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- PDB-2bbu: solution structure of mouse socs3 in complex with a phosphopeptid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bbu
タイトルsolution structure of mouse socs3 in complex with a phosphopeptide from the gp130 receptor
要素
  • GP130 PHOSPHOPEPTIDE
  • Suppressor of cytokine signaling 3
キーワードCYTOKINE REGULATOR / SH2 DOMAIN / EXTENDED SH2 SUBDOMAIN / PEST MOTIF / PROTEIN COMPLEX / PHOSPHOPEPTIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of IFNG signaling / PTK6 Activates STAT3 / oncostatin-M receptor activity / Interferon gamma signaling / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / MAPK3 (ERK1) activation / MAPK1 (ERK2) activation / Interleukin-27 signaling / leukemia inhibitory factor receptor activity / interleukin-6 receptor activity ...Regulation of IFNG signaling / PTK6 Activates STAT3 / oncostatin-M receptor activity / Interferon gamma signaling / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / MAPK3 (ERK1) activation / MAPK1 (ERK2) activation / Interleukin-27 signaling / leukemia inhibitory factor receptor activity / interleukin-6 receptor activity / interleukin-6 binding / Interleukin-6 signaling / Interleukin-35 Signalling / Interferon alpha/beta signaling / oncostatin-M receptor complex / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / interleukin-27 receptor activity / ciliary neurotrophic factor receptor binding / ciliary neurotrophic factor receptor complex / interleukin-6 receptor complex / interleukin-6 receptor binding / interleukin-11-mediated signaling pathway / cellular response to interleukin-17 / regulation of Notch signaling pathway / positive regulation of adaptive immune response / branching involved in labyrinthine layer morphogenesis / Neddylation / placenta blood vessel development / positive regulation of astrocyte differentiation / intestinal epithelial cell development / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / protein tyrosine kinase inhibitor activity / cell surface receptor signaling pathway via STAT / miRNA binding / glycogen metabolic process / interleukin-6-mediated signaling pathway / positive regulation of Notch signaling pathway / protein tyrosine kinase activator activity / positive regulation of osteoblast differentiation / negative regulation of signal transduction / coreceptor activity / positive regulation of T cell proliferation / phosphotyrosine residue binding / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / cellular response to leukemia inhibitory factor / positive regulation of cell differentiation / negative regulation of inflammatory response / cytoplasmic side of plasma membrane / cytokine-mediated signaling pathway / cell body / scaffold protein binding / negative regulation of neuron apoptotic process / cell differentiation / protein ubiquitination / intracellular signal transduction / membrane raft / external side of plasma membrane / neuronal cell body / positive regulation of cell population proliferation / dendrite / signal transduction / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Suppressor of cytokine signalling 3 / SOCS3, SH2 domain / suppressors of cytokine signalling / SOCS box-like domain superfamily / SOCS box domain / SOCS box domain profile. / SOCS_box / : / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding ...Suppressor of cytokine signalling 3 / SOCS3, SH2 domain / suppressors of cytokine signalling / SOCS box-like domain superfamily / SOCS box domain / SOCS box domain profile. / SOCS_box / : / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Immunoglobulin C2-set-like, ligand-binding / Ig-like C2-type domain / Long hematopoietin receptor, Gp130 family 2, conserved site / Long hematopoietin receptor, gp130 family signature. / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / SH2 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Suppressor of cytokine signaling 3 / Interleukin-6 receptor subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing distance geometry torsion angle dynamics
データ登録者Babon, J.J. / Yao, S. / Norton, R.S.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2006
タイトル: The Structure of SOCS3 Reveals the Basis of the Extended SH2 Domain Function and Identifies an Unstructured Insertion That Regulates Stability
著者: Babon, J.J. / McManus, E.J. / Yao, S. / DeSouza, D.P. / Mielke, L.A. / Sprigg, N.S. / Willson, T.A. / Hilton, D.J. / Nicola, N.A. / Baca, M. / Nicholson, S.E. / Norton, R.S.
履歴
登録2005年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Suppressor of cytokine signaling 3
B: GP130 PHOSPHOPEPTIDE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5672
ポリマ－19,5672
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with favorable non-bond energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Suppressor of cytokine signaling 3 / SOCS-3 / Cytokine-inducible SH2 protein 3 / CIS-3 / Protein EF-10


分子量: 17961.236 Da / 分子数: 1 / 断片: KIR/ESS/SH2 DOMAIN/PEST MOTIF / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: SOCS3 / プラスミド: JLIC1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O35718
#2: タンパク質・ペプチド GP130 PHOSPHOPEPTIDE


分子量: 1605.573 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHETIC PHOSPHOPEPTIDE / 参照: UniProt: Q00560*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1223D 15N-separated NOESY
1333D 13C-separated NOESY
1452D NOESY
1552D TOCSY
1642D NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.3mM U-15N-13C-SOCS3/0.3mM phophopeptide, 20mM Na-phosphate, pH 6.7, 2mM DTT, 1mM edta, 50mM glutamate, 50mM Arginine, 5% D2O95% H20, 5% D2O
20.3mM U-15N-SOCS3/0.3mM phophopeptide, 20mM Na-phosphate, pH 6.7, 2mM DTT, 1mM edta, 50mM glutamate, 50mM Arginine, 5% D2O95% H20, 5% D2O
30.3mM U-13C-SOCS3/0.3mM phophopeptide, 20mM Na-phosphate, pH 6.7, 2mM DTT, 1mM edta, 50mM glutamate, 50mM Arginine, 5% D2O95% H20, 5% D2O
40.3mM SOCS3/0.3mM phophopeptide, 20mM Na-phosphate, pH 6.7, 2mM DTT, 1mM edta, 50mM glutamate, 50mM Arginine, 5% D2O95% H20, 5% D2O
50.3mM SOCS3/0.3mM phophopeptide, 20mM Na-phosphate, pH 6.7, 2mM DTT, 1mM edta, 50mM glutamate, 50mM Arginine, 5% D2O100% D2O
試料状態イオン強度: 50mM / pH: 6.7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5001
Bruker DRXBrukerDRX6002
Varian INOVAVarianINOVA8003

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDeLaglioデータ解析
XwinNMRcollection
X-PLOR構造決定
X-PLOR精密化
精密化手法: simulated annealing distance geometry torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with favorable non-bond energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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