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万見
- PDB-2bjk: Crystal Analysis of 1-Pyrroline-5-Carboxylate Dehydrogenase from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bjk
タイトルCrystal Analysis of 1-Pyrroline-5-Carboxylate Dehydrogenase from Thermus with bound NAD and citrate.
要素1-PYRROLINE-5-CARBOXYLATE DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / 1-PYRROLINE-5-CARBOXYLATE / DEHYROGENASE
機能・相同性
機能・相同性情報


L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase / 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase activity / proline catabolic process to glutamate / cytoplasmic side of plasma membrane / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase / : / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. ...1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase / : / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Inagaki, E. / Tahirov, T.H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure of Thermus Thermophilus Delta(1)- Pyrroline-5-Carboxylate Dehydrogenase.
著者: Inagaki, E. / Ohshima, N. / Takahashi, H. / Kuroishi, C. / Yokoyama, S. / Tahirov, T.H.
履歴
登録2005年2月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1-PYRROLINE-5-CARBOXYLATE DEHYDROGENASE
B: 1-PYRROLINE-5-CARBOXYLATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,06717
ポリマ－114,2282
非ポリマー2,84015
水24,5181361
1
A: 1-PYRROLINE-5-CARBOXYLATE DEHYDROGENASE
B: 1-PYRROLINE-5-CARBOXYLATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

A: 1-PYRROLINE-5-CARBOXYLATE DEHYDROGENASE
B: 1-PYRROLINE-5-CARBOXYLATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

A: 1-PYRROLINE-5-CARBOXYLATE DEHYDROGENASE
B: 1-PYRROLINE-5-CARBOXYLATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)351,20251
ポリマ－342,6836
非ポリマー8,51945
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)102.436, 102.436, 278.559
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.97687, -0.21369, -0.00718), (-0.2137, -0.9769, 0.00025), (-0.00707, 0.00129, -0.99997)
ベクター: 8.28299, 69.34957, 223.04805)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 1-PYRROLINE-5-CARBOXYLATE DEHYDROGENASE


分子量: 57113.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア)
株: HB8 / プラスミド: PET11A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5SI02, EC: 1.5.1.12

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非ポリマー , 6種, 1376分子

#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#4: 化合物
ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1361 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.1 %
結晶化pH: 5.2
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 32% MPD, 50 MM SODIUM CITRATE/HCL, PH 5.2; THEN SOAKED IN 1 MM NAD AND 10MM MGCL2.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 0.8
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS-V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年10月22日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SILICON CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.04→50 Å / Num. obs: 511404 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): -0.5 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 1.04→1.05 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1UZB

1uzb


解像度: 1.4→33.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 1404023.09 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17 6244 2.9 %RANDOM
Rwork0.156 ---
obs0.156 211739 98.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.5273 Å2 / ksol: 0.32476 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 13.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.14 Å20.74 Å20 Å2
2--1.14 Å20 Å2
3----2.27 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.14 Å0.12 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.08 Å0.06 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→33.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8076 0 188 1361 9625
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.98
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.811.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.152
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.742
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.522.5
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.202 1009 2.9 %
Rwork0.178 33949 -
obs--97.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP_MODSH1E.PARAMPROTEIN_OCYS_CEA014.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4SOL.PARSOL.TOP
X-RAY DIFFRACTION5CIS_PEPTIDE.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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