PDB-2baf: Bovine Fibrinogen alpha-C Domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2baf

タイトル

Bovine Fibrinogen alpha-C Domain

要素

Fibrinogen alpha chain

キーワード

BLOOD CLOTTING / Fibrinogen / beta hairpin

機能・相同性

機能・相同性情報

blood coagulation, common pathway / fibrinogen complex / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / protein polymerization / fibrinolysis / platelet aggregation / protein-macromolecule adaptor activity / adaptive immune response / innate immune response / signaling receptor binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

溶液NMR

データ登録者

Burton, R.A.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Identification of an Ordered Compact Structure within the Recombinant Bovine Fibrinogen alphaC-Domain Fragment by NMR.
著者: Burton, R.A. / Tsurupa, G. / Medved, L. / Tjandra, N.

履歴

登録	2005年10月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2baf.cif.gz	979.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2baf.ent.gz	816.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2baf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2baf_validation.pdf.gz	342.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2baf_full_validation.pdf.gz	496.2 KB	表示
XML形式データ	2baf_validation.xml.gz	70.9 KB	表示
CIF形式データ	2baf_validation.cif.gz	90.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/2baf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/2baf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7nbn-d 3mqc-2 10625 3u1a-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (8) #209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (4) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Fibrinogen alpha chain

18.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 300	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Fibrinogen alpha chain 分子量: 18152.625 Da / 分子数: 1 / 断片: alpha-C Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: FGA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02672
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 溶液NMR
NMR実験	タイプ: NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 0.2mM fibrin alpha-C U-15N,13C 10mM phosphate buffer, pH 6.0 150mM NaCl 90% H20, 10% D20 溶媒系: 90% H2O, 10% D20
試料状態	イオン強度: 150mM NaCl / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	分類
NMRPipe	解析
X-PLOR	精密化

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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