PDB-2b9c: Structure of tropomyosin's mid-region: bending and binding sites ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2b9c

タイトル

Structure of tropomyosin's mid-region: bending and binding sites for actin

要素

striated-muscle alpha tropomyosin

キーワード

CONTRACTILE PROTEIN / alpha-helix / coiled coil / alanine / axial stagger / radius / side-chain packing / crystal packing / temperature factor / cardiomyopathy / elongated protein

機能・相同性

機能・相同性情報

Striated Muscle Contraction / Smooth Muscle Contraction / positive regulation of heart rate by epinephrine / bleb / actin filament capping / ruffle organization / muscle filament sliding / sarcomere organization / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Brown, J.H. / Zhou, Z. / Reshetnikova, L. / Robinson, H. / Yammani, R.D. / Tobacman, L.S. / Cohen, C.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2005
タイトル: Structure of the mid-region of tropomyosin: Bending and binding sites for actin.
著者: Brown, J.H. / Zhou, Z. / Reshetnikova, L. / Robinson, H. / Yammani, R.D. / Tobacman, L.S. / Cohen, C.

履歴

登録	2005年10月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年1月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2022年12月21日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2b9c.cif.gz	82.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2b9c.ent.gz	60.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2b9c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2b9c_validation.pdf.gz	438.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2b9c_full_validation.pdf.gz	477.5 KB	表示
XML形式データ	2b9c_validation.xml.gz	22.1 KB	表示
CIF形式データ	2b9c_validation.cif.gz	31.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/2b9c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/2b9c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2qih-2 6xi1-2 1gmj-d 2fxo-2 6snz-2 2fxo-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

A: striated-muscle alpha tropomyosin

B: striated-muscle alpha tropomyosin

34.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.515, 80.515, 112.453
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	striated-muscle alpha tropomyosin 分子量: 17133.260 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04692
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.94 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Native: Three microliters of protein solution [6.35mg/ml MidTm; 20mM Tris-HCl pH7.0; 100mM NaCl; 2mM 2-mercaptoethanol and 2mM NaN3] were combined with two microliters of 14% PEG2k-MME, and ...詳細: Native: Three microliters of protein solution [6.35mg/ml MidTm; 20mM Tris-HCl pH7.0; 100mM NaCl; 2mM 2-mercaptoethanol and 2mM NaN3] were combined with two microliters of 14% PEG2k-MME, and the resultant drop was equilibrated against 1ml reservoir solution [7.5% PEG2k-MME; 120mM NaCl; 24mM Tris-HCl pH7.0] by vapor diffusion at 16 C. Se-Met: Two microliters of protein solution [18mg/ml MidTm; 20mM Tris-HCl pH6.9; 100mM NaCl; 10mM mercaptoethanol and 2mM NaN3] were combined with two microliters of precipitant solution [28-32% PEG2K-MME; 50mM NaCl; 20mM Tris-HCl pH6.9 and 5mM mercaptoethanol]. The resultant mixture was equilibrated against 1ml reservoir solution [24% PEG2K-MME; 50mM NaCl; 20mM Tris-HCL pH6.9 and 5mM mercaptoethanol] by vapor diffusion at 16C. , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

結晶

マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.94 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Native: Three microliters of protein solution [6.35mg/ml MidTm; 20mM Tris-HCl pH7.0; 100mM NaCl; 2mM 2-mercaptoethanol and 2mM NaN3] were combined with two microliters of 14% PEG2k-MME, and ...

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
3		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	CHESS	F1	1	0.9474
シンクロトロン	NSLS	X29A	2	0.9786, 0.9793, 0.9611

検出器

タイプ	ID	検出器
ADSC QUANTUM 4	1	CCD
	2	CCD

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	MAD	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9474	1
2	0.9786	1
3	0.9793	1
4	0.9611	1

Reflection

ID	数	R_merge(I) obs	Χ²	D res high (Å)	D res low (Å)	% possible obs
1	8471	0.093	1.108	2.9	50	92.6
2	8399	0.084	1.032	2.9	50	91.5
3	8238	0.093	1.046	2.9	50	89.3

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared
6.24	50	98	1	0.067	1.073
4.96	6.24	99.9	1	0.083	0.996
4.33	4.96	100	1	0.08	1.175
3.94	4.33	100	1	0.095	1.182
3.65	3.94	99.8	1	0.124	1.192
3.44	3.65	99.8	1	0.18	1.171
3.27	3.44	97.2	1	0.251	1.114
3.12	3.27	88.9	1	0.309	1.069
3	3.12	76.5	1	0.333	1.035
2.9	3	65.8	1	0.441	0.962
6.24	50	98.1	2	0.049	0.958
4.96	6.24	99.9	2	0.078	0.961
4.33	4.96	100	2	0.078	1.034
3.94	4.33	100	2	0.095	1.021
3.65	3.94	99.8	2	0.128	1.059
3.44	3.65	99.3	2	0.189	1.146
3.27	3.44	95.6	2	0.271	1.102
3.12	3.27	86.3	2	0.318	1.049
3	3.12	71.8	2	0.343	1.022
2.9	3	64.1	2	0.475	0.944
6.24	50	98.8	3	0.056	1.104
4.96	6.24	99.9	3	0.084	1.029
4.33	4.96	100	3	0.085	1.067
3.94	4.33	99.9	3	0.106	1.1
3.65	3.94	99.2	3	0.151	1.103
3.44	3.65	98.5	3	0.23	1.038
3.27	3.44	92.9	3	0.347	0.983
3.12	3.27	80.6	3	0.39	1.005
3	3.12	64.3	3	0.412	0.98
2.9	3	58.4	3	0.59	0.898

反射

解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 18253 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.069 / Χ²: 1.062 / Net I/σ(I): 15.9

反射シェル

解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.337 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. measured obs: 1404 / Χ²: 1.013 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing set

ID
1
2
3

Phasing MAD set

Clust-ID	Expt-ID	Set-ID	波長 (Å)	F double prime refined	F prime refined
1	3 wavelength	1	0.9786	4	-5.2
1	3 wavelength	2	0.9793	2.1	-8.2
1	3 wavelength	3	0.9611	3.8	-3.4

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	60	0.592	0.538	0.997	0.432
2	Se	60	0.747	0.415	0.037	0.79
3	Se	60	0.647	0.59	0.024	0.645

Phasing dm

FOM : 0.52 / FOM acentric: 0.52 / FOM centric: 0.56 / 反射: 7525 / Reflection acentric: 7219 / Reflection centric: 306

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
8.6-19.803	0.9	0.9	0.87	325	292	33
5.4-8.6	0.8	0.81	0.78	1035	979	56
4.3-5.4	0.73	0.73	0.7	1357	1300	57
3.8-4.3	0.58	0.58	0.5	1394	1343	51
3.2-3.8	0.38	0.38	0.4	2325	2251	74
3-3.2	0.09	0.09	0.13	1089	1054	35

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.03	位相決定
RESOLVE	2.03	位相決定
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	1.7	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.3→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.296	706	3.8 %	random
R_work	0.256	-	-	-
obs	-	17760	96.8 %	-

溶媒の処理

B_sol: 103.232 Å²

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.133 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.759 Å²	-7.579 Å²	0 Å²
2-	-	3.759 Å²	0 Å²
3-	-	-	-7.518 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2301	0	0	349	2650

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.050567
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	3.86603

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file
X-RAY DIFFRACTION	1	CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	2	CNS_TOPPAR:water_rep.param

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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