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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2b96 | ||||||
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タイトル | Third Calcium ion found in an inhibitor bound phospholipase A2 | ||||||
![]() | Phospholipase A2 | ||||||
![]() | HYDROLASE / Alpha Helix / Beta Sheet / triple mutant / anisic acid | ||||||
機能・相同性 | ![]() Acyl chain remodelling of PS / Acyl chain remodelling of PG / Synthesis of PA / Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PE / Acyl chain remodelling of PI / positive regulation of podocyte apoptotic process / phosphatidylglycerol metabolic process / phosphatidylcholine metabolic process / calcium-dependent phospholipase A2 activity ...Acyl chain remodelling of PS / Acyl chain remodelling of PG / Synthesis of PA / Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PE / Acyl chain remodelling of PI / positive regulation of podocyte apoptotic process / phosphatidylglycerol metabolic process / phosphatidylcholine metabolic process / calcium-dependent phospholipase A2 activity / phospholipase A2 / bile acid binding / arachidonic acid secretion / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / innate immune response in mucosa / phospholipid binding / fatty acid biosynthetic process / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / positive regulation of fibroblast proliferation / antibacterial humoral response / defense response to Gram-positive bacterium / signaling receptor binding / calcium ion binding / cell surface / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Sekar, K. / Velmurugan, D. / Yamane, T. / Tsai, M.D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Third Calcium ion found in an inhibitor bound phospholipase A2 著者: Sekar, K. / Gayathri, D. / Velmurugan, D. / Jeyakanthan, J. / Yamane, T. / Poi, M.J. / Tsai, M.D. #1: ![]() タイトル: Atomic resolution (0.97 A) structure of the triple mutant (K53,56,121M) of bovine pancreatic phospholipase A2 著者: Sekar, K. / Rajakannan, V. / Gayathri, D. / Velmurugan, D. / Poi, M.J. / Dauter, M. / Dauter, Z. / Tsai, M.D. #2: ![]() タイトル: Crystal structures of the free and anisic acid bound triple mutant of phospholipase A2. 著者: Sekar, K. / Mala, S.V. / Yogavel, M. / Velmurugan, D. / Poi, M.J. / Vishwanath, B.S. / Gowda, T.V. / Jeyaprakash, A.A. / Tsai, M.D. #3: ![]() タイトル: Observation of additional calcium ion in the crystal structure of the triple mutant K56,120,121M of bovine pancreatic phospholipase A2. 著者: Rajakannan, V. / Yogavel, M. / Poi, M.J. / Jeyaprakash, A.A. / Jeyakanthan, J. / Velmurugan, D. / Tsai, M.D. / Sekar, K. #4: ![]() タイトル: High-resolution refinement of orthorhombic bovine pancreatic phospholipase A2. 著者: Sekar, K. / Sundaralingam, M. #5: ![]() タイトル: Phospholipase A2 engineering. Structural and functional roles of the highly conserved active site residue aspartate-99. 著者: Sekar, K. / Yu, B.Z. / Rogers, J. / Lutton, J. / Liu, X. / Chen, X. / Tsai, M.D. / Jain, M.K. / Sundaralingam, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 44.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 29.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 462.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 469.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1mktS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 13816.552 Da / 分子数: 1 / 変異: K53M, K56M, K121M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 134分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/ANN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/ANN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CL / | #4: 化合物 | ChemComp-TRS / #5: 化合物 | ChemComp-ANN / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.33 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 50 mM Tris Buffer, 70% MPD reservoir, 15-20 mg/ml protein, 5mM CaCl2, 1microlitre anisic acid, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→20 Å / Num. obs: 14435 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.132 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.81 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.132 / Num. unique all: 116129 / % possible all: 94.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: Molecular Placement 開始モデル: 1MKT 解像度: 1.7→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: As implemented in CNS
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原子変位パラメータ | Biso mean: 23.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.008
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