K. / Bird, L.E. / Nichols, C.E. / Ren, J. / Stammers, D.K.
履歴
登録2005年2月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月21日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TAT-INTERACTING PROTEIN TIP30
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5837
ポリマ－27,0911
非ポリマー1,4926
水6,071337
1
A: TAT-INTERACTING PROTEIN TIP30
ヘテロ分子

A: TAT-INTERACTING PROTEIN TIP30
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,16614
ポリマ－54,1822
非ポリマー2,98412
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)68.140, 68.140, 119.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-901-

PE8

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 TAT-INTERACTING PROTEIN TIP30 / CC3


分子量: 27091.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET45B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O60520, UniProt: Q9BUP3*PLUS

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非ポリマー , 5種, 343分子

#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-PE8 / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL


分子量: 370.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O9
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 337 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THE RESIDUE CONFLCIT DESCRIBED IN THE SEQADV RECORDS BELOW IS A NATURAL VARIANT SEEN IN OTHER CC3 ...THE RESIDUE CONFLCIT DESCRIBED IN THE SEQADV RECORDS BELOW IS A NATURAL VARIANT SEEN IN OTHER CC3 SEQUENCES, WHERE THE ARGININE AT POSITION 182 IS REPLACED BY A TRYPTOPHAN. FOR EXAMPLE: GB ENTRY NP006401

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 %
解説: MAD DATA WERE COLLECTED FROM A SEMET CRYSTAL AT ESRF BM14
結晶化pH: 8.4
詳細: 1.8M AMMONIUM SULPHATE 0.1M TRIS AT PH 8.4 8% PEG 600

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 665406 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -1.5 / 冗長度: 18.5 % / Biso Wilson estimate: 15.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 33
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 15.5 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→29.58 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1602878.35 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: RESIDUAL, MLF
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.191 1780 5 %RANDOM
Rwork0.166 ---
obs0.166 35941 99.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.3465 Å2 / ksol: 0.376992 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 20.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.22 Å2-0.43 Å20 Å2
2---0.22 Å20 Å2
3---0.45 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.18 Å0.15 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.09 Å0.06 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1826 0 95 337 2258
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.87
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.384
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.216
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.515
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.5610
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.222 174 4.9 %
Rwork0.181 3368 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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