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- PDB-2beq: Structure of a Proteolytically Resistant Core from the Severe Acu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2beq
タイトルStructure of a Proteolytically Resistant Core from the Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus S2 Fusion Protein
要素(Spike glycoprotein) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / COILED COIL / MEMBRANE FUSION / SARS / VIRAL ENTRY / ENVELOPE PROTEIN / GLYCOPROTEIN / TRANSMEMBRANE / VIRULENCE
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / Attachment and Entry / endocytosis involved in viral entry into host cell / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / suppression by virus of host tetherin activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell ...Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / Attachment and Entry / endocytosis involved in viral entry into host cell / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / suppression by virus of host tetherin activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Single helix bin / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Single helix bin / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human SARS coronavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Supekar, V.M. / Bruckmann, C. / Ingallinella, P. / Bianchi, E. / Pessi, A. / Carfi, A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004
タイトル: Structure of a Proteolytically Resistant Core from the Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus S2 Fusion Protein
著者: Supekar, V.M. / Bruckmann, C. / Ingallinella, P. / Bianchi, E. / Pessi, A. / Carfi, A.
履歴
登録2004年11月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月27日Group: Derived calculations / Non-polymer description ...Derived calculations / Non-polymer description / Other / Version format compliance
改定 1.22017年6月28日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32020年4月15日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name ..._entity.pdbx_description / _entity_name_com.name / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spike glycoprotein
B: Spike glycoprotein
C: Spike glycoprotein
D: Spike glycoprotein
E: Spike glycoprotein
F: Spike glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2626
ポリマ－27,2626
非ポリマー00
水3,639202
1
A: Spike glycoprotein
B: Spike glycoprotein
C: Spike glycoprotein
D: Spike glycoprotein
E: Spike glycoprotein
F: Spike glycoprotein

A: Spike glycoprotein
B: Spike glycoprotein
C: Spike glycoprotein
D: Spike glycoprotein
E: Spike glycoprotein
F: Spike glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,52312
ポリマ－54,52312
非ポリマー00
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area31830 Å2
ΔGint-244.9 kcal/mol
Surface area22090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.907, 42.903, 59.826
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.69, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Spike glycoprotein / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein


分子量: 3869.315 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 914-949 / 由来タイプ: 合成
詳細: N-TERMINAL CAPPED WITH ACETYL GROUP BUT ONLY VISIBLE DENSITY ON B, C, D AND F. C-TERMINAL A, B, C, D, E, F CAPPED WITH AMINE GROUP
由来: (合成) Human SARS coronavirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P59594
#2: タンパク質・ペプチド Spike glycoprotein / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein


分子量: 5217.883 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 1148-1193 / 由来タイプ: 合成
詳細: N-TERMINAL CAPPED WITH ACETYL GROUP BUT ONLY VISIBLE DENSITY ON B, C, D AND F. C-TERMINAL A, B, C, D, E, F CAPPED WITH AMINE GROUP
由来: (合成) Human SARS coronavirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P59594
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細FUNCTION: STRUCTURAL PROTEIN THAT MAKES SPIKES AT THE SURFACE OF THE VIRUS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 35 %
結晶化pH: 6.5
詳細: 30% PEG8K, PH 7.0 100MM SODIUM CACODYLATE PH 6.5, 200MM SODIUM ACETATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→30 Å / Num. obs: 28450 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 93.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
ARP/wARP位相決定
REFMAC5.1.24精密化
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.6→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 2.43 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. NO ELECTRON DENSITY WAS PRESENT FOR LEU1148 SIDE CHAIN ON CHAIN E AND FOR THE N-TERMINAL CAPPING ACETYL GROUPS OF CHAINS A AND E. THE ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. NO ELECTRON DENSITY WAS PRESENT FOR LEU1148 SIDE CHAIN ON CHAIN E AND FOR THE N-TERMINAL CAPPING ACETYL GROUPS OF CHAINS A AND E. THE CORRESPONDING ATOMS WERE NOT INCLUDED IN THE FINAL MODEL.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 1521 5.1 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.201 28450 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.76 Å20 Å21.39 Å2
2--1.53 Å20 Å2
3---1.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1904 0 0 202 2106
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0211902
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021750
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6061.9812566
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.50334114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2655239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2322
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022063
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02276
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2930.2462
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2440.21976
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.21113
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2120.2127
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.240.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2320.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1590.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.061.51221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.02421964
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2043681
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.5864.5602
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.377 98
Rwork0.329 2048

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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