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万見
- PDB-2bb5: Structure of Human Transcobalamin in complex with Cobalamin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bb5
タイトルStructure of Human Transcobalamin in complex with Cobalamin
要素Transcobalamin II
キーワードTRANSPORT PROTEIN / alpha_6 - alpha_6 barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective TCN2 causes TCN2 deficiency / Defective CD320 causes MMATC / Transport of RCbl within the body / cargo receptor ligand activity / cobalt ion transport / cobalamin transport / cobalamin binding / lysosomal lumen / external side of plasma membrane / extracellular space ...Defective TCN2 causes TCN2 deficiency / Defective CD320 causes MMATC / Transport of RCbl within the body / cargo receptor ligand activity / cobalt ion transport / cobalamin transport / cobalamin binding / lysosomal lumen / external side of plasma membrane / extracellular space / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 - #30 / Domain of unknown function DUF4430 / Domain of unknown function (DUF4430) / Cobalamin (vitamin B12)-binding protein / : / Eukaryotic cobalamin-binding protein / Eukaryotic cobalamin-binding proteins signature. / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / Glycosyltransferase - #20 / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid ...Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 - #30 / Domain of unknown function DUF4430 / Domain of unknown function (DUF4430) / Cobalamin (vitamin B12)-binding protein / : / Eukaryotic cobalamin-binding protein / Eukaryotic cobalamin-binding proteins signature. / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / Glycosyltransferase - #20 / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Beta Complex / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
COBALAMIN / Transcobalamin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Wuerges, J. / Garau, G. / Geremia, S. / Fedosov, S.N. / Petersen, T.E. / Randaccio, L.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Structural basis for mammalian vitamin B12 transport by transcobalamin.
著者: Wuerges, J. / Garau, G. / Geremia, S. / Fedosov, S.N. / Petersen, T.E. / Randaccio, L.
履歴
登録2005年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32012年10月24日Group: Non-polymer description
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcobalamin II
B: Transcobalamin II
A: COBALAMIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,9004
ポリマ－91,2392
非ポリマー2,6612
水1448
1
A: Transcobalamin II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9502
ポリマ－45,6191
非ポリマー1,3301
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Transcobalamin II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9502
ポリマ－45,6191
非ポリマー1,3301
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.127, 145.497, 165.043
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B
51A
61B
71A
81B
91A
101B
111A
121B
131A
141B
151A
161B
171A
181B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUGLUGLU2AA1 - 71 - 7
21GLUGLUGLUGLU2BB1 - 71 - 7
32METMETGLYGLY1AA8 - 688 - 68
42METMETGLYGLY1BB8 - 688 - 68
53SERSERGLNGLN6AA69 - 7969 - 79
63SERSERGLNGLN6BB69 - 7969 - 79
74GLYGLYPHEPHE1AA80 - 16880 - 168
84GLYGLYPHEPHE1BB80 - 16880 - 168
95HISHISHISHIS4AA169 - 173169 - 173
105HISHISHISHIS4BB169 - 173169 - 173
116SERSERALAALA1AA174 - 301174 - 301
126SERSERALAALA1BB174 - 301174 - 301
137ALAALAGLNGLN6AA302 - 307302 - 307
147ALAALAGLNGLN6BB302 - 307302 - 307
158THRTHRSERSER4AA308 - 313308 - 313
168THRTHRSERSER4BB308 - 313308 - 313
179VALVALTRPTRP1AA314 - 409314 - 409
189VALVALTRPTRP1BB314 - 409314 - 409

-
要素

#1: タンパク質 Transcobalamin II / TCII / TC II


分子量: 45619.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TCN2, TC2 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): SMD 1168 / 参照: UniProt: P20062
#2: 化合物 ChemComp-B12 / COBALAMIN


分子量: 1330.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C62H89CoN13O14P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.93 %
結晶化温度: 293 K / pH: 7.6
詳細: 20% PEG 4000, 18% ethanol, 0.2M TRIS, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 7.60

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.2
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年5月14日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL (SI111, SI220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→29.24 Å / Num. obs: 19417 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.142 / Rsym value: 0.142 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル解像度: 3.2→3.37 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.388 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.388 / % possible all: 95.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: STRUCTURE OF BOVINE TRANSCOBALAMIN IN MONOCLINIC CRYSTAL FORM (PDB 2BB6).

2bb6


解像度: 3.2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 57.692 / SU ML: 0.457 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.571 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS,ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 997 5.2 %RANDOM
Rwork0.257 ---
obs0.258 19334 95.6 %-
all-19334 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.42 Å20 Å20 Å2
2--4.91 Å20 Å2
3----2.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6406 0 182 8 6596
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0216756
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0942.0169232
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6115816
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.09523.873284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.765151136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.7011540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.21024
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.025100
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.23210
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.24620
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1550.2205
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.250.272
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3570.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3921.54074
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.72126546
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.56932682
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.9844.52686
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
2958tight positional0.020.05
118medium positional0.530.5
125loose positional1.295
2958tight thermal0.020.5
118medium thermal0.272
125loose thermal0.7210
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.28 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.395 81 -
Rwork0.369 1290 -
obs--93.84 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0303-0.0042-0.03510.0430.07630.16110.1629-0.04160.0384-0.362-0.14050.00920.17540.0229-0.02240.0002-0.00020.00010-0.0001036.869336.353518.3453
21.0266-1.46510.61812.3214-0.93860.58410.0350.02120.00720.0132-0.071-0.0351-0.01740.0270.036-0.0741-0.05630.0473-0.0084-0.0266-0.093936.841336.323129.863
30.1489-0.31810.23040.6798-0.49230.3565-0.048-0.01970.0242-0.04480.0747-0.05370.0577-0.0518-0.0267-0.00180.03760.0324-0.00930.0541-0.021236.83736.27579.4881
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AC01
2X-RAY DIFFRACTION1BD4101
3X-RAY DIFFRACTION2AA1 - 3001 - 300
4X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 3001 - 300
5X-RAY DIFFRACTION3AA313 - 409313 - 409
6X-RAY DIFFRACTION3BB313 - 409313 - 409

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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