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- PDB-2bcn: Solvent isotope effects on interfacial protein electron transfer ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bcn
タイトルSolvent isotope effects on interfacial protein electron transfer between cytochrome c and cytochrome c peroxidase
要素
  • Cytochrome c iso-1
  • cytochrome c peroxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE/ELECTRON TRANSFER / protein-protein complex / OXIDOREDUCTASE-ELECTRON TRANSFER COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Release of apoptotic factors from the mitochondria / Pyroptosis / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Respiratory electron transport / cytochrome-c peroxidase / cardiolipin binding / cytochrome-c peroxidase activity / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / response to reactive oxygen species ...Release of apoptotic factors from the mitochondria / Pyroptosis / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Respiratory electron transport / cytochrome-c peroxidase / cardiolipin binding / cytochrome-c peroxidase activity / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / mitochondrial intermembrane space / cellular response to oxidative stress / electron transfer activity / mitochondrial matrix / heme binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IA/ IB / Class I peroxidase / Heme-binding peroxidase Ccp1-like / Cytochrome c / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidases heam-ligand binding site / Cytochrome c-like domain / Peroxidase, active site ...Cytochrome c, class IA/ IB / Class I peroxidase / Heme-binding peroxidase Ccp1-like / Cytochrome c / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidases heam-ligand binding site / Cytochrome c-like domain / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase / Peroxidase / Peroxidase; domain 1 / Peroxidases proximal heme-ligand signature. / Haem peroxidase superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING ZN / : / Cytochrome c isoform 1 / Cytochrome c peroxidase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Kang, S.A. / Crane, B.R.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / : 2006
タイトル: Solvent isotope effects on interfacial protein electron transfer in crystals and electrode films.
著者: Kang, S.A. / Hoke, K.R. / Crane, B.R.
履歴
登録2005年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02021年3月3日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22024年12月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cytochrome c peroxidase
B: Cytochrome c iso-1
C: cytochrome c peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,4686
ポリマ-79,5973
非ポリマー1,8713
9,854547
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.533, 47.089, 84.289
Angle α, β, γ (deg.)102.47, 98.74, 102.16
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: ZNH / End label comp-ID: ZNH / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 1 - 295 / Label seq-ID: 3

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA - D
2CC - F

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要素

#1: タンパク質 cytochrome c peroxidase


分子量: 33769.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: GenBank: 171177, UniProt: P00431*PLUS, cytochrome-c peroxidase
#2: タンパク質 Cytochrome c iso-1


分子量: 12057.770 Da / 分子数: 1 / Mutation: C107S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CYC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00044
#3: 化合物 ChemComp-ZNH / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING ZN


分子量: 626.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C34H32N4O4Zn
#4: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C34H34FeN4O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 547 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.66 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: PEG3350, NaCl, BOG, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 150 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.91 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 70156 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / % possible all: 67

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→19.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 6.31 / SU ML: 0.093 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 3335 5.1 %RANDOM
Rwork0.219 ---
all0.219 144954 --
obs0.219 65527 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.329 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å2-0.01 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5589 0 129 547 6265
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0310.0225898
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.9672.0038012
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5295693
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.09824.881293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.65915962
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.8211523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2620.2785
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0250.024629
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2720.22773
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.3260.2434
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.4450.2145
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.5880.239
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8221.53551
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.29325539
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.17932757
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0924.52467
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

RmsタイプWeight
11760.34MEDIUM POSITIONAL0.5
12380.63LOOSE POSITIONAL5
11761.1MEDIUM THERMAL2
12381.7LOOSE THERMAL10
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.326 154
Rwork0.293 3145
all-3299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
113.74941.4212-3.69558.4413-3.718923.2994-0.477-1.8371-0.58220.9642-0.00620.28910.91950.22060.48330.2905-0.03480.12550.29160.09070.2186-9.7333-10.22317.6757
21.5285-0.8376-0.8081.9090.85281.690.03270.0671-0.095-0.087-0.04460.06050.0501-0.1220.012-0.1205-0.0094-0.0159-0.13450.0288-0.131513.5516-28.233339.4226
31.78930.0869-0.45961.5530.5782.00060.0363-0.07170.10780.02460.01150.0028-0.08180.0176-0.0478-0.14230.0132-0.0094-0.1390.0052-0.13833.9123.6068-6.5645
40.025-0.05610.1540.126-0.34550.94780.0232-0.01-0.00020.01080.00720.0276-0.018-0.0647-0.03050.07620.0041-0.00350.091-0.02890.13838.4004-10.279914.0797
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11BB1 - 1081 - 108
21BF1091
32CC1 - 2943 - 296
42CE2951
53AA1 - 2943 - 296
63AD2951
74AG1001 - 15471 - 286

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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