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- PDB-2bd0: Chlorobium tepidum Sepiapterin Reductase complexed with NADP and ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bd0
タイトルChlorobium tepidum Sepiapterin Reductase complexed with NADP and Sepiapterin
要素sepiapterin reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / sepiapterin reductase / Chlorobium tepidum
機能・相同性
機能・相同性情報


sepiapterin reductase (L-threo-7,8-dihydrobiopterin forming) / oxidoreductase activity / nucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BIOPTERIN / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Sepiapterin reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Chlorobium tepidum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Supangat, S. / Seo, K.H. / Choi, Y.K. / Park, Y.S. / Lee, K.H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Structure of Chlorobium tepidum sepiapterin reductase complex reveals the novel substrate binding mode for stereospecific production of L-threo-tetrahydrobiopterin
著者: Supangat, S. / Seo, K.H. / Choi, Y.K. / Park, Y.S. / Son, D. / Han, C.D. / Lee, K.H.
履歴
登録2005年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: sepiapterin reductase
B: sepiapterin reductase
C: sepiapterin reductase
D: sepiapterin reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,8009
ポリマ－108,5894
非ポリマー3,2115
水6,648369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16330 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area32710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.359, 97.482, 123.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a dimer of the tetramer in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質
sepiapterin reductase


分子量: 27147.172 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chlorobium tepidum (バクテリア) / 生物種: Chlorobaculum tepidum / 株: TLS / プラスミド: pET28A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q8KES3, sepiapterin reductase (L-erythro-7,8-dihydrobiopterin forming)
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-BIO / BIOPTERIN / ビオプテリン


分子量: 237.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11N5O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 369 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.27 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M magnesium chloride, 0.1M tris, 34% PEG 400, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPAL/PLS 6B11.1273
シンクロトロンPhoton Factory BL-6A20.978, 0.97934, 0.97035
検出器
タイプID検出器日付
BRUKER1CCD2004年12月14日
BRUKER2CCD2004年12月14日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.12731
20.9781
30.979341
40.970351
反射解像度: 1.7→31.9 Å / Num. obs: 111871 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 19.3
反射 シェル解像度: 1.7→1.81 Å / Rmerge(I) obs: 0.519 / % possible all: 93.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
HKL-2000データ削減
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→31.9 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 5630 5 %RNDOM
Rwork0.2 ---
obs-111871 99.8 %-
溶媒の処理Bsol: 51.455 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 23.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.273 Å20 Å20 Å2
2---3.826 Å20 Å2
3---6.1 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.21 Å0.019 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.13 Å0.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→31.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7396 0 209 369 7974
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.9
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 /
Rfactor反射数
Rfree0.271 912
Rwork0.252 -
obs-17572
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2NADP.param
X-RAY DIFFRACTION3BIO_xplor.param
X-RAY DIFFRACTION4water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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