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万見
- PDB-2bbj: Crystal structure of the CorA Mg2+ transporter -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bbj
タイトルCrystal structure of the CorA Mg2+ transporter
要素divalent cation transport-related protein
キーワードMetal Transport/Membrane Protein / transporter / membrane / mg / pentamer / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Metal Transport-Membrane Protein COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


magnesium ion transmembrane transport / cobalt ion transport / cobalt ion transmembrane transporter activity / magnesium ion transmembrane transporter activity / cobalt ion binding / protein homooligomerization / magnesium ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Magnesium transport protein CorA, transmembrane region / CorA soluble domain-like / Magnesium/cobalt transport protein CorA / Mg2+ transporter protein, CorA-like/Zinc transport protein ZntB / CorA, cytoplasmic domain / CorA, transmembrane region / CorA-like Mg2+ transporter protein / Beta Polymerase; domain 2 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle ...Magnesium transport protein CorA, transmembrane region / CorA soluble domain-like / Magnesium/cobalt transport protein CorA / Mg2+ transporter protein, CorA-like/Zinc transport protein ZntB / CorA, cytoplasmic domain / CorA, transmembrane region / CorA-like Mg2+ transporter protein / Beta Polymerase; domain 2 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cobalt/magnesium transport protein CorA
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Lunin, V.V. / Dobrovetsky, E. / Khutoreskaya, G. / Zhang, R. / Joachimiak, A. / Bochkarev, A. / Maguire, M.E. / Edwards, A.M. / Koth, C.M. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Nature / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of the CorA Mg2+ transporter
著者: Lunin, V.V. / Dobrovetsky, E. / Khutoreskaya, G. / Zhang, R. / Joachimiak, A. / Doyle, D.A. / Bochkarev, A. / Maguire, M.E. / Edwards, A.M. / Koth, C.M.
履歴
登録2005年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: divalent cation transport-related protein
B: divalent cation transport-related protein
D: divalent cation transport-related protein
E: divalent cation transport-related protein
F: divalent cation transport-related protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,9025
ポリマ－208,9025
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25490 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area74250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.979, 173.181, 134.179
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22D
13A
23E
14A
24F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Auth seq-ID: 15 - 349 / Label seq-ID: 18 - 352

Dom-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-ID
115AA
215BB
124AA
224DC
134AA
234ED
144AA
244FE

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

#1: タンパク質
divalent cation transport-related protein


分子量: 41780.355 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
プラスミド: pET-TMCORA / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9WZ31

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.7 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% PEG2000, 0.3M Mg(NO3)2, 0.1M Tris, pH8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 17-ID11
シンクロトロンAPS 19-ID21
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2005年2月23日
ADSC QUANTUM 42CCD2005年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.9→50 Å / Num. all: 28963 / Num. obs: 28963 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rsym value: 0.133 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 3.9→4.04 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 1.23 / Num. unique all: 2304 / Rsym value: 0.787 / % possible all: 77.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BBH

2bbh


解像度: 3.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.885 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.846 / SU B: 121.75 / SU ML: 1.593 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 1.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.40649 1424 5 %RANDOM
Rwork0.36077 ---
all0.36301 27320 --
obs0.36301 27320 97.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 162.504 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.02 Å20 Å20 Å2
2---19.56 Å20 Å2
3---8.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13810 0 0 0 13810
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.02214100
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1721.97319115
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.0151660
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.1323.684665
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.749152585
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.16415100
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.22210
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0210455
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.26205
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.29628
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.2321
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2240.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0490.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1081.58770
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.195213750
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.12236205
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.2044.55365
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11312medium positional0.250.5
22717medium positional0.330.5
32717medium positional0.320.5
42717medium positional0.330.5
11405loose positional0.455
11312medium thermal0.112
22717medium thermal0.062
32717medium thermal0.072
42717medium thermal0.082
11405loose thermal0.2310
LS精密化 シェル解像度: 3.9→3.997 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.548 95 -
Rwork0.516 1682 -
obs--84.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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