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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2baz | ||||||
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タイトル | Structure of YosS, a putative dUTPase from Bacillus subtilis | ||||||
![]() | hypothetical protein BSU20020 | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / homotrimer / beta barrel | ||||||
機能・相同性 | ![]() dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / magnesium ion binding / protein-containing complex / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Liang, Y.-H. / Wang, J. / Su, X.-D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of YosS, a putative dUTPase from Bacillus subtilis 著者: Wang, J. / Liang, Y.-H. / Su, X.-D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 90.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 68.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 439.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 445.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The asymmetric unit contains one biological unit which is a homotrimer. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16172.509 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.03 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 2.0M (NH4)2SO4, 0.1M Na Citrate, 0.2M K/Na Tartrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月28日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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Reflection |
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Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 34249 / Num. obs: 34010 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Χ2: 2.123 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.34 Å / % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Num. measured obs: 1685 / Χ2: 0.959 / % possible all: 99.1 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing set |
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Phasing MAD set |
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Phasing MAD set site |
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Phasing dm | FOM : 0.61 / FOM acentric: 0.62 / FOM centric: 0.51 / 反射: 26195 / Reflection acentric: 24667 / Reflection centric: 1528 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | Bsol: 31.058 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.744 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
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Xplor file |
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