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- PDB-2b5w: Crystal structure of D38C glucose dehydrogenase mutant from Halof... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b5w
タイトルCrystal structure of D38C glucose dehydrogenase mutant from Haloferax mediterranei
要素glucose dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Nucleotide binding motif
機能・相同性
機能・相同性情報


non-phosphorylated glucose catabolic process / glucose 1-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / glucose 1-dehydrogenase (NAD+) activity / glucose 1-dehydrogenase (NADP+) activity / glucose 1-dehydrogenase [NAD(P)+] / D-glucose binding / NADP+ binding / NAD+ binding / protein homodimerization activity / zinc ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Glucose 1-dehydrogenase, archaea / Glucose dehydrogenase, C-terminal / Glucose dehydrogenase C-terminus / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily ...Glucose 1-dehydrogenase, archaea / Glucose dehydrogenase, C-terminal / Glucose dehydrogenase C-terminus / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / : / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Glucose 1-dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Haloferax mediterranei (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Britton, K.L. / Baker, P.J. / Fisher, M. / Ruzheinikov, S. / Gilmour, D.J. / Bonete, M.-J. / Ferrer, J. / Pire, C. / Esclapez, J. / Rice, D.W.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Analysis of protein solvent interactions in glucose dehydrogenase from the extreme halophile Haloferax mediterranei.
著者: Britton, K.L. / Baker, P.J. / Fisher, M. / Ruzheinikov, S. / Gilmour, D.J. / Bonete, M.-J. / Ferrer, J. / Pire, C. / Esclapez, J. / Rice, D.W.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of Glucose Dehydrogenase from Haloferax Mediterranei
著者: Ferrer, J. / Fisher, M. / Burke, J. / Sedelnikova, S.E. / Baker, P.J. / Gilmour, D.J. / Bonete, M.-J. / Pire, C. / Esclapez, J. / Rice, D.W.
履歴
登録2005年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: glucose dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4649
ポリマ－39,2711
非ポリマー1,1938
水12,160675
1
A: glucose dehydrogenase
ヘテロ分子

A: glucose dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,92818
ポリマ－78,5422
非ポリマー2,38716
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
Buried area10140 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area27370 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)60.534, 109.255, 151.893
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1552-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 glucose dehydrogenase


分子量: 39270.781 Da / 分子数: 1 / 変異: C38D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Haloferax mediterranei (古細菌) / 遺伝子: gdh / プラスミド: PET3A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q977U7, glucose 1-dehydrogenase [NAD(P)+]

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非ポリマー , 5種, 683分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 675 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.51 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: pH 7.00, temperature 290K, Vapor diffusion, hanging drop, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290 KK

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.97
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年1月16日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→20 Å / Num. obs: 66155 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 25.85
反射 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.543 / Mean I/σ(I) obs: 2.69 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2B5V

2b5v


解像度: 1.6→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 1.374 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.072 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.186 3356 5.1 %RANDOM
Rwork0.154 ---
obs-62795 98.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2767 0 67 675 3509
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0212914
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022552
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5551.983984
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.85435953
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6215362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2437
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023286
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02567
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.230.2600
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2450.23076
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.21596
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.190.2495
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0920.215
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2760.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2980.2106
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2860.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.98621799
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.13632913
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it14.4221115
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it16.68731071
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.272 252
Rwork0.233 4459

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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