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- PDB-2be7: Crystal structure of the unliganded (T-state) aspartate transcarb... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2be7
タイトルCrystal structure of the unliganded (T-state) aspartate transcarbamoylase of the psychrophilic bacterium Moritella profunda
要素
  • Aspartate Carbamoyltransferase Catalytic Chain
  • Aspartate Carbamoyltransferase Regulatory Chain
キーワードTRANSFERASE / ATCASE / PSYCHROPHILIC / COLD ADAPTATION / ALLOSTERIC / HOLOENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartate carbamoyltransferase complex / pyrimidine nucleotide biosynthetic process / aspartate carbamoyltransferase / aspartate carbamoyltransferase activity / amino acid metabolic process / amino acid binding / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Aspartate transcarbamylase regulatory subunit / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, C-terminal / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, N-terminal / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, C-terminal domain superfamily / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, N-terminal domain superfamily / Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain, allosteric domain / Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain, metal binding domain / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, N-terminal domain / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, C-terminal domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase ...Aspartate transcarbamylase regulatory subunit / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, C-terminal / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, N-terminal / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, C-terminal domain superfamily / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, N-terminal domain superfamily / Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain, allosteric domain / Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain, metal binding domain / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, N-terminal domain / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, C-terminal domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Aspartate carbamoyltransferase / Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain / Aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit / Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain
類似検索 - 構成要素
生物種Moritella profunda (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者De Vos, D. / Savvides, S.N. / Van Beeumen, J.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structural investigation of cold activity and regulation of aspartate carbamoyltransferase from the extreme psychrophilic bacterium Moritella profunda.
著者: De Vos, D. / Xu, Y. / Hulpiau, P. / Vergauwen, B. / Van Beeumen, J.J.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. Sect. F Struct. Biol. Cryst. Commun.
年: 2005
タイトル: Expression, purification, crystallization and preliminary X-ray crystallographic studies of a cold-adapted aspartate carbamoyltransferase from Moritella profunda.
著者: De Vos, D. / Hulpiau, P. / Vergauwen, B. / Savvides, S.N. / Van Beeumen, J.
履歴
登録2005年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999Sequence No suitable database references were found at time of processing

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aspartate Carbamoyltransferase Catalytic Chain
B: Aspartate Carbamoyltransferase Catalytic Chain
C: Aspartate Carbamoyltransferase Catalytic Chain
D: Aspartate Carbamoyltransferase Regulatory Chain
E: Aspartate Carbamoyltransferase Regulatory Chain
F: Aspartate Carbamoyltransferase Regulatory Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,01912
ポリマ－159,5356
非ポリマー4846
水64936
1
A: Aspartate Carbamoyltransferase Catalytic Chain
B: Aspartate Carbamoyltransferase Catalytic Chain
C: Aspartate Carbamoyltransferase Catalytic Chain
D: Aspartate Carbamoyltransferase Regulatory Chain
E: Aspartate Carbamoyltransferase Regulatory Chain
F: Aspartate Carbamoyltransferase Regulatory Chain
ヘテロ分子

A: Aspartate Carbamoyltransferase Catalytic Chain
B: Aspartate Carbamoyltransferase Catalytic Chain
C: Aspartate Carbamoyltransferase Catalytic Chain
D: Aspartate Carbamoyltransferase Regulatory Chain
E: Aspartate Carbamoyltransferase Regulatory Chain
F: Aspartate Carbamoyltransferase Regulatory Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)320,03824
ポリマ－319,06912
非ポリマー96912
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-1/31
Buried area28860 Å2
ΔGint-184 kcal/mol
Surface area97230 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)129.238, 129.238, 207.232
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細The second part of the dodecameric biological assembly is generated by the operation: -x,-x+y,-z-1/3.

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要素

#1: タンパク質 Aspartate Carbamoyltransferase Catalytic Chain


分子量: 36266.766 Da / 分子数: 3 / 変異: V2A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Moritella profunda (バクテリア) / 遺伝子: pyrB / プラスミド: pACYC-Duet / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P96174, UniProt: D0VWV8*PLUS, aspartate carbamoyltransferase
#2: タンパク質 Aspartate Carbamoyltransferase Regulatory Chain


分子量: 16911.418 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Moritella profunda (バクテリア) / 遺伝子: pyrI / プラスミド: pACYC-Duet / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P96175, UniProt: D0VWV9*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.71 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 10 mg/ml, 0.1 M Tris, 1.5 M ammonium sulfate , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月10日
放射モノクロメーター: double crystal focussing monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→50 Å / Num. all: 45685 / Num. obs: 45685 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.85→2.93 Å / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry: 6AT1

6at1


解像度: 2.85→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 27.764 / SU ML: 0.247 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.082 / ESU R Free: 0.363 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 2304 5.1 %RANDOM
Rwork0.21164 ---
all0.21392 43128 --
obs0.21392 43128 96.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.473 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.85 Å2-0.42 Å20 Å2
2---0.85 Å20 Å2
3---1.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9905 0 18 36 9959
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02210096
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.029090
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3311.96313750
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.832321071
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.51151304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.48425.222427
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.371151593
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4391536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21638
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211338
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021918
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.22277
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1970.29404
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1810.24944
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.25626
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1550.2288
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0450.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1760.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2070.294
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1550.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4861.56654
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0551.52650
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.761210555
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.09333753
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6884.53195
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.922 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.407 159 -
Rwork0.287 3130 -
obs--97.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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