PDB-2b98: Crystal Structure of an archaeal pentameric riboflavin synthase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2b98

タイトル

Crystal Structure of an archaeal pentameric riboflavin synthase

要素

Riboflavin synthase

キーワード

TRANSFERASE / lumazine riboflavin

機能・相同性

機能・相同性情報

riboflavin synthase / riboflavin synthase activity / riboflavin synthase complex / riboflavin biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Ramsperger, A. / Augustin, M. / Schott, A.K. / Gerhardt, S. / Krojer, T. / Eisenreich, W. / Illarionov, B. / Cushman, M. / Bacher, A. / Huber, R. / Fischer, M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure of an Archaeal Pentameric Riboflavin Synthase in Complex with a Substrate Analog Inhibitor: stereochemical implications
著者: Ramsperger, A. / Augustin, M. / Schott, A.K. / Gerhardt, S. / Krojer, T. / Eisenreich, W. / Illarionov, B. / Cushman, M. / Bacher, A. / Huber, R. / Fischer, M.

履歴

登録	2005年10月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年11月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2b98.cif.gz	160.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2b98.ent.gz	124.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2b98.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/2b98 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/2b98	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2b99C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2b99-d 2c5q-2 3tlf-2 2c5q-1 1szo-1 3tlf-3 4lk5-d 4q1g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Riboflavin synthase

B: Riboflavin synthase

C: Riboflavin synthase

D: Riboflavin synthase

E: Riboflavin synthase

87.6 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.773, 72.692, 72.698
Angle α, β, γ (deg.)	68.48, 74.61, 74.90
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	A
7	1	B
8	1	C
9	1	D
10	1	E
11	1	A
12	1	B
13	1	C
14	1	D
15	1	E

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	VAL	VAL	GLU	GLU	A	A	5 - 27	5 - 27
2	1	VAL	VAL	GLU	GLU	B	B	5 - 27	5 - 27
3	1	VAL	VAL	GLU	GLU	C	C	5 - 27	5 - 27
4	1	VAL	VAL	GLU	GLU	D	D	5 - 27	5 - 27
5	1	VAL	VAL	GLU	GLU	E	E	5 - 27	5 - 27
6	2	ARG	ARG	VAL	VAL	A	A	36 - 100	36 - 100
7	2	ARG	ARG	VAL	VAL	B	B	36 - 100	36 - 100
8	2	ARG	ARG	VAL	VAL	C	C	36 - 100	36 - 100
9	2	ARG	ARG	VAL	VAL	D	D	36 - 100	36 - 100
10	2	ARG	ARG	VAL	VAL	E	E	36 - 100	36 - 100
11	3	LYS	LYS	THR	THR	A	A	109 - 137	109 - 137
12	3	LYS	LYS	THR	THR	B	B	109 - 137	109 - 137
13	3	LYS	LYS	THR	THR	C	C	109 - 137	109 - 137
14	3	LYS	LYS	THR	THR	D	D	109 - 137	109 - 137
15	3	LYS	LYS	THR	THR	E	E	109 - 137	109 - 137

詳細

The biological assembly is a pentamer.

#1: タンパク質	Riboflavin synthase 分子量: 17524.590 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 遺伝子: ribC / プラスミド: pNCO113 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q58584, riboflavin synthase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.62 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.0, and 40% MPD., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年7月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 32165

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.92 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.859 / SU B: 8.771 / SU ML: 0.216 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.411 / ESU R Free: 0.278 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27564	1677	5.2 %	RANDOM
R_work	0.20773	-	-	-
all	0.21131	-	-	-
obs	0.21131	30444	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.019 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.72 Å²	-0.16 Å²	-0.32 Å²
2-	-	0.57 Å²	-1.27 Å²
3-	-	-	1.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5695	0	0	294	5989

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.021	5421
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.233	1.98	7324
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.35	5	718
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	867
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	3916
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	3004
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	318
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.151	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.195	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.4	1.5	3588
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.758	2	5704
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.245	3	1833
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.948	4.5	1620

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	468	medium positional	0.18	0.5
2	B	468	medium positional	0.19	0.5
3	C	468	medium positional	0.16	0.5
4	D	468	medium positional	0.19	0.5
5	E	468	medium positional	0.15	0.5
1	A	351	loose positional	0.33	5
2	B	351	loose positional	0.31	5
3	C	351	loose positional	0.26	5
4	D	351	loose positional	0.37	5
5	E	351	loose positional	0.34	5
1	A	468	medium thermal	0.44	2
2	B	468	medium thermal	0.45	2
3	C	468	medium thermal	0.44	2
4	D	468	medium thermal	0.41	2
5	E	468	medium thermal	0.42	2
1	A	351	loose thermal	1.22	10
2	B	351	loose thermal	1.51	10
3	C	351	loose thermal	1.44	10
4	D	351	loose thermal	1.33	10
5	E	351	loose thermal	1.36	10

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_work	0.248	2235
obs	-	2235

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6485	-0.2276	0.2972	0.9517	-0.1498	0.5545	0.0121	0.0352	-0.0984	-0.0668	0.0233	-0.0095	-0.0147	-0.0399	-0.0355	0.0383	-0.0025	0.0088	0.0474	-0.0053	0.0172	-2.1818	-3.5726	-20.8946
2	0.7711	0.1061	0.1527	0.7014	-0.0738	0.6552	-0.0027	-0.0522	-0.0672	-0.0492	0.0065	-0.0137	0.0615	0.0126	-0.0038	0.0467	0.0048	-0.0014	0.0082	-0.0056	0.0508	-1.7744	-21.3829	-2.7545
3	0.4113	-0.0668	0.0236	0.5197	0.0596	0.9036	0.0139	0.005	0.0039	0.009	-0.0071	0.0165	-0.0152	-0.0052	-0.0068	0.0237	-0.0023	0.0012	0.0275	-0.0189	0.0204	-3.1484	14.8024	15.9109
4	0.4506	0.16	-0.1737	0.8614	-0.1734	0.6965	0.0312	-0.073	-0.0631	0.0227	-0.0352	-0.0345	0.0451	-0.0076	0.0041	0.044	-0.0069	-0.0207	0.0393	0.0114	0.029	-2.1287	-9.4417	19.633
5	0.4798	-0.0784	-0.1251	0.6649	0.0766	0.5614	0.0038	0.0801	-0.0093	-0.0303	0.0033	0.0008	-0.0009	-0.0579	-0.0071	0.0341	0.0065	0.0026	0.0157	0.0069	0.0325	-2.9811	19.5137	-9.0937

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	3 - 143	3 - 143
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	2 - 142	2 - 142
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	3 - 153	3 - 153
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	3 - 142	3 - 142
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	2 - 153	2 - 153

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