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万見
- PDB-2bid: HUMAN PRO-APOPTOTIC PROTEIN BID -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bid
タイトルHUMAN PRO-APOPTOTIC PROTEIN BID
要素PROTEIN (BID)
キーワードAPOPTOSIS / PROGRAMMED CELL DEATH / APOPTOSIS REGULATION AND AMPLIFICATION
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-type endopeptidase regulator activity involved in apoptotic process / mitochondrial outer membrane permeabilization / Activation, translocation and oligomerization of BAX / Activation and oligomerization of BAK protein / Activation, myristolyation of BID and translocation to mitochondria / positive regulation of fibroblast apoptotic process / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / protein targeting to mitochondrion / regulation of epithelial cell proliferation ...cysteine-type endopeptidase regulator activity involved in apoptotic process / mitochondrial outer membrane permeabilization / Activation, translocation and oligomerization of BAX / Activation and oligomerization of BAK protein / Activation, myristolyation of BID and translocation to mitochondria / positive regulation of fibroblast apoptotic process / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / protein targeting to mitochondrion / regulation of epithelial cell proliferation / establishment of protein localization to membrane / death receptor binding / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of mitochondrial membrane potential / regulation of T cell proliferation / hepatocyte apoptotic process / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / apoptotic mitochondrial changes / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / Activation of BAD and translocation to mitochondria / signal transduction in response to DNA damage / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / supramolecular fiber organization / release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of protein-containing complex assembly / protein-containing complex assembly / neuron apoptotic process / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / mitochondrion / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
BH3-interacting domain death agonist / BH3 interacting domain (BID) / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BH3-interacting domain death agonist
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / distance geometry
データ登録者Chou, J.J. / Li, H. / Salvesen, G.S. / Yuan, J. / Wagner, G.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1999
タイトル: Solution structure of BID, an intracellular amplifier of apoptotic signaling.
著者: Chou, J.J. / Li, H. / Salvesen, G.S. / Yuan, J. / Wagner, G.
履歴
登録1999年1月27日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.authors / _pdbx_nmr_software.classification / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_software.version / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (BID)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1661
ポリマ－22,1661
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 20ZERO VIOLATION AND LOWEST ENERGY
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (BID)


分子量: 22165.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: AFTER THROMBIN CLEAVAGE, BID HAS TWO EXTRA RESIDUES, GLY AND SER, AT ITS N- TERMINUS BEFORE MET.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
解説: BID WAS EXPRESSED IN E. COLI WITH GST FUSED AT THE N-TERMINUS.
プラスミド: PGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P55957

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: SEE ARTICLE FOR DETAILS
NMR実験の詳細Text: SEE ARTICLE FOR DETAILS.

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試料調製

試料状態pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYVarianUNITY5001
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS5002
Bruker6003
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS7504

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
X-PLOR3.1BRUNGERstructure calculation
DYANAGuntert, Braun and Wuthrichstructure calculation
XEASYBartels et al.structure calculation
Felix97Accelrys Software Inc.structure calculation
精密化手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: ZERO VIOLATION AND LOWEST ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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