PDB-2b8t: Crystal structure of Thymidine Kinase from U.urealyticum in compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2b8t

タイトル

Crystal structure of Thymidine Kinase from U.urealyticum in complex with thymidine

要素

Thymidine kinase

キーワード

TRANSFERASE / DEOXYRIBONUCLEOSIDE KINASE / ZINC-BINDING DOMAIN / TK1 / UU-TK / THYMIDINE

機能・相同性

機能・相同性情報

thymidine metabolic process / thymidine kinase / thymidine kinase activity / DNA biosynthetic process / zinc ion binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Ureaplasma parvum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Kosinska, U. / Carnrot, C. / Eriksson, S. / Wang, L. / Eklund, H.

引用

ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2005
タイトル: Structure of the substrate complex of thymidine kinase from Ureaplasma urealyticum and investigations of possible drug targets for the enzyme
著者: Kosinska, U. / Carnrot, C. / Eriksson, S. / Wang, L. / Eklund, H.

履歴

登録	2005年10月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年12月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年8月23日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2b8t.cif.gz	180.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2b8t.ent.gz	141.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2b8t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2b8t_validation.pdf.gz	485.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2b8t_full_validation.pdf.gz	493.2 KB	表示
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CIF形式データ	2b8t_validation.cif.gz	44.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/2b8t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/2b8t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1xmr PDB 未公開エントリS 2uz3 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2uz3-d 5kn2-1 5cre-1 5crh-d 5kn2-2 3v1w-2 2vaf-1 5crg-1 6ue4-d 3tfi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thymidine kinase

B: Thymidine kinase

C: Thymidine kinase

D: Thymidine kinase

ヘテロ分子

103 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.158, 115.649, 64.474
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.02, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	A
6	1	B
7	1	C
8	1	D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLY	GLY	LYS	LYS	A	A	12 - 49	12 - 49
2	1	GLY	GLY	LYS	LYS	B	B	12 - 49	12 - 49
3	1	GLY	GLY	LYS	LYS	C	C	12 - 49	12 - 49
4	1	GLY	GLY	LYS	LYS	D	D	12 - 49	12 - 49
5	2	VAL	VAL	PHE	PHE	A	A	69 - 213	69 - 213
6	2	VAL	VAL	PHE	PHE	B	B	69 - 213	69 - 213
7	2	VAL	VAL	PHE	PHE	C	C	69 - 213	69 - 213
8	2	VAL	VAL	PHE	PHE	D	D	69 - 213	69 - 213

詳細

The contents in the asymmetric unit represents the biological assembly i.e. a tetramer.

#1: タンパク質	Thymidine kinase 分子量: 25440.229 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ureaplasma parvum (バクテリア) / 遺伝子: tdk / プラスミド: pET-14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: Q9PPP5, thymidine kinase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-THM / THYMIDINE / DEOXYTHYMIDINE / 2'-DEOXYTHYMIDINE / チミジンタイプ: DNA OH 5 prime terminus / 分子量: 242.229 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₂O₅
#4: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.14 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: 15% PEG3350, 0.3 M Ammonium formate, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 Å

検出器

タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月12日 / 詳細: Toroidal mirror

放射

モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.931 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→26.95 Å / Num. all: 54540 / Num. obs: 54484 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.082 / R_sym value: 0.082 / Net I/σ(I): 16.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	R_sym value
2-2.11	4.3	0.424	1.8	0.424
2.11-2.24	4.3	0.293	2.6	0.293
2.24-2.39	4.4	0.21	3.5	0.21
2.39-2.58	4.4	0.151	4.8	0.151
2.58-2.83	4.4	0.106	6.7	0.106
2.83-3.16	4.4	0.076	8.7	0.076
3.16-3.65	5.3	0.072	8.3	0.072
3.65-4.47	8	0.062	8.9	0.062
4.47-6.32	8.1	0.062	9	0.062
6.32-26.92	7.8	0.092	5.8	0.092

-
位相決定

Phasing MR

R_factor: 0.383 / Cor.coef. F_o:F_c: 0.616

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	26.92 Å
Translation	3 Å	26.92 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	1.7	データ抽出
ProDC		データ収集
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XMR

1xmr
PDB 未公開エントリ

解像度: 2→26.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 8.921 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.207 / ESU R Free: 0.173 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.235	2769	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19535	-	-	-
obs	0.19741	51687	98.96 %	-
all	-	54456	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.885 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.94 Å²	0 Å²	-0.16 Å²
2-	-	1.83 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→26.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6380	0	80	230	6690

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	6600
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.04	1.962	8913
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.178	5	791
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.991	24.286	315
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.424	15	1144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.463	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	976
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	4978
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.182	0.2	2793
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.301	0.2	4575
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.125	0.2	368
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.14	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.114	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.367	1.5	4120
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.631	2	6434
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.912	3	2832
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.395	4.5	2479
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	732	medium positional	0.19	0.5
2	B	732	medium positional	0.19	0.5
3	C	732	medium positional	0.18	0.5
4	D	732	medium positional	0.25	0.5
1	A	736	loose positional	0.56	5
2	B	736	loose positional	0.63	5
3	C	736	loose positional	0.59	5
4	D	736	loose positional	0.65	5
1	A	732	medium thermal	0.41	2
2	B	732	medium thermal	0.43	2
3	C	732	medium thermal	0.33	2
4	D	732	medium thermal	0.38	2
1	A	736	loose thermal	0.95	10
2	B	736	loose thermal	0.86	10
3	C	736	loose thermal	0.93	10
4	D	736	loose thermal	0.94	10

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.333	194	-
R_work	0.257	3373	-
obs	-	-	98.05 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2816	-0.4011	-0.3242	1.8658	-0.3421	1.2389	0.071	-0.0321	-0.3674	-0.0245	-0.0015	0.164	0.1376	-0.1932	-0.0695	-0.1597	0.0032	-0.025	-0.1135	0.0272	-0.083	-6.3557	-8.6339	27.1632
2	2.2095	-2.3286	-2.5893	2.485	3.3006	13.5932	0.0378	-0.461	0.1318	0.2198	0.0921	-0.4011	-0.3453	0.0445	-0.1298	-0.1307	-0.1137	-0.0265	0.1218	0.0164	0.0147	-19.6395	0.9466	35.7198
3	4.8795	0.5102	-1.5875	1.8074	-2.1066	5.4031	0.0801	-0.6234	0.7695	0.1591	0.0211	0.0896	-0.5242	-0.134	-0.1012	-0.0337	0.0555	0.0244	-0.0551	-0.0998	-0.0381	-3.373	12.8632	39.181
4	16.2404	8.373	3.5967	32.6134	-4.3715	7.8055	-0.1286	-1.7334	1.5273	-0.3242	-0.4497	0.1948	-0.9721	-0.2616	0.5784	0.0864	0.0046	0.0525	0.1906	-0.2452	0.0175	15.7976	11.2879	51.7534
5	2.0449	0.2352	-0.2402	2.0942	0.7642	2.0015	0.1337	0.3588	0.6218	-0.1912	0.087	0.035	-0.5829	-0.1463	-0.2207	0.0548	0.0651	0.0288	-0.0388	0.0864	0.0109	2.2028	13.8675	7.0462
6	3.9982	-0.2112	-1.5894	2.6591	-2.0439	8.0392	-0.0022	0.7963	-0.5102	-0.3634	-0.0519	0.2059	0.4689	-0.5302	0.0541	-0.0068	-0.0108	-0.0417	0.1093	-0.0943	-0.1181	0.5399	-7.8824	-4.6565
7	7.8194	3.3822	-2.0917	10.6337	-3.1456	4.2125	0.3742	1.3108	-0.9911	-1.2337	-0.476	0.3215	1.3933	-0.1089	0.1017	0.4103	0.1277	-0.1075	0.2058	-0.2038	0.0474	21.6491	-15.1081	-9.0856
8	1.8631	0.048	-0.1515	1.3904	0.1002	1.6626	0.0825	-0.3653	0.0675	0.1548	-0.0549	-0.012	-0.137	0.1512	-0.0276	-0.1601	0.008	-0.0047	-0.065	0.0195	-0.1666	19.4083	0.8403	36.9784
9	4.2423	1.2949	-2.942	0.4712	0.1057	15.3041	-0.0642	-0.7408	-0.7673	-0.0056	0.2959	0.0396	0.8697	0.4192	-0.2317	-0.1504	0.0389	-0.0618	0.1494	0.0911	-0.0589	32.2416	-7.2563	32.6239
10	3.1777	-0.3206	-0.1348	2.5028	-1.0277	6.7947	0.07	-0.2657	-0.7704	0.0937	-0.0351	-0.0618	0.5971	0.1577	-0.0349	-0.0733	0.0392	-0.0118	-0.1808	0.1093	0.0735	14.4316	-23.1258	32.8321
11	9.3487	4.6467	3.4301	18.5814	11.7954	21.3696	0.1348	-0.5004	-1.4212	0.0551	-0.1555	0.0813	1.2799	-0.1358	0.0208	0.0201	-0.0117	-0.0111	-0.1481	0.1781	0.4198	-7.9404	-25.9047	33.8669
12	2.1018	-0.2958	0.0913	1.4249	0.0902	3.561	0.0439	0.2412	-0.1432	-0.2591	-0.0533	-0.1022	0.1335	0.2165	0.0093	-0.1196	0.0482	0.0061	-0.0875	0.0014	-0.1613	23.6624	-5.9601	6.9238
13	0.6452	0.3052	0.821	9.0359	12.1543	16.6142	0.2928	0.3152	0.0344	-0.8647	0.2132	-0.4597	-0.8847	1.0784	-0.506	-0.1131	0.0391	0.0552	0.028	0.0358	-0.0512	35.7111	-4.6044	15.7533
14	4.4836	-0.1613	-1.0802	4.9133	-0.6579	9.9747	-0.0171	0.2871	0.7824	-0.282	-0.0772	-0.737	-0.8846	1.0554	0.0943	0.0999	-0.1271	0.0289	-0.0273	0.0906	0.1336	28.0235	18.0556	11.2159
15	6.8941	6.6157	3.8108	6.3485	3.6569	2.1065	0.6026	0.8188	1.893	0.5778	-0.7694	-0.6744	-0.2806	-0.7857	0.1668	0.4817	0.105	0.1332	0.0406	0.2728	0.7019	10.0839	29.9267	1.6253

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	12 - 49	12 - 49
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	69 - 150	69 - 150
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	50 - 68	50 - 68
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	151 - 202	151 - 202
5	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	203 - 213	203 - 213
6	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	12 - 50	12 - 50
7	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	69 - 150	69 - 150
8	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	151 - 202	151 - 202
9	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	203 - 213	203 - 213
10	X-RAY DIFFRACTION	8	C	C	12 - 49	12 - 49
11	X-RAY DIFFRACTION	8	C	C	69 - 150	69 - 150
12	X-RAY DIFFRACTION	9	C	C	50 - 51	50 - 51
13	X-RAY DIFFRACTION	9	C	C	60 - 68	60 - 68
14	X-RAY DIFFRACTION	10	C	C	151 - 202	151 - 202
15	X-RAY DIFFRACTION	11	C	C	203 - 213	203 - 213
16	X-RAY DIFFRACTION	12	D	D	12 - 49	12 - 49
17	X-RAY DIFFRACTION	12	D	D	69 - 150	69 - 150
18	X-RAY DIFFRACTION	13	D	D	54 - 66	54 - 66
19	X-RAY DIFFRACTION	14	D	D	151 - 201	151 - 201
20	X-RAY DIFFRACTION	15	D	D	203 - 213	203 - 213

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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