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- PDB-2b5d: Crystal structure of the novel alpha-amylase AmyC from Thermotoga... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b5d
タイトルCrystal structure of the novel alpha-amylase AmyC from Thermotoga maritima
要素alpha-Amylase
キーワードHYDROLASE / (beta/alpha)7 barrel
機能・相同性immunoglobulin/albumin-binding domain-like / Families 57/38 glycoside transferase, middle domain / Glycoside hydrolase 38, N terminal domain / 7-stranded beta/alpha barrel / Alpha-Beta Barrel / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
機能・相同性情報
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Dickmanns, A. / Ballschmiter, M. / Liebl, W. / Ficner, R.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2006
タイトル: Structure of the novel alpha-amylase AmyC from Thermotoga maritima.
著者: Dickmanns, A. / Ballschmiter, M. / Liebl, W. / Ficner, R.
履歴
登録2005年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: alpha-Amylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,9431
ポリマ－62,9431
非ポリマー00
水5,711317
1
X: alpha-Amylase

X: alpha-Amylase

X: alpha-Amylase

X: alpha-Amylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)251,7704
ポリマ－251,7704
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_455y-1/2,x+1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation10_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation16_555-y+1/2,-x+1/2,-z+1/21
2
X: alpha-Amylase

X: alpha-Amylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,8852
ポリマ－125,8852
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_565-x,-y+1,z1
Buried area3370 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area39920 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)112.164, 112.164, 335.544
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11X-642-

HOH

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要素

#1: タンパク質 alpha-Amylase


分子量: 62942.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: MSB8 / 遺伝子: tm1438 / プラスミド: pET24c / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: alpha-amylase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 4M Na-formiate, 5% isopropanol, 2mM DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 1.12710, 0.97972, 0.97997, 0.98393
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年4月4日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.12711
20.979721
30.979971
40.983931
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 54781 / Num. obs: 50618 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1.4 / Biso Wilson estimate: 49.1 Å2 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / % possible all: 60.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0013精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 5.646 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.205 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25709 2512 5.1 %RANDOM
Rwork0.21945 ---
all0.22243 54781 --
obs0.22139 47176 90.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 60.748 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.99 Å20 Å20 Å2
2--1.99 Å20 Å2
3----3.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4322 0 0 317 4639
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0224465
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6981.9446031
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4065516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.17523.389239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.25315783
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4931533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1430.2615
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023457
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2420.22234
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3150.22997
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2280.2286
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1730.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2120.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0821.52674
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.80924168
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.34132098
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4974.51863
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 92 -
Rwork0.279 2225 -
obs--59.03 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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