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- PDB-2bc5: Crystal structure of E. coli cytochrome b562 with engineered c-ty... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bc5
タイトルCrystal structure of E. coli cytochrome b562 with engineered c-type heme linkages
要素Soluble cytochrome b562
キーワードELECTRON TRANSPORT / Four-Helix Bundle / K59W / R98C and Y101C mutations
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c/b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Soluble cytochrome b562
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Faraone-Mennella, J. / Tezcan, F.A. / Gray, H.B. / Winkler, J.R.
引用ジャーナル: Biochemistry / : 2006
タイトル: Stability and Folding Kinetics of Structurally Characterized Cytochrome c-b(562).
著者: Faraone-Mennella, J. / Tezcan, F.A. / Gray, H.B. / Winkler, J.R.
履歴
登録2005年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02021年3月3日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 2.12021年10月20日Group: Advisory / Database references
カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Soluble cytochrome b562
B: Soluble cytochrome b562
C: Soluble cytochrome b562
D: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,30717
ポリマ-46,9694
非ポリマー3,33913
2,378132
1
A: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4573
ポリマ-11,7421
非ポリマー7152
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6495
ポリマ-11,7421
非ポリマー9074
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7456
ポリマ-11,7421
非ポリマー1,0035
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4573
ポリマ-11,7421
非ポリマー7152
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11300 Å2
ΔGint-213 kcal/mol
Surface area18970 Å2
手法PISA
6
A: Soluble cytochrome b562
B: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子

C: Soluble cytochrome b562
D: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,30717
ポリマ-46,9694
非ポリマー3,33913
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_456x-1/2,-y+1/2,-z+11
Buried area9680 Å2
ΔGint-206 kcal/mol
Surface area20590 Å2
手法PISA
7
A: Soluble cytochrome b562
B: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子

C: Soluble cytochrome b562
D: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,30717
ポリマ-46,9694
非ポリマー3,33913
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x+1/2,-y+1/2,-z+11
Buried area9780 Å2
ΔGint-213 kcal/mol
Surface area20490 Å2
手法PISA
8
A: Soluble cytochrome b562
B: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子

C: Soluble cytochrome b562
D: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,30717
ポリマ-46,9694
非ポリマー3,33913
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_454-x-1/2,-y,z-1/21
Buried area10270 Å2
ΔGint-203 kcal/mol
Surface area20000 Å2
手法PISA
9
C: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子

A: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2029
ポリマ-23,4842
非ポリマー1,7177
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_456x-1/2,-y+1/2,-z+11
Buried area3670 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area11310 Å2
手法PISA
10
B: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子

D: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1068
ポリマ-23,4842
非ポリマー1,6216
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_456x-1/2,-y+1/2,-z+11
Buried area3430 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area11850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.861, 68.158, 90.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Soluble cytochrome b562 / Cytochrome b-562


分子量: 11742.189 Da / 分子数: 4 / 変異: K59W, R98C, Y101C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pETcb562 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0ABE7
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#3: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C34H34FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.28 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 70% ammonium sulfate, pH 5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2004年11月1日
放射モノクロメーター: Osmic / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→24.4 Å / Num. all: 19341 / Num. obs: 19081 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 24.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2.25→2.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.296 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 95.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 256B
解像度: 2.25→24.4 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.277 1313 Random
Rwork0.239 --
all-19349 -
obs-19081 -
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.38 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→24.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3280 0 217 132 3629
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.03
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param
X-RAY DIFFRACTION4param19x.heme
X-RAY DIFFRACTION5sul.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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