PDB-2b89: Structural basis for molecular recognition in an affibody:affibod...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2b89

タイトル

Structural basis for molecular recognition in an affibody:affibody complex

要素

anti-ZTaq affibody

キーワード

PROTEIN BINDING / PROTEIN-PROTEIN INTERACTIONS / PROTEIN ENGINEERING / MOLECULAR RECOGNITION / NMR SPECTROSCOPY / INDUCED FIT / AFFIBODY

機能・相同性

機能・相同性情報

immunoglobulin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Lendel, C. / Dogan, J. / Hard, T.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structural basis for molecular recognition in an affibody:affibody complex.
著者: Lendel, C. / Dogan, J. / Hard, T.

履歴

登録	2005年10月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年5月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2020年2月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.4	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.5	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2b89.cif.gz	702.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2b89.ent.gz	593.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2b89.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2b89_validation.pdf.gz	547.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2b89_full_validation.pdf.gz	968.9 KB	表示
XML形式データ	2b89_validation.xml.gz	85.2 KB	表示
CIF形式データ	2b89_validation.cif.gz	105.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/2b89 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/2b89	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2b87C 2b88C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2b88-d 1apo-d 5jyh-d 5ipo-d 2jzp-d 2ruv-d 1b4r-d 2tgf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 6805NMR assignment

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: anti-ZTaq affibody

6.43 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	40 / 100	structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy, good ramachandran plots
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質	anti-ZTaq affibody 分子量: 6427.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) プラスミド: PET28A(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q70AB8

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	3D 13C-separated NOESY
1	3	1	3D 15N-separated NOESY

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	1.5mM [U-13C; U-15N] anti-ZTaq	20mM Potassium Phosphate buffer, 50mM Sodium Chloride, 0.01% Sodium Azide, 10% D2O
2	1.5mM [U-13C; U-15N] anti-ZTaq	20mM Potassium Phosphate buffer, 50mM Sodium Chloride, 0.01% Sodium Azide, 100% D2O

試料状態

pH: 6.4 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	600	1
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	500	2
Varian INOVA	Varian	INOVA	800	3

-
解析

NMR software

名称	分類
XwinNMR	collection
NMRPipe	解析
ANSIG	データ解析
X-PLOR	構造決定
X-PLOR	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy, good ramachandran plots
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 40

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