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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2b7o | ||||||
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タイトル | The Structure of 3-Deoxy-D-Arabino-Heptulosonate 7-Phosphate Synthase from Mycobacterium tuberculosis | ||||||
要素 | 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase AroG | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Mycobacterium tuberculosis / DAH7PS synthase / Shikimate pathway / aromatic biosynthesis / evolutionary relationships / Structural Genomics / Mycobacterium Tuberculosis Structural Proteomics Project / XMTB | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / Chorismate via Shikimate Pathway / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall / protein homooligomerization / manganese ion binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Webby, C.J. / Baker, H.M. / Lott, J.S. / Baker, E.N. / Parker, E.J. / Mycobacterium Tuberculosis Structural Proteomics Project (XMTB) | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005 タイトル: The structure of 3-deoxy-d-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase from Mycobacterium tuberculosis reveals a common catalytic scaffold and ancestry for type I and type II enzymes 著者: Webby, C.J. / Baker, H.M. / Lott, J.S. / Baker, E.N. / Parker, E.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2b7o.cif.gz | 190.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2b7o.ent.gz | 158.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2b7o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2b7o_validation.pdf.gz | 622.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2b7o_full_validation.pdf.gz | 646.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2b7o_validation.xml.gz | 39.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2b7o_validation.cif.gz | 55 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/2b7o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/2b7o | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 51438.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: Rv2178c / プラスミド: pProExHTa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DL41 (DE3) 参照: UniProt: O53512, 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase |
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-非ポリマー , 5種, 343分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-CE1 / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20mM BTP, 150mM NaCl, 0.5mM TCEP, 0.005% v/v Thesit, 0.2mM PEP, 0.1mM MnCl2, 0.1M Na HEPES, 0.8M NaK phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9796 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月23日 / 詳細: Double-crystal, Si(111) |
放射 | モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9796 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 70357 / Num. obs: 70357 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 23.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.652 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 6984 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→47.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 4.489 / SU ML: 0.113 / Isotropic thermal model: Individual atoms / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.174 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.524 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→47.04 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.299→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
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