PDB-2bgh: Crystal structure of Vinorine Synthase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2bgh

タイトル

Crystal structure of Vinorine Synthase

要素

VINORINE SYNTHASE

キーワード

TRANSFERASE / VS / BAHD / ACETYLTRANSFERASE / AUTO-RICKSHAW

機能・相同性

機能・相同性情報

vinorine synthase / vinorine synthase activity / alkaloid metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

RAUVOLFIA SERPENTINA (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Ma, X. / Koepke, J. / Panjikar, S. / Fritzsch, G. / Stoeckigt, J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Crystal Structure of Vinorine Synthase, the First Representative of the Bahd Superfamily.
著者: Ma, X. / Koepke, J. / Panjikar, S. / Fritzsch, G. / Stockigt, J.

履歴

登録	2004年12月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2005年1月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2015年4月15日	Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2bgh.cif.gz	165.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2bgh.ent.gz	138.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2bgh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2bgh_validation.pdf.gz	439 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2bgh_full_validation.pdf.gz	467 KB	表示
XML形式データ	2bgh_validation.xml.gz	33.4 KB	表示
CIF形式データ	2bgh_validation.cif.gz	46.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/2bgh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/2bgh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2pmn-d 2e5v-1 1nth-d 2e5v-2 5fai-1 1z5w-d 1o76-1 2jjo-d 5a34-4 6hqg-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1)

登録構造単位

A: VINORINE SYNTHASE

B: VINORINE SYNTHASE

93.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: VINORINE SYNTHASE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: VINORINE SYNTHASE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.715, 90.455, 136.966
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	2	A	4 - 20
2	1	1	2	B	4 - 20
1	2	1	2	A	23 - 49
2	2	1	2	B	23 - 49
1	3	1	2	A	60 - 108
2	3	1	2	B	60 - 108
1	4	1	2	A	111 - 182
2	4	1	2	B	111 - 182
1	5	1	2	A	203 - 221
2	5	1	2	B	203 - 221
1	6	1	2	A	240 - 260
2	6	1	2	B	240 - 260
1	7	1	2	A	286 - 298
2	7	1	2	B	286 - 298
1	8	1	2	A	358 - 386
2	8	1	2	B	358 - 386
1	9	1	2	A	393 - 416
2	9	1	2	B	393 - 416

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.993319, 0.0108, -0.114897), (0.007566, 0.999564, 0.028548), (0.115155, 0.027488, -0.992967)
ベクター: 47.25253, -0.57848, 64.56186)

#1: タンパク質	VINORINE SYNTHASE 分子量: 46874.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RAUVOLFIA SERPENTINA (植物) / プラスミド: PQE2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: Q70PR7, vinorine synthase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 0.56 %
結晶化	pH: 6 詳細: 0.1 M TRIS-HCL PH 8.7, 2M AMMONIUM SULPHATE, 2% PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.9714
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9714 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 31740 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 76 Å² / R_merge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 7.1
反射シェル	解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.03 / Mean I/σ(I) obs: 29 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
直接法		モデル構築
SCALEPACK		データスケーリング
Auto-Rickshaw		位相決定
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.6→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.91 / SU B: 26.165 / SU ML: 0.274 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.695 / ESU R Free: 0.334 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.272	1004	3.2 %	RANDOM
R_work	0.211	-	-	-
obs	0.213	30713	98.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 64.52 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.9 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6465	0	0	143	6608

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	6631
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.594	1.972	9031
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.617	5	821
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.646	24.897	290
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.222	15	1110
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.792	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.136	0.2	1029
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	5016
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.23	0.2	2992
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.314	0.2	4430
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	243
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.206	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.228	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.625	1.5	4257
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.17	2.5	6724
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.168	5	2682
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.77	10	2307
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1080	tight positional	0.05	0.05
1030	medium positional	0.37	0.5
1080	tight thermal	0.47	1.5
1030	medium thermal	1.2	2.5

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.308	63
R_work	0.306	2197

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7795	0.7907	-0.1238	3.8452	0.0136	5.7658	-0.0122	-0.1299	-0.0286	0.2882	-0.026	-0.1904	-0.241	-0.0079	0.0382	-0.4716	0.0778	-0.0357	-0.3456	0.0453	-0.2155	18.82	23.46	19.15
2	3.1864	0.5875	-1.6355	1.0321	-0.8401	5.0957	-0.3569	0.8736	-0.219	-0.469	0.2538	-0.0275	0.1015	-0.5003	0.1032	-0.3464	-0.0206	0.0112	-0.0314	0.0405	-0.0906	17.63	22.06	-4.06
3	0.8754	-0.8384	0.1517	3.6241	-1.8617	9.5756	0.0645	0.3926	-0.0811	-0.9861	-0.1615	0.2333	0.1369	-0.6633	0.097	-0.0229	-0.0079	-0.1278	-0.0079	-0.0529	-0.0507	18.82	23.46	19.15
4	3.2816	-0.6999	-0.5774	1.8051	-1.2528	8.559	-0.6819	-0.668	-0.2738	1.4123	0.3153	0.1083	-0.9771	0.0689	0.3666	0.7343	0.3548	-0.0637	-0.086	-0.054	-0.0215	21.04	20.63	70.63

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 216
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	218 - 421
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	4 - 216
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	218 - 421

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